TRANSCRIPTOMICS
toetra
fifandraisana
Ny endri-tsoratra feno amin'ny fiovaovan'ny SF3B1 amin'ny leukemia lymphocytic mitaiza dia manambara ny fihenan'ny intron voatazona
Dikan-teny feno|Nanopore sequencing|Alternative isoform analysis
lafika
SNy fiovan'ny omatic ao amin'ny splicing factor SF3B1 dia voalaza fa mifandray amin'ny homamiadana isan-karazany, anisan'izany ny leukemia lymphocytic mitaiza (CLL), melanoma uveal, kanseran'ny nono, sns.Na izany aza, ny fandalinana momba ireo lamina fanodinkodinana hafa ireo dia efa ela no voafetra amin'ny sehatra hetsika sy ny tsy fahampian'ny fahalalana momba ny isoform-level noho ny famerana ny transcript mivory fohy.Eto, nanopore sequencing sehatra dia nampidirina mba hamoronana transcript lava lava, izay nanome hery ny inverstigation amin'ny AS isoforms.
Famolavolana andrana
fanandramana
Vondrona:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E mutation);3. Ny sela B mahazatra
Paikady filaharana:Minion 2D famakiam-boky sequencing, PromethION 1D famakiam-boky sequencing;angona vakiana fohy avy amin'ny santionany mitovy
Sequencing platform:ONT Minion;ONT PromethION;
Bioinformatic Analysis
VOKATRA
nyNy fitambaran'ny vakiana 257 tapitrisa dia novokarina avy amin'ny santionany CLL 6 sy sela B 3.Raha ny salanisa dia 30,5% amin'ireo vakiteny ireo no fantatra fa dika mitovy amin'ny halavany.
FNy famakafakana isoforma hafa amin'ny RNA (FLAIR) dia novolavolaina mba hamoronana andiana isoforma matoky tena.Ny FLAIR dia azo fintinina toy izao:
Nanopore mamaky alignment: hamantatra ny firafitry ny transcript ankapobeny mifototra amin'ny zenome reference;
Sfanitsiana junction plice: fanitsiana ny lesoka amin'ny filaharana (mena) miaraka amin'ny tranokalan'ny splice avy amin'ny intron misy annotated, intron avy amin'ny angona voavaky fohy na izy roa;
Collapse: fintinina ny isoforme solontena mifototra amin'ny rojo fifanampiana splice (sehatra voalohany).Safidio ny fahatokisan-tena ambony avy amin'ny isan'ny vakiteny manohana (Threshold: 3).
Sary 1. Famakafakana FLAIR hamantarana ireo isoforme feno lenth mifandraika amin'ny fiovan'ny SF3B1 ao amin'ny CLL
FLAIR dia fantatra fa 326,699 isoforme voafantina matoky tena, 90% amin'ireo dia isoforma vaovao.Ny ankamaroan'ireo isoforma tsy voatanisa ireo dia hita fa fitambarana vaovao amin'ny juntions splice fantatra (142,971), raha ny isoforma sisa tavela dia misy intron (21,700) na novel exon (3594).
LNy filaharana ong-read dia manome hery ny famantarana ny mutant SF3B1-K700E -nanova ny tranokala splice amin'ny isoform-level.35 alternative 3'SSs sy 10 alternative 5'SSs dia hita fa samy hafa be dia be teo anelanelan'ny SF3B1-K700E sy SF3B1-WT.Ny 33 amin'ireo fanovana 35 dia vao hita tamin'ny filaharana efa ela novakiana.Ao amin'ny angon-drakitra Nanopore, ny fizarana ny elanelana misy eo amin'ny SF3B1-K700E-novaina 3'SSs mankany amin'ny tampon'ny tranokala kanônika dia manodidina ny -20 bp, izay tsy mitovy amin'ny fizarana fanaraha-maso, mitovy amin'ny voalaza ao amin'ny filaharana fohy fohy CLL.Ny isoforms amin'ny fototarazo ERGIC3 dia nodinihina, izay nahitana ny isoform vaovao misy ny tranokalan'ny splice proximal hita betsaka kokoa ao amin'ny SF3B1-K700E.Ny 3'SS proximal sy distal dia mifandray amin'ny modely AS miavaka izay miteraka isoforma marobe.
Figure 2. Fomba fampifangaroana 3′ hafa fantatra amin'ny angon-drakitra filaharana nanopore
Ny famakafakana ny fampiasana hetsika IR dia voafetra hatry ny ela amin'ny famakafakana mifototra amin'ny famakiana fohy noho ny fahatokisana ny famantarana sy ny fanisana IR.Ny fanehoana ny isoforme IR ao amin'ny SF3B1-K700E sy SF3B1-WT dia nofaritana mifototra amin'ny filaharana nanopore, izay manambara ny fanarahan-dalàna manerantany momba ny isoform IR ao amin'ny SF3B1-K700E.
Sary 4. Ny hamafin'ny fambolena sy ny fifandraisana amin'ny tambajotra amin'ny rafi-pambolena telo (A sy B);Famakafakana ala kisendrasendra(C) sy Fifandraisana eo amin'ny hamafin'ny fambolena sy ny fanjanahan'ny AMF (D)
Sary 3. Ny hetsika fihazonana intron dia voafehy mafy kokoa amin'ny CLL SF3B1-K700E
TECHNOLOGY
Nanopore Long-read Sequencing
NNy sequencing anopore dia molekiola tokana amin'ny fotoana tena misy ny teknolojia fandrefesana famantarana elektrika.
DNy ADN na RNA mifatotra amin'ny ouble dia hamatotra amin'ny proteinina nanoporous tafiditra ao anaty biofilm ary miala eo ambany fitarihan'ny proteinina motera.
DNy tadin'ny NA / RNA dia mandalo amin'ny proteinina fantsona nanopore amin'ny hafainganam-pandeha sasany eo ambanin'ny fihetsiky ny fahasamihafan'ny voly.
MNy olecules dia miteraka famantarana elektrika samihafa araka ny rafitra simika.
Ramin'ny alàlan'ny fiantsoana fototra ny fahitana ny filaharana amin'ny fotoana fohy.
Fampiharana ny filaharan'ny transcriptome manontolo
√ Fihetseham-po
Famakiana 7 heny kokoa no ilaina mba hahatongavana amin'ny saturation angona azo ampitahaina.
√ Famantarana ny firafitry ny Transcript
Famantarana ireo variana ara-drafitra isan-karazany miaraka amin'ny marimaritra iraisana amin'ny famakiana manontolo ny transcript tsirairay
√ Famakafakana fahasamihafana amin'ny ambaratongan'ny transcript - Ambarao ny fiovana miafina amin'ny famakiana fohy
Reference
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Ny endri-tsoratra feno amin'ny fiovan'ny SF3B1 amin'ny leukemia lymphocytic mitaiza dia manambara ny fihenan'ny intron voatazona [J].Nature Communications.
Teknolojia sy zava-nisongadina mikendry ny hizara ny fampiharana mahomby farany indrindra amin'ny teknolojia fandrefesana avo lenta amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany ary koa hevitra mamiratra amin'ny famolavolana andrana sy fitrandrahana angona.
Fotoana fandefasana: Jan-08-2022