GENOMIKA OLONA
génétique naturel
Ny fizotry ny famakiana lava dia mamaritra ny fanitarana ny GGC amin'ny NOTCH2NLC mifandraika amin'ny aretina fampidirana intranuclear neuronal
ONT resequencing |Illumina |Fizarana exome manontolo |CRISPR-Cas9 ONT filaharana kendrena |RNA-seq |ONT 5mC methylation antso
Zava-nisongadina
1. Tamin'ny alàlan'ny famakafakana rohy momba ny fianakaviana NIID lehibe iray, faritra roa mifandray no fantatra.
2. ONT mifototra amin'ny famakian-teny lava be sy Cas-9 fanelanelanana Enrichment ONT sequencing nahita ny mety ho fototarazo mahatonga ny NIID, GGC miverimberina fanitarana amin'ny 5′ UTR an'ny NOTCH2NLC.Ity fanadihadiana ity dia nitatitra ny fiverimberenan'ny fototarazo manokana ho an'ny olombelona voalohany izay nivoatra tamin'ny alàlan'ny duplication segmental.
3. Ny filaharan'ny RNA dia naneho transcript antisense tsy ara-dalàna tany am-piandohana na tao anatin'ny faritra fanitarana ny GGC ao amin'ny NOTCH2NLC.
lafika
Neuronal intranuclear inclusion disease (NIID) dia aretina neurodegenerative mandroso sy mahafaty, izay miavaka amin'ny fisian'ny eosinophilic hyaline intranuclear inclusions ao amin'ny rafi-pitatitra foibe sy periferika.Ny fisehoany klinika miovaova be dia miteraka fahasarotana lehibe amin'ny fitiliana mandra-pidirana ny biopsy hoditra.Na izany aza, ny fomba mifototra amin'ny histopathology dia mbola mijaly noho ny tsy fahampian'ny diagnostika, izay mitaky fahatakarana fototarazo momba ny NIID.
zava-bita
Famakafakana fifandraisana
SNy sequencing hort-read mifototra amin'ny sequencing genome manontolo (WGS) sy ny sequencing exome manontolo (WES) dia natao tamin'ny fianakaviana NIID lehibe (13 voan'ny aretina ary 7 tsy misy fiantraikany).Ny famakafakana rohy momba ny SNP nalaina tamin'ireo angon-drakitra ireo dia tsy nahitana afa-tsy faritra roa mifandray: faritra 3.5 Mb amin'ny 1p36.31-p36.22 (LOD ambony indrindra = 2.32) ary faritra 58.1 Mb amin'ny 1p22.1-q21.3 (LOD ambony indrindra: 4.21). ).Na izany aza, tsy nisy SNP pathogen na CNV hita tany amin'ireo faritra mifandray ireo.
GGC miverimberina fanitarana amin'ny NOTCH2NLC
NNy filaharana mifototra amin'ny anopore dia nokarakaraina tamin'ny mpikambana 13 voakasika ary mpikambana 4 tsy voakasika avy amin'ny fianakaviana 8 (mpikambana iray hafa voakasik'izany dia nozarain'ny Pacbio lava be mamaky sequencing platform.).Ny angon-drakitra efa novakiana lava dia nanambara ny aretina mifandraika amin'ny fiparitahan'ny GGC amin'ny 5′ UTR an'ny NOTCH2NLC sarintany amin'ny faritra mifandray amin'ny 58.1 Mb (sary 1).Ireo fanitarana miverimberina ireo dia fantatra ihany koa tamin'ny trangan'ny NIID 40 misesisesy notsapain'ny RP-PCR.
Cas-9 ny fanelanelanana kendrena amin'ny sehatra nanopore dia nampiasaina mba hahazoana fandrakofana bebe kokoa momba ny famerenan'ny NOTCH2NLC (100 X-1,795 X).Ireo filaharan'ny marimaritra iraisana ireo dia nifanaraka tsara tamin'ny fikarohana teo aloha momba ny fanitarana ny GGC.Ambonin'izany, ny fiverenan'ny {(GGA) n (GGC) n}n dia fantatra ho marika fototarazo mety ho an'ny phenotype malemy (sary 2).
Sary 1. Ny fihanaky ny aretina mifandraika amin'ny aretina hita ao amin'ny exon 1 amin'ny isoforme NOTCH2NLC.
Sary 2. Ny filaharan'ny fifanarahana NPTCH2NLC dia miverimberina amin'ny marary NIID miaraka amin'ny (*) na tsy misy phenotype malemy.
NNy fototarazo OTCH2NL dia fototarazo manokana amin'ny olombelona, izay heverina fa mitana anjara toerana lehibe amin'ny fivoaran'ny atidoha sy ny aretin'ny neurolojia.Na izany aza, ny fototarazo telo mifandraika amin'ny NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB ary NOTCH2NLC) miaraka amin'ny> 99.1% dia tsy voavaha mandra-pahatongan'ny fivorian'ny genome olombelona farany.Ny filaharana tsy misy synthesis sy vakiana lava amin'ny sehatra nanopore dia nampiseho tombony misongadina amin'ny famahana ny faritra mitovitovy sy (GGC) n miverimberina miaraka amin'ny 100% manankarena GC.
GGC miverimberina fanitarana amin'ny NOTCH2NLC
TNy sequencing ranscriptome dia nokarakaraina tamin'ny mpikambana 2 voakasika sy 2 tsy voakasika.Ny halalin'ny famakiana ara-dalàna dia nokajiana tamin'ny tady saina sy antisense ao amin'ny onjam-peo voalohany amin'ny paralog NOTCH2NL.Ny fandikana tsy ara-dalàna manohitra ny fahatsapana dia tsy hita afa-tsy amin'ny tranga voakasika, izay mipetraka any am-piandohana na ao anatin'ny faritra fanitarana miverimberina (volomparasy volomparasy amin'ny F1-14 sy F1-16 amin'ny sary 3.).Ankoatr'izay, 54 DEGs no fantatra ary nanankarena avokoa ny teny GO sy MPO mifandraika amin'ny asan'ny neuronal.
Sary 3. Ny halalin'ny famakiana ara-dalàna eo amin'ny renirano voalohany amin'ny NOTCH2NLC amin'ny tranga tsy misy fiantraikany (ambony) sy voa (ambany).
TECHNOLOGY
Oxford Nanopore Teghnologies (ONT)
NNy sequencing anopore dia manavaka ny tenany amin'ny sehatra hafa amin'ny sequence, satria ny nucleotides dia vakiana mivantana tsy misy dingan'ny synthesis ADN.Rehefa mandalo amin'ny pore proteinina (nanopore) ny tady tokana iray, ny nucleotide samihafa dia miteraka riandrano ionika samihafa, izay azo alaina sy afindra amin'ny filaharan'ny fototra.Ny sehatra filaharana ONT dia tsy mampiseho fetra ara-teknika miharihary amin'ny halavan'ny famakiana ADN.Noho izany, ny Ultra-long reads (ULRs) dia azo ampiasaina ho an'ny fivorian'ny génomika manana kalitao avo lenta.Fanampin'izany, ireo vakiteny lava be ireo, izay lava lava ahafahana mamakivaky ireo endri-javatra filaharana sarotra na fiovaovana ara-drafitra, dia manampy amin'ny fandresena ny fetran'ny filaharan'ny famakiana fohy eto.
Nanopore sequencing
Famantarana ny fiovan'ny rafitra (SV).
SNy filaharana tsy misy ynthesis dia nitahiry ny fampahalalana momba ny methylation ADN amin'ny môdely.Ny methylated A, T, C ary G dia miteraka tondra-drano ionic miavaka avy amin'ireo tsy methylated, izay azo vakiana mivantana amin'ny sehatra.Ny fizotry ny nanopore dia manome hery ny mombamomba ny génome manontolo amin'ny 5mC sy 6mA amin'ny famahana ny nucleotide tokana.
Reference
Jun Sone, et.al.Ny fizotry ny famakiana lava dia mamaritra ny fanitarana ny GGC amin'ny NOTCH2NLC mifandraika amin'ny aretina fampidirana intranuclear neuronal.Nature Genetics (2019)
Teknolojia sy zava-nisongadina mikendry ny hizara ny fampiharana mahomby farany indrindra amin'ny teknolojia fandrefesana avo lenta amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany ary koa hevitra mamiratra amin'ny famolavolana andrana sy fitrandrahana angona.
Fotoana fandefasana: Jan-06-2022