Lava tsy misy coding sequencing-Illumina
Tombontsoa amin'ny serivisy
● Tombontsoa amin’ny fanompoana
● Ny sela sy ny sela manokana
● Ny dingana manokana dia maneho sy maneho ny fiovan'ny fomba fiteny
● Lamina mazava tsara amin'ny fanehoana ny fotoana sy ny habaka
● Famakafakana miaraka amin'ny angona mRNA.
● Fanaterana vokatra mifototra amin'ny BMKCloud: Ny fitrandrahana angon-drakitra namboarina azo alaina amin'ny sehatra.
● Ny serivisy aorian'ny fivarotana manan-kery mandritra ny 3 volana aorian'ny fahavitan'ny tetikasa
Santionany takiana sy ny fanaterana
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Platform | Angona soso-kevitra | Takelaka data QC |
| Ny fihenan'ny rRNA | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥6.5; Ho an'ny biby: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
Nucleotides:
Tavy: Lanja (maina): ≥1 g
* Ho an'ny tavy kely kokoa noho ny 5 mg, dia manoro hevitra ny handefa santionany sela tselatra mangatsiaka (amin'ny azota azota).
Fiatoana sela: Isan'ny sela = 3×107
* Manoro hevitra izahay handefa lysate sela mangatsiaka.Raha toa ka latsaky ny 5×10 io sela io5, tselatra mivaingana amin'ny azota ranona no soso-kevitra.
Santionan'ny ra:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol sy ra 2mL(TRIzol:Blood=3:1)
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3;B1, B2, B3...
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila fenoina ao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2.RNA stable fantsona: ARN santionany azo maina ao amin'ny ARN stabilization tube (ohatra RNAstable®) ary alefa ao amin'ny efitrano mari-pana.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Bioinformatics
1. Fanasokajiana LncRNA
Ny LncRNA novinavinan'ireo rindrambaiko efatra etsy ambony dia nosokajiana ho sokajy 4: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;fahatsapana-LncRNA.Ny fanasokajiana LncRNA dia aseho amin'ny histograma etsy ambany.
LncRNA fanasokajiana
2.Cis-kendrena ny fototarazo amin'ny DE-lncRNA famakafakana fanatsarana
ClusterProfiler dia nampiasaina tamin'ny famakafakana fanatsarana GO amin'ny fototarazo cis-kendrena amin'ny lncRNA (DE-lncRNA), amin'ny resaka fizotry ny biolojika, ny fiasan'ny molekiola ary ny singa sela.Ny famakafakana GO enrichment dia dingana iray hamantarana ny teny GO manankarena indrindra notarihan'ny DEG raha oharina amin'ny génome manontolo.Ny teny manankarena dia naseho tamin'ny histograma, tabilao bubble, sns.
Cis-kendrena ny fototarazo ny DE-lncRNA Enrichment analysis -Bubble chart
3. Amin'ny fampitahana ny halavany, ny isa exon, ny ORF ary ny habetsahan'ny mRNA sy ny lncRNA dia azontsika takarina ny fahasamihafan'ny rafitra, ny filaharana sy ny sisa eo amin'izy ireo, ary koa manamarina raha mifanaraka amin'ny toetra ankapobeny ny tantara lncRNA nambarantsika.
BMK Case
Ny mombamomba ny fanehoana lncRNA deregulated amin'ny adenocarcinomas havokavoka amin'ny alàlan'ny mutation KRAS-G12D sy ny knockout P53
Navoaka:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Strategy sequencing
Illumina
Fanangonana santionany
Ny sela NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) sy ny sela fanaraha-maso ratsy (sh-Scr) dia azo tamin'ny andro 6 tamin'ny otrikaretina virosy manokana.
Vokatra lehibe
Ity fanadihadiana ity dia manadihady ny lncRNAs aberrantly amin'ny adenocarcinoma havokavoka amin'ny P53 knockout sy ny mutation KrasG12D.
1.6424 lncRNAs dia naseho tamin'ny fomba samihafa (≥ 2-fold fiovana, P <0.05).
2. Amin'ireo lncRNAs 210 (FC≥8), ny fitenin'ny lncRNA 11 dia nofehezin'ny P53, 33 lncRNAs avy amin'ny KRAS ary 13 lncRNAs amin'ny hypoxia ao amin'ny sela KP voalohany.
3.NONMMUT015812, izay voafehy tsara ao amin'ny adenocarcinoma havokavoka totozy ary voafehin'ny P53 re-expression, dia hita fa hamakafaka ny fiasan'ny sela.
4. Ny famotehana ny NONMMUT015812 nataon'ny shRNA dia nampihena ny fiparitahan'ny sela sy ny fifindra-monina ny sela KP.NONMMUT015812 dia oncogene mety.
 Ny famakafakana ny lalan'ny KEGG momba ny fototarazo miavaka amin'ny sela KP NONMMUT015812-knockdown |  Famakafakana Gene Ontology momba ny fototarazo miavaka amin'ny sela KP NONMMUT015812-knockdown |
Reference
Ny mombamomba ny fanehoana lncRNA deregulated amin'ny adenocarcinomas havokavoka amin'ny KRAS-G12D ary ny knockout P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
