16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Tombontsoa amin'ny serivisy
● Famakiana lavareny mampiseho filaharana feno 16S/18S/ITS
● Fiantsoana fototra tena marina miaraka amin'ny filaharan'ny fomba PacBio CCS
● Famahana ny haavon'ny karazana ao amin'ny fanamarihana OTU/ASV
● Fandefasana famakafakana QIIME2 farany miaraka amin'ny famakafakana isan-karazany amin'ny resaka angon-drakitra, fanamarihana, OTU/ASV.
● Azo ampiharina amin'ny fandalinana fiaraha-monina mikraoba isan-karazany
● Manana traikefa be dia be amin'ny santionany 100.000 mahery/taona ny BMK, mandrakotra ny tany, ny rano, ny entona, ny fotaka, ny diky, ny tsinainy, ny hoditra, ny ron-kena fermentation, ny bibikely, ny zavamaniry, sns.
● Ny BMKCloud dia nanamora ny fandikana angon-drakitra misy fitaovana famakafakana manokana 45
Service Specifications
| SequencingPlatform | -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Angona soso-kevitra | Fotoana fihodinana |
| PacBio Sequel II | SMRT- lakolosy | 5K/10K/20K Tags | 44 andro fiasana |
Famakafakana bioinformatics
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● fanamarihana OTU
● Fahasamihafana alfa
● Fahasamihafana beta
● Famakafakana eo anivon'ny vondrona
● Famakafakana fikambanana manohitra ny anton-javatra andrana
● Faminaniana fototarazo miasa
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
HO AN'NYADN nalaina:
| Karazana santionany | vola | fifantohana | fahadiovana |
| ADN nalaina | > 1 g ny | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ho an'ny santionany momba ny tontolo iainana:
| Karazana santionany | Fomba fanaovana santionany soso-kevitra |
| nofon-tany | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Mila esorina amin'ny tany ny zavatra maina sisa;Atsipazo ny ampahany lehibe ary mandalo amin'ny sivana 2 mm;Aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cyrotube ho famandrihana. |
| fivalanana | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony sy aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cryotube ho famandrihana. |
| Ny atiny | Ny santionany dia tokony hokarakaraina amin'ny fepetra aseptika.Sasao amin'ny PBS ny tavy voaangona;Centrifuge ny PBS ary manangona ny precipitant amin'ny EP-tube. |
| Fotaka | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony ary alaivo ny santionan'ny fotaka amin'ny EP-tube na cryotube sterile ho famandrihana |
| Waterbody | Ho an'ny santionany misy microbial voafetra, toy ny rano paompy, rano fantsakana, sns., Manangona rano 1 L farafahakeliny ary mandalo amin'ny sivana 0,22 μm mba hampanankarena mikraoba eo amin'ny membrane.Tehirizo ao anaty tavoahangy sterile ny membrane. |
| Hoditra | Kitiho tsara ny hoditra amin'ny swab landihazo sterile na tady fandidiana ary apetraho ao anaty fantsona sterile. |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra.Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.
Fizotry ny asa fanompoana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
1.Taham-panehoan-kevitra momba ny mombamomba ny vondrom-piarahamonina mikraoba mifototra amin'ny V3+V4(Illumina) vs. ny profiling mifototra amin'ny halavany manontolo (PacBio).
(Angon'ny tetikasa 30 nofantenana kisendrasendra no nampiharina ho an'ny antontan'isa)
2.Ny tahan'ny fanombantombanana ny filaharana amplicon lava lava amin'ny ambaratonga karazana amin'ny karazana santionany samihafa
3. Fizarana karazana
4. Hazo filogenetika
BMK Case
Ny fiparitahan'ny arsenika dia miteraka fahasimbana amin'ny sakana amin'ny tsinay ary vokatr'izany dia ny fampahavitrihana ny axis tsinay-atiny mitarika ho amin'ny areti-maso sy ny pyroptosis amin'ny atiny amin'ny gana.
Navoaka:Siansa momba ny tontolo iainana manontolo,2021
Paikady filaharana:
Santionany: Fanaraha-maso vs 8 mg/kg vondrona ATO mibaribary
Ny vokatra azo avy amin'ny angon-drakitra filaharana: 102,583 ny fitambaran'ny filaharan'ny CCS manta
Fifehezana: 54,518 ± 747 CCS mahomby
ATO-naseho : 45.050 ± 1675 CCS mahomby
Vokatra lehibe
Fahasamihafana alfa:Ny fiparitahan'ny ATO dia nanova tanteraka ny harenan'ny mikraoba tsinay sy ny fahasamihafan'ny ganagana.
Famakafakana metastats:
Ao amin'ny haavon'ny phylum: phylum bakteria 2 ihany no hita ao amin'ny vondrona mpanara-maso
Ao amin'ny haavon'ny karazana: 6 karazana dia hita tsy mitovy amin'ny habetsahana
Ao amin'ny karazana karazana: karazany 36 no fantatra amin'ny fitambarany, ka ny 6 amin'izy ireo dia samy hafa be amin'ny habetsahan'ny famerenana indray.
Reference
Thingholm, LB, et al."Ny olona matavy loatra miaraka amin'ny diabeta karazany 2 sy tsy misy dia mampiseho ny fahaiza-manao sy ny firafitry ny microbial tsinay samihafa."Cell Host & Microbe26.2(2019).
