● Tena za-draharaha: Santionany maherin'ny 200.000 no nokarakaraina tao amin'ny BMK mandrakotra karazana santionany isan-karazany, ao anatin'izany ny kolontsaina sela, ny tavy, ny ranon'ny vatana, sns. ary ny tetikasa mRNA-Seq maherin'ny 7.000 no nikatona mandrakotra ny faritra fikarohana isan-karazany.
● Rafitra fanaraha-maso hentitra tsara: Ny teboka fanaraha-maso ny kalitao fototra amin'ny dingana rehetra ao anatin'izany ny fanomanana santionany, ny fanomanana ny tranomboky, ny sequence ary ny bioinformatika dia eo ambany fanaraha-maso akaiky mba hahazoana vokatra avo lenta.
● Ny angon-drakitra maro azo ampiasaina amin'ny fanoritsoritana ny asa sy ny fandalinana fanampiny mba hanatanterahana tanjona fikarohana samihafa.
● Serivisy aorian'ny varotra: Serivisy aorian'ny fivarotana manan-kery mandritra ny 3 volana aorian'ny fahavitan'ny tetikasa, ao anatin'izany ny fanaraha-maso ny tetikasa, ny famahana olana, ny valin'ny Q&A, sns.
-BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Strategy sequencing | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
Poly A manankarena | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides:
Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥6.5; Ho an'ny biby: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
Tissue: Lanja (maina):≥1 g
* Ho an'ny tavy kely kokoa noho ny 5 mg, dia manoro hevitra ny handefa santionany sela tselatra mangatsiaka (amin'ny azota azota).
Fiatoana sela:Isan'ny sela = 3×106- 1×107
* Manoro hevitra izahay handefa lysate sela mangatsiaka.Raha toa ka latsaky ny 5 × 105 ny sela.
Santionan'ny ra:Volume≥1 ml
microorganism:Lanja ≥ 1 g
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3;B1, B2, B3...
fandefasana:
Bioinformatics
Eukaryotic MRNA sequencing analysis workflow
Bioinformatics
ØFanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
ØReference genome alignment
ØFamakafakana firafitry ny transcript
ØFamaritana ny fomba fiteny
ØFamakafakana fomba fiteny samihafa
ØFamaritana ny asa sy fanatsarana
1.MRNA Data Saturation curve
2.Famakafakana fanehoan-kevitra samihafa-Volcano plot
3.KEGG annotation amin'ny DEGs
4.Fanasokajiana GO amin'ny DEG