Genetika evolisiona
Tombontsoa amin'ny serivisy
Takagi et al.,Ny diarin'ny zavamaniry, 2013
● Tombanana ny fotoana sy ny hafainganam-pandehan'ny karazana tsy mitovy amin'ny fiovaovan'ny haavon'ny nucleotide sy ny asidra amine
● Fanehoana fifandraisana filogenetika azo itokisana kokoa eo amin'ireo karazana manana fiantraikany kely amin'ny evolisiona mitambatra sy ny evolisiona mifanitsy.
● Mamorona fifandraisana misy eo amin'ny fiovan'ny fototarazo sy ny phenotypes mba hahitana ny fototarazo mifandray amin'ny toetra
● Tombanana ny fahasamihafan'ny fototarazo, izay maneho ny mety ho fivoaran'ny karazana
● Fotoana fanodinana haingana kokoa
● Traikefa betsaka: Nanangona traikefa be dia be momba ny mponina sy ny tetik'asa mifandraika amin'ny evolisiona nandritra ny 12 taona mahery ny BMK, mandrakotra karazana karazana an-jatony, sns.
Service Specifications
Akora:
Amin'ny ankapobeny, telo fara fahakeliny sub-mponina (ohatra ny subspecies na karazana) no soso-kevitra.Tsy tokony ho latsaky ny 10 ny isan'ny mponina tsirairay ( Zavamaniry ＞15, azo ahena ho an'ny karazana tsy fahita firy).
Paikady filaharana:
* Ny WGS dia azo ampiasaina ho an'ny karazana manana génome reference avo lenta, raha toa kosa ny SLAF-Seq dia azo ampiasaina amin'ny karazana na misy na tsy misy genome reference, na génom reference tsy misy kalitao.
| Azo ampiharina amin'ny haben'ny genome | WGS | SLAF-Tags (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10 × / isam-batan'olona | WGS no soso-kevitra kokoa |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Famakafakana bioinformatics
● Famakafakana momba ny evolisiona
● Famafazana voafantina
● Mikoriana ny fototarazo
● Tantaran'ny mponina
● Fotoana tsy fitovian-kevitra
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
| karazana | sela | WGS-NGS | SLAF |
| biby
| Ny visceral tissue |
0,5~1g
|
0,5g
|
| Ny hozatry ny hozatra | |||
| Ra mammalia | 1,5ml
| 1,5ml
| |
| Rà akoho amam-borona/trondro | |||
| fototra
| Ravina vaovao | 1~2g | 0,5~1g |
| Petal/Stem | |||
| Root/voa | |||
| sela | Sela kolontsaina |
| gDNA | fifantohana | vola (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
*Ny valin'ny demo aseho eto dia avy amin'ny génome navoaka miaraka amin'ny BMKGENE
1. Ny famakafakana ny evolisiona dia ahitana fananganana hazo phylogenetic, firafitry ny mponina ary PCA mifototra amin'ny fiovaovan'ny fototarazo.
Ny hazo phylogenetic dia maneho ny fifandraisan'ny taksonômika sy ny evolisiona eo amin'ireo karazana misy razambe iraisana.
Ny PCA dia mikendry ny hijery sary an-tsaina ny fifandraisana misy eo amin'ny mponina.
Ny firafitry ny mponina dia mampiseho ny fisian'ny zana-pokonolona miavaka amin'ny fototarazo amin'ny resaka fréquence allele.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
2. Famafazana voafantina
Ny famafazana voafantina dia manondro fomba iray hifidianana vohikala iray mahasoa ary ampitomboina ny fatran'ny tranokala tsy miandany mifandray ary ahena ny an'ny tranokala tsy mifandray, ka mampihena ny faritra.
Ny fandrefesana ny génome amin'ny faritra famafazana voafantina dia atao amin'ny alalan'ny kajy ny tondro fototarazo (π，Fst, Tajima's D) amin'ny SNP rehetra ao anatin'ny varavarankely mitongilana (100 Kb) amin'ny dingana sasany (10 Kb).
Fahasamihafana nokleotida (π)
Tajima D
Fanondroana fanamafisana (Fst)
Wu, et.al.,Plant molecular, 2018
3. Fikorianan'ny Gene
Wu, et.al.,Plant molecular, 2018
4. Tantara demografika
Zhang, et.al.,Nature Ecology & Evolution, 2021
5. Divergence fotoana
Zhang, et.al.,Nature Ecology & Evolution, 2021
BMK Case
Ny sarintany fiovaovan'ny génomika dia manome fanazavana momba ny fototry ny fototarazo amin'ny fisafidianana Laisoa Sinoa Lohataona (Brassica rapa ssp. Pekinensis).
Navoaka: Plant molecular, 2018
Paikady filaharana:
Resequencing: halalin'ny sequencing: 10 ×
Vokatra lehibe
Ao anatin'ity fanadihadiana ity, laisoa sinoa 194 no nokarakaraina mba hamerenana indray miaraka amin'ny halalin'ny 10 × salan'isa, izay namokatra SNP 1,208,499 ary InDels 416,070.Ny fanadihadiana momba ny filogenetika amin'ireo andalana 194 ireo dia nampiseho fa ireo tsipika ireo dia azo zaraina ho ecotype telo, lohataona, fahavaratra ary fararano.Ankoatr'izay, ny firafitry ny mponina sy ny fanadihadiana PCA dia nanondro fa ny laisoa sinoa lohataona dia avy amin'ny laisoa fararano any Shandong, Shina.Nampidirina tany Korea sy Japon izy ireo taorian'izay, niampita tamin'ny tsipika teo an-toerana ary ny karazany sasany tamin'izy ireo dia naverina tany Chine ary lasa laisoa sinoa lohataona.
Ny fandinihan-tena mivelatra amin'ny laisoa sinoa amin'ny lohataona sy ny laisoa fararano amin'ny fifantenana dia nahitana loci génomika 23 izay nandalo fifantenana matanjaka, ny roa amin'izy ireo dia nifanizina tamin'ny faritra mifehy ny fotoana bolting mifototra amin'ny sarintany QTL.Ireo faritra roa ireo dia hita fa misy fototarazo fototra izay mifehy ny voninkazo, BrVIN3.1 sy BrFLC1.Ireo fototarazo roa ireo dia nohamafisina fa tafiditra ao anatin'ny fotoana bolting amin'ny alàlan'ny fandalinana transcriptome sy ny fanandramana transgenika.
 Fandinihana ny firafitry ny mponina amin'ny laisoa sinoa |  Fampahalalana génétique momba ny fifantenana laisoa sinoa |
Tongbing, et al.“Ny sarintanin'ny fiovaovan'ny génomika dia manome fanazavana momba ny fototarazon'ny laisoa sinoa lohataona (Brassica rapa ssp.pekinensis).Zavamaniry Molecular,11(2018):1360-1376.
