Platform | Haben'ny tranomboky | Vokatra angona teorika (isaky ny sela) | Fahamarinana tokana fototra | Applications |
Nanopore | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90Gb/Cell | 85-92% | Fiantsoana SV, De novo, filaharana lava lava, Iso-Seq, fanamarihan'ny Gene, Fikarohana ny methylation ADN |
● Mihoatra ny 5 taona niainana tao amin'ny sehatra fanaovana sequence PacBio miaraka amin'ny tetikasa mikatona an'arivony miaraka amin'ireo karazana isan-karazany.
● BMKGENE dia mpiara-miombon'antoka ofisialin'ny Oxford Nanopore, miaraka amin'ny fanamarinana RNA/ADN amin'ny sehatra roa.
● Misy modely mahazatra amin'ny sequencer miaraka amin'ny fitaovana feno ary ampy ny fizotry ny filaharana.
● Miorina amin'ny sehatra Nanopore, maherin'ny 10 ny fikarohana momba ny biby sy zavamaniry Denovo no navoaka tao amin'ny gazety malaza iraisam-pirenena.
Karazana santionany | vola | Concentrtion(Qubit ®) | BOKY FAHA- | fahadiovana | Ny hafa |
ADN génomika | Miankina amin'ny fitakiana angona | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; Ny tendrony mazava amin'ny 260 nm, tsy misy loto | Ny fifantohana dia mila refesina amin'ny Qubit sy Qubit/Nanopore ≤ 2 |
Total RNA | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5; tsy misy loto | RIN sanda ≥7.5 |
Fanombanana ny kalitaon'ny angona momba ny santionan'ny ADN
Tabilao 1. Statistika momba ny angona madio.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
ADN_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Fanombanana ny kalitaon'ny angona momba ny santionan'ny RNA
Tabilao 1. Statistika momba ny angona madio.
Anaran'ny fisie | ClientID | ReadNum | BaseNum | N50 | MeanLength | MaxLength | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Sary 1. Vakio ny fizarana halavany
Sary 2. Fizarana naoty kalitao amin'ny angona madio
Sary 3. Ny halavan'ny fizarana isa sy ny kalitaon'ny angona madio