NY GENOME RESEQUENING
Ny fanaraha-maso genomika amin'ny SARS-CoV-2 dia mamoaka variana famafana Nsp1 izay manova ny valin'ny interferon karazana I.
Nanopore |Illumina |Resequencing genome manontolo |metagenomika |RNA-Seq |Sanger
Ny Biomarker Technologies dia nanome fanohanana ara-teknika momba ny filaharan'ny santionany amin'ity fanadihadiana ity.
Zava-nisongadina
1. Ny fizotry ny genome SARS-CoV-2 sy ny famakafakana phylognetika dia mamaritra ny fiovan'ny 35 miverimberina ao anatin'izany ny SNP 31 sy Indels 4.
2. Ny fifandraisana amin'ny phenotypes klinika 117 dia manambara ny mety
fiovana lehibe.
∆500-532 ao amin'ny faritra kaody Nsp1 dia mifandray amin'ny viriosy ambany kokoa
3. entana sy serum IFN-β.
4. Ny fitokanana virtoaly misy mutation ∆500-532 dia miteraka IFN-I ambany
valiny ao amin'ny sela voan'ny aretina.
Famolavolana andrana
zava-bita
1. Fanaraha-maso epidemiolojika sy génomika COVID-19
Ny angon-drakitra klinika dia nangonina tany amin'ny faritanin'i Sichuan, Shina nandritra ny vanim-potoana fipoahana nanomboka tamin'ny 22 janoary 2020 ka hatramin'ny 20 febroary 2020. Nahatratra 538 ny tranga COVID-19 voamarina tamin'ny fitiliana qPCR tany Sichuan, 28,8% amin'ireo dia avy amin'ny faritany. renivohitra.Nitombo be ny tranga voamarina tany Sichuan, nitombo ny 30 janoary.Ary koa, ny angon-drakitra dia nanohana fa ny fanalavirana ara-tsosialy dia mety ho antony lehibe amin'ny fisorohana ny fihanaky ny viriosy.
Sary 1. Fandinihana ny valan'aretina COVID-19 any amin'ny faritanin'i Sichuan, Shina
2. Famoronana genome SARS-CoV-2 sy famantarana ny karazany
Miaraka amin'ny amplification PCR multiplex arahin'ny fisehon'ny nanopore, ny totalin'ny génomika 310 akaiky na ampahany feno avy amin'ny marary 248 dia novokarina tamin'ny manodidina.Ny 80% amin'ny génome dia voarakotry ny vakiana 10 (Ny halalin'ny halalin'ny: 0.39 M mamaky isaky ny santionany).
Figure 2. Fahafikezan'ny variana tsirairay ao amin'ny vondrona Sichuan
SNP 104 sy Indels 18 no fantatra avy amin'ny génome SARS-CoV-2, izay SNP 31 sy Indels 4 no fantatra fa variana fototarazo miverimberina.Amin'ny fampitahana azy ireo amin'ny santionany 169 avy any Wuhan sy amin'ny sequences génomique publich 81,391 avo lenta ao amin'ny GISAID, 29 amin'ireo variana 35 hita any amin'ny kaontinanta hafa.Marihina fa karazany efatra ahitana ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 ary T13243C, no hita tany Sichuan sy Wuhan ihany ary tsy hita tao amin'ny angon-drakitra GISAID, izay manondro fa ireo variana ireo dia mety ho voaroaka avy any Wuhan, izay mifanaraka amin'ny firaketana ny dia ny marary.
Ny famakafakana ny evolisiona miaraka amin'ny fomba mety indrindra (ML) sy ny fomba famantaran'ny molekiola Bayesian dia nokarakaraina tamin'ny viriosy 88 vaovao avy any Sichuan ary 250 nokarakaraina avy amin'ny faritra hafa.Ny génome misy ∆500-532 (famafana ao amin'ny faritry ny kaody Nsp1) dia hita miparitaka kely ao amin'ny hazo filogenetika.Ny famakafakana haplotype amin'ny variana Nsp1 dia namaritra ny 5 amin'izy ireo avy amin'ny tanàna maro.Ireo valiny ireo dia nanoro hevitra fa ny ∆500-532 dia niseho tany amin'ny tanàna maro ary mety nafarana imbetsaka avy any Wuhan.
Sary 2. Variant génétique miverimberina sy famakafakana phylogénique amin'ny génomé SARS-CoV-2
3. Fikambanan'ireo variana fototarazo miverimberina miaraka amin'ny fiantraikany ara-pahasalamana
phenotypes klinika 117 no nifandray tamin'ny hamafin'ny COVID-19, izay phenotypes 19 mifandraika amin'ny fahasarotana dia nosokajiana ho toetra mahery sy tsy henjana.Ny fifandraisana misy eo amin'ireo toetra ireo sy ireo variana génétique 35 miverimberina dia nojerena tao amin'ny sari-tany bi-cluster.Ny famakafakana fampitomboana laharana mitovy amin'ny GSEA dia mampiseho fa ny ∆500-532 dia misy ifandraisany amin'ny ESR, serum IFN-β sy CD3+CD8+ T sela ao amin'ny ra.Ankoatr'izay, ny fitsapana qPCR dia naneho fa ny marary voan'ny viriosy mitahiry ∆500-532 dia manana ny sanda Ct ambony indrindra, izany hoe ny viriosy ambany indrindra.
Figure 3. Fikambanan'ny 35 variants génétique miverimberina miaraka amin'ny phenotypes klinika
4. Fanamarinana ny fiovan'ny viriosy mifandraika amin'ny phenotype klinika
Mba hahatakarana ny fiantraikan'ny ∆500-532 amin'ny fiasan'ny Nsp1, ny sela HEK239T dia nafindra niaraka tamin'ny plasmids maneho ny halavany, WT Nsp1 ary endrika mutant miaraka amin'ny famafana.Ny mombamomba ny transcriptome ho an'ny sela HEK239T tsirairay dia nokarakaraina ho an'ny famakafakana PCA, izay mampiseho fa nivondrona akaiky kokoa ny mutant famafana ary tsy mitovy amin'ny WT Nsp1.Ny fototarazo izay nihena be tao amin'ny mutant dia nanankarena indrindra tamin'ny "peptide biosynthetic/metabolic process", "ribonucleoprotein complex biogenesis", "protein targeting to membrane/ER", sns. Ambonin'izany, ny famafana roa dia nampiseho lamina miavaka avy amin'ny WT.
Sary 4. Famakafakana transcriptome amin'ny sela HEK239T nafindran'ny WT Nsp1 ary misy famafana
Ny fiantraikan'ny famafana amin'ny valin'ny IFN-1 dia nosedraina ihany koa tamin'ny fandalinana tafahoatra.Ny famafana voasedra rehetra dia naseho mba hampihenana ny valin'ny IFN-1 amin'ny sela HEK239T sy A549 nafindra amin'ny haavon'ny transcriptome sy ny proteinina.Mahaliana fa ny fototarazo voafehy ambany indrindra amin'ny famafana dia nanankarena tamin'ny "valin'ny fiarovana amin'ny viriosy", "replication génomique viriosy", "fifehezana ny transcription amin'ny RNA polymerase II" ary "valiny amin'ny interferon karazana I".
Figure 5. Fitsipika ambany ny lalan'ny famantarana interferon amin'ny mutant ∆500-532
Amin'ity fanadihadiana ity, ny fiantraikan'ireo famafana ireo amin'ny viriosy dia nohamafisin'ny fanadihadiana momba ny areti-mifindra.Ny viriosy misy mutant sasany dia natokana tamin'ny santionany klinika ary voan'ny sela Calu-3.Azo vakiana ao amin'ny gazety ny valiny amin'ny antsipiriany momba ny fandalinana otrikaretina virosy.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Reference
Lin J, Tang C, Wei H, et al.Ny fanaraha-maso génomika amin'ny SARS-CoV-2 dia mamoaka variana famafana Nsp1 izay manova ny valin'ny interferon karazana I [J].Cell host & microbe, 2021.
Vaovao sy zava-nisongadina mikendry ny hizara ireo tranga mahomby farany amin'ny Biomarker Technologies, maka ireo zava-bita ara-tsiansa vaovao ary koa ireo teknika malaza ampiharina mandritra ny fandalinana.
Fotoana fandefasana: Jan-06-2022