Génomika fampitahana
Tombontsoa amin'ny serivisy
● Fonosana famakafakana feno, ahitana famakafakana valo tena ilaina indrindra
● Tena azo itokisana amin'ny famakafakana miaraka amin'ny fandikana amin'ny antsipiriany sy mora takarina amin'ny valiny
● Tarehimarika efa vonona havoaka
● Ny ekipan'ny bioinformatika tena mahay dia mahafeno ny fitakiana famakafakana manokana samihafa
● Fohy kokoa ny fotoana fihodinana amin'ny famakafakana marina kokoa
● Manana traikefa be dia be amin'ny tranga mahomby 90 mahery miaraka amin'ny anton-javatra fiantraika avoakan'ny 900 mahery
Service Specifications
| Tombanana ny fotoana fihodinana | Isan'ny karazana | manadihady |
| 30 andro fiasana | 6 - 12 | Clustering fianakaviana Gene Ny fanitarana sy ny contraction ny fianakaviana Gene Fanamboarana hazo filogenetika Fanombanana ny fotoana mahasamihafa (Fossil calibration ilaina) Fotoana fampidirana LTR (Ho an'ny zavamaniry) Fandikana genome manontolo (Ho an'ny zavamaniry) Fanerena mifantina Famakafakana syntenika |
Famakafakana bioinformatics
● Fianakaviana
● Filogenetika
● Fotoana tsy fitovian-kevitra
● Fanerena mifantina
● Famakafakana synteny
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
Tissue na ADN ho an'ny filaharana sy fivorian'ny genome
Ho an'ny Tissue
| karazana | sela | Fanadihadiana | PacBio CCS |
| biby | Ny visceral tissue | 0,5 ~ 1g | ≥ 3,5g |
| Ny hozatry ny hozatra | |||
| ≥ 5,0g | |||
| ≥ 5.0ml | |||
| Ra mammalia | |||
| ≥ 0.5ml | |||
| Rà akoho amam-borona/trondro | |||
| fototra | Ravina vaovao | 1 ~ 2g | ≥ 5,0g |
| Petal/Stem | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Root/voa | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| sela | Sela kolontsaina | - | ≥ 1 x 108 |
NY FANAZAVANA
Ny filaharan'ny genome(.fasta) sy ny fichier annotation (.gff3) amin'ireo karazana mifandray akaiky
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
*Ny valin'ny demo aseho eto dia avy amin'ny génome navoakan'ny Biomarker Technologies
1. Tombanana fotoana fampidirana LTR: Nasehon'ilay tarehimarika ny fizarana bimodal tokana amin'ny fotoana fampidirana LTR-RTs ao amin'ny génome rye Weining, raha oharina amin'ny karazana hafa.Ny tampon'isa farany indrindra dia niseho manodidina ny 0,5 tapitrisa taona lasa izay.
Li Guang et al.,Nature Genetics, 2021
2. Famakafakana filôgène sy fototarazo momba ny laoka (Sechium edule) : Tamin'ny famakafakana ny laoka sy ireo karazana 13 hafa mifandraika amin'ny fianakavian'ny fototarazo, dia hita fa mifandray akaiky amin'ny gourd bibilava (Trichosanthes anguina) ny Chayote.Chayote avy amin'ny gourd bibilava manodidina ny 27-45 Mya ary ny duplication génome manontolo (WGD) dia hita ao amin'ny chayote amin'ny 25±4 Mya, izay hetsika WGD fahatelo amin'ny cucuibitaceae.
Fu A et al.,Fikarohana momba ny fambolena, 2021
3. Famakafakana synteny: Ny fototarazo sasany mifandraika amin'ny phytohormones amin'ny fivoaran'ny voankazo dia hita tao amin'ny chayote, gourd snake ary voatavo.Ny fifandraisana misy eo amin'ny chayote sy ny voatavo dia somary avo kokoa noho ny eo amin'ny chayote sy ny gourd bibilava.
Fu A et al.,Fikarohana momba ny fambolena, 2021
4. Famakafakana fianakaviana Gene: Ny fampitomboana ny KEGG amin'ny fanitarana sy ny fihenan'ny fianakaviana ao amin'ny génom G.thurberi sy G.davidsonii dia nampiseho fa nitarina ny biosynthesis steroid sy ny biosynthesis brassinosteroid mifandraika amin'ny fototarazo.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5. Famakafakana duplication génome iray manontolo: Ny famakafakana fizarana 4DTV sy Ks dia nampiseho hetsika famadihana genome manontolo.Ny tampon'ny intraspecies dia mampiseho hetsika duplication.Ny tampon'ny interspecies dia nampiseho fisehoan-javatra miavaka.Nasehon'ny fanadihadiana fa raha ampitahaina amin'ireo karazana telo hafa mifandray akaiky, O. europaea dia nandalo dika mitovy amin'ny fototarazo vao haingana.
Rao G et al.Fikarohana momba ny fambolena, 2021
BMK Case
Rose tsy misy prickle: fahitana génomika mifandray amin'ny fampifanarahana ny hamandoana
Navoaka: National Science Review, 2021
Paikady filaharana:
'Basytsy misy tsilo' (R.Wichurainan) génome:
Approx.93 X PacBio + eo ho eo.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Vokatra lehibe
1. Ny fototarazo R.wichuraiana avo lenta dia namboarina tamin'ny teknika famakian-teny lava be, izay manome 530,07 Mb ny fitambaran'ny (Tombanana ho 525,9 Mb ny haben'ny genome amin'ny alàlan'ny cytometry mikoriana ary 525,5 amin'ny fanadihadiana genome; Ny heterozygosity dia manodidina ny 1.03%).BUSCO tombanana isa dia 93.9%.Raha ampitahaina amin'ny "Old blush" (haploOB), ny kalitao sy ny fahafenoan'ity génome ity dia nohamafisin'ny fahamarinan'ny fototra tokana sy ny fanondroana fivoriambe LTR (LAI = 20.03).Ny genome R.wichuraiana dia misy 32.674 proteinina coding.
2. Famakafakana iraisan'ny multi-omics, ahitana ny génomika fampitahana, ny transcriptomics, ny famakafakana QTL momba ny isan'ny génétique, dia nanambara ny fanavahana lehibe teo amin'i R. wichuraiana sy Rosa chinensis.Ary koa, ny fiovan'ny fitenin'ny fototarazo mifandraika amin'ny QTL dia azo inoana fa misy ifandraisany amin'ny lamina prickle stem.
Ny fanadihadian'ny génomika fampitahana teo amin'i Basye;s Thornless sy Rosa chinensis, anisan'izany ny fanadihadiana syntény, ny kluster fianakaviana, ny fanitarana sy ny famakafakana contraction, dia nahitana fiovaovana maro, izay mifandraika amin'ny toetra manan-danja amin'ny raozy.Ny fanitarana tsy manam-paharoa ao amin'ny fianakaviana NAC sy FAR1 / FRS dia azo inoana fa mifandray amin'ny fanoherana ny tasy mainty.
Famakafakana génomika fampitahana eo amin'ny génome BT sy haploOB.
Zhong, M., et al."Rose tsy misy prickle: fahitana genomika mifandray amin'ny fampifanarahana ny hamandoana"National Science Review, 2021;, nwab092.
