16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Tombontsoa amin'ny serivisy
● Famantarana tsy misy fitokanana sy haingana ny firafitry ny mikraoba amin'ny santionany amin'ny tontolo iainana
● Fanapahan-kevitra avo lenta amin'ny singa ambany be dia be amin'ny santionany momba ny tontolo iainana
● Fandefasana famakafakana QIIME2 farany miaraka amin'ny famakafakana isan-karazany amin'ny resaka angon-drakitra, fanamarihana, OTU/ASV.
● High-throughput, marina kokoa
● Azo ampiharina amin'ny fandalinana fiaraha-monina mikraoba isan-karazany
● Manana traikefa be dia be amin'ny santionany 100.000 mahery/taona ny BMK, mandrakotra ny tany, ny rano, ny entona, ny fotaka, ny diky, ny tsinainy, ny hoditra, ny ron-kena fermentation, ny bibikely, ny zavamaniry, sns.
● Ny BMKCloud dia nanamora ny fandikana angon-drakitra misy fitaovana famakafakana manokana 45
Service Specifications
| SequencingPlatform | -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Vokatra angona naroso | Tombanana ny fotoana fihodinana |
| Illumina NovaSeq Platform | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 andro |
Famakafakana bioinformatics
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● fanamarihana OTU
● Fahasamihafana alfa
● Fahasamihafana beta
● Famakafakana eo anivon'ny vondrona
● Famakafakana fikambanana manohitra ny anton-javatra andrana
● Faminaniana fototarazo miasa
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
HO AN'NYADN nalaina:
| Karazana santionany | vola | fifantohana | fahadiovana |
| ADN nalaina | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ho an'ny santionany momba ny tontolo iainana:
| Karazana santionany | Fomba fanaovana santionany soso-kevitra |
| nofon-tany | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Mila esorina amin'ny tany ny zavatra maina sisa;Atsipazo ny ampahany lehibe ary mandalo amin'ny sivana 2 mm;Aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cyrotube ho famandrihana. |
| fivalanana | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony sy aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cryotube ho famandrihana. |
| Ny atiny | Ny santionany dia tokony hokarakaraina amin'ny fepetra aseptika.Sasao amin'ny PBS ny tavy voaangona;Centrifuge ny PBS ary manangona ny precipitant amin'ny EP-tube. |
| Fotaka | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony ary alaivo ny santionan'ny fotaka amin'ny EP-tube na cryotube sterile ho famandrihana |
| Waterbody | Ho an'ny santionany misy microbial voafetra, toy ny rano paompy, rano fantsakana, sns., Manangona rano 1 L farafahakeliny ary mandalo amin'ny sivana 0,22 μm mba hampanankarena mikraoba eo amin'ny membrane.Tehirizo ao anaty tavoahangy sterile ny membrane. |
| Hoditra | Kitiho tsara ny hoditra amin'ny swab landihazo sterile na tady fandidiana ary apetraho ao anaty fantsona sterile. |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra.Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.
Fizotry ny asa fanompoana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
1. Fizarana karazana
2. Sarintanin'ny hafanana: Mivondrona ny harena voajanahary
3. tsy fahita firy fiolahana
4. Famakafakana NMDS
5. Famakafakana lefse
BMK Case
Ny olona matavy loatra manana diabeta karazany 2 na tsy manana diabeta karazany dia mampiseho fahaiza-manao sy firafitry ny microbial tsinay samihafa
Navoaka:Cell Host & Microbe, 2019
Paikady filaharana:
Lean tsy diabeta (n=633);Obese tsy diabeta (n=494);Diabeta karazana 2 matavy loatra (n=153);
Faritra kendrena: 16S rDNA V1-V2
Plateforme: Illumina Miseq (fandrindrana amplicon mifototra amin'ny NGS)
Ny ampahany amin'ny fitrandrahana ADN dia niharan'ny filaharana metagenomika amin'ny Illumina Hiseq
Vokatra lehibe
Ny mombamomba ny mikraoba amin'ireo aretina metabolika ireo dia nahomby.
Amin'ny fampitahana ireo endri-javatra mikraoba novokarin'ny filaharana 16S, ny matavy loatra dia hita fa mifandray amin'ny fiovan'ny firafitry ny mikraoba, ny endri-javatra manokana, indrindra ny fihenan'ny Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, sns. Ankoatra izany, ny T2D dia hita mifandray amin'ny fitomboan'ny Escherichia / shigella .
Reference
Thingholm, LB, et al."Ny olona matavy loatra miaraka amin'ny diabeta karazany 2 sy tsy misy dia mampiseho ny fahaiza-manao sy ny firafitry ny microbial tsinay samihafa."Cell Host & Microbe26.2(2019).
