Metagenomic Sequencing-Nanopore
Tombontsoa amin'ny serivisy
● Fivoriambe avo lenta-Manatsara ny fahamarinan'ny famantarana ny karazana sy ny faminaniana momba ny fototarazo
● Fitokanana ny fototarazo bakteria mihidy
● Fampiharana mahery kokoa sy azo ianteherana amin'ny faritra samihafa, ohatra, ny fahitana ireo micro micro-organismes na fototarazo mifandraika amin'ny fanoherana antibiotika
● Famakafakana metagenome fampitahana
Service Specifications
| Platform | Sequencing | Angona soso-kevitra | Fotoana fihodinana |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 andro fiasana |
Famakafakana bioinformatics
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
● Fivoriambe metagenome
● Fametrahana fototarazo tsy misy redundant sy fanamarihana
● Famakafakana ny karazana karazana
● Famakafakana ny fahasamihafan'ny asan'ny fototarazo
● Famakafakana eo anivon'ny vondrona
● Famakafakana fikambanana manohitra ny anton-javatra andrana
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
HO AN'NYADN nalaina:
| Karazana santionany | vola | fifantohana | fahadiovana |
| ADN nalaina | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ho an'ny santionany momba ny tontolo iainana:
| Karazana santionany | Fomba fanaovana santionany soso-kevitra |
| nofon-tany | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Mila esorina amin'ny tany ny zavatra maina sisa;Atsipazo ny ampahany lehibe ary mandalo amin'ny sivana 2 mm;Aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cyrotube ho famandrihana. |
| fivalanana | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony sy aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cryotube ho famandrihana. |
| Ny atiny | Ny santionany dia tokony hokarakaraina amin'ny fepetra aseptika.Sasao amin'ny PBS ny tavy voaangona;Centrifuge ny PBS ary manangona ny precipitant amin'ny EP-tube. |
| Fotaka | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony ary alaivo ny santionan'ny fotaka amin'ny EP-tube na cryotube sterile ho famandrihana |
| Waterbody | Ho an'ny santionany misy microbial voafetra, toy ny rano paompy, rano fantsakana, sns., Manangona rano 1 L farafahakeliny ary mandalo amin'ny sivana 0,22 μm mba hampanankarena mikraoba eo amin'ny membrane.Tehirizo ao anaty tavoahangy sterile ny membrane. |
| Hoditra | Kitiho tsara ny hoditra amin'ny swab landihazo sterile na tady fandidiana ary apetraho ao anaty fantsona sterile. |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra.Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.
Fizotry ny asa fanompoana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
1. Sarintany mafana: Mivondrona ny harenan'ny karazana
2.Fonctional fototarazo nosoritra ho KEGG metabolic lalana
3. Tambajotra fifandraisana amin'ny karazana
4.Circos ny fototarazo fanoherana antibiotika CARD
BMK Case
Ny metagenomika nanopore dia mamela ny fitiliana klinika haingana amin'ny otrikaretina bakteria ambany taovam-pisefoana
Navoaka:Nature Biotechnology, 2019
Hevitra ara-teknika
Sequencing: Nanopore Minion
Bioinformatics metagenomics klinika: fanimbana ny ADN, WIMP ary ARMA famakafakana
Fikarohana haingana: 6 ora
Fahatsapana ambony: 96.6%
Vokatra lehibe
Tamin'ny taona 2006, ny aretina taovam-pisefoana ambany (LR) dia niteraka fahafatesan'olona 3 tapitrisa maneran-tany.Ny fomba mahazatra amin'ny fitiliana ny pathogen LR1 dia ny fambolena, izay tsy dia saro-pady loatra, fotoana lava be ary tsy fahampian'ny fitarihana amin'ny fitsaboana antibiotika aloha.Ny fitiliana mikraoba haingana sy marina dia efa ela no nilaina maika.Dr. Justin avy ao amin'ny Oniversiten'i East Anglia sy ireo mpiara-miombon'antoka aminy dia nahomby tamin'ny famolavolana fomba metagenomika mifototra amin'ny Nanopore ho an'ny fitiliana ny pathogen.Araka ny fomba fiasan'izy ireo, ny 99.99% amin'ny ADN mpampiantrano dia mety ho lany.Ny fitiliana ny pathogens sy ny fototarazo mahatohitra antibiotika dia azo vita ao anatin'ny 6 ora.
Reference
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Ny metagenomika nanopore dia mamela ny fitiliana klinika haingana momba ny otrikaretina bakteria ambany taovam-pisefoana.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
