Famakafakana Segregant Bulked
Tombontsoa amin'ny serivisy
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Famantarana marina: Afangaro ny ampahany betsaka amin'ny olona 30+30 ka hatramin'ny 200+200 mba hampihenana ny tabataba any aoriana;faminanian'ny faritra kandida mifototra amin'ny mutatants tsy mitovy hevitra.
● Famakafakana feno: Fanambarana momba ny asan'ny fototarazo kandida, anisan'izany ny NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, sns.
● Fotoam-pihodinana haingana kokoa: Fametrahana fototarazo haingana ao anatin'ny 45 andro fiasana.
● traikefa be dia be: Ny BMK dia nandray anjara tamin'ny fametrahana toetra an'arivony, mandrakotra karazana karazana toy ny voly, vokatra anaty rano, ala, voninkazo, voankazo, sns.
Service Specifications
mponina:
Fanavahana ny taranaky ny ray aman-dreny manana phenotypes mifanohitra.
oh F2 taranaka, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line (RIL)
Dobo fampifangaroana
Ho an'ny toetra tsara: olona 30 hatramin'ny 50 (20 farafahakeliny) / ampahany
Ho an'ny tratis quantitative: 5% hatramin'ny 10% ambony indrindra amin'ny olona manana phenotypes tafahoatra amin'ny mponina manontolo (farafahakeliny 30 + 30).
Soso-kevitra ny halalin'ny filaharana
Farafaharatsiny 20X/ray aman-dreny sy 1X/taranaka tsirairay (ohatra ho an'ny dobo fampifangaroana taranaka misy olona 30+30, ny halalin'ny filaharana dia ho 30X isaky ny ampahany)
Famakafakana bioinformatics
● Resequencing génome manontolo
● Fanodinana ny angona
● antso SNP/Indel
● Fandinihana ny faritry ny kandidà
● Famaritana momba ny asan'ny fototarazo
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
Nucleotides:
| santionany gDNA | Santionan'ny tissue |
| Fifantohana: ≥30 ng/μl | Zavamaniry: 1-2 g |
| Habe: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Biby: 0,5-1 g |
| Fahadiovana: OD260/280= 1.6-2.5 | Ra manontolo: 1,5 ml |
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
1.Fanadihadiana fikambanana mifototra amin'ny Euclidean Distance (ED) hamantarana ny faritra kandidà.Ao amin'ny sary manaraka
X-axis: isa krômôzôma;Ny teboka tsirairay dia maneho ny sanda ED an'ny SNP.Ny tsipika mainty dia mifanaraka amin'ny sandan'ny ED.Ny sanda ED ambony kokoa dia manondro fifandraisana manan-danja kokoa eo amin'ny tranokala sy ny phenotype.Ny tsipika mena dia maneho ny tokonam-pifandraisana manan-danja.
2.Association fanadihadiana mifototra tsy SNP-index
X-axis: isa krômôzôma;Ny teboka tsirairay dia maneho ny sanda SNP-index.Ny tsipika mainty dia manondro ny sanda SNP-index.Arakaraky ny lehibe kokoa ny sanda, ny maha-zava-dehibe ny fikambanana.
BMK Case
Ny locus Fnl7.1 misy fiantraikany lehibe dia mamaritra proteinina be dia be amin'ny embryogeneza mifandray amin'ny halavan'ny vozon'ny voankazo amin'ny kôkômbra.
Navoaka: Plant Biotechnology Journal, 2020
Paikady filaharana:
Ray aman-dreny (Jin5-508, YN): Genome manontolo resequencing ho 34× sy 20×.
Dobo ADN (50 lava tenda sy 50 fohy hatoka): Resequencing ho 61× sy 52×
Vokatra lehibe
Amin'ity fanadihadiana ity, ny fanavahana ny mponina (F2 sy F2: 3) dia novokarina tamin'ny alàlan'ny fiampitana ny tsipika kôkômbra lava-tenda Jin5-508 sy YN fohy hatoka.Ny dobo ADN roa dia naorin'ny olona 50 faran'izay lava hatoka ary 50 faran'izay fohy hatoka.Ny QTL misy fiantraikany lehibe dia fantatra amin'ny Chr07 tamin'ny famakafakana BSA sy ny sarintany QTL nentim-paharazana.Ny faritry ny kandidà dia nohamafisina kokoa tamin'ny alàlan'ny sarintany tsara, ny fatran'ny fanehoana ny fototarazo ary ny fanandramana transgenika, izay nanambara ny fototarazo fototra amin'ny fifehezana ny halavan'ny vozony, CsFnl7.1.Ankoatr'izay, ny polymorphisme ao amin'ny faritra mpanentana CsFnl7.1 dia hita fa mifandray amin'ny fitenenana mifanaraka amin'izany.Ny fanadihadiana momba ny filogenetika fanampiny dia nanoro hevitra fa ny toerana Fnl7.1 dia azo inoana fa avy any India.
 QTL-mapping amin'ny famakafakana BSA mba hamantarana ny faritra kandidà mifandray amin'ny halavan'ny vozon'ny kôkômbra |  Ny mombamomba ny LOD amin'ny QTL lava vozon'ny kôkômbra hita ao amin'ny Chr07 |
Xu, X. , et al."Ny locus Fnl7.1 misy fiantraikany lehibe dia mamaritra ny proteinina be dia be amin'ny embryogenesis mifandray amin'ny halavan'ny vozon'ny voankazo amin'ny kôkômbra."Journal Biotechnology Plant 18.7(2020).
