Produkti

Prokariotu RNS sekvencēšana

Prokariotu RNS sekvencēšana izmanto nākamās paaudzes sekvencēšanu (NGS), lai atklātu RNS klātbūtni un daudzumu noteiktā brīdī, analizējot mainīgo šūnu transkriptu.Mūsu uzņēmuma prokariotu RNS sekvencēšana ir īpaši vērsta uz prokariotiem ar atsauces genomiem, nodrošinot jūs ar transkripta profilēšanu, gēnu struktūras analīzi utt. Tā ir plaši izmantota fundamentālo zinātņu pētniecībā, zāļu izpētē un izstrādē un citos.

Platforma: Illumina NovaSeq platforma

Sazinies ar mums

Sīkāka informācija par pakalpojumu

Pakalpojuma specifikācijas

Platforma: Illumina NovaSeq platforma, PE150

Bibliotēkas veids: 350 bp ievieto cDNS bibliotēku (atkarīgs no pīķa sadalījuma)

Secības noteikšanas stratēģija: pārī beigas 150 bp

Ieteicamais datu apjoms: 2 Gb neapstrādāti dati par paraugu

Bioinformātika

(1) Sekvences datu kvalitātes kontrole: nukleotīdu sadalījums, bāzes kvalitātes sadalījums, rRNS attiecības novērtējums;

(2) Sekvences saskaņošanas analīze: izlīdzināšanas rezultātu statistika, secības piesātinājums, secības pārklājums;

(3) Atsauces genoma anotācija (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Izteiksmes analīze: izteiksmes sadalījums (ar diviem vai vairākiem paraugiem), izteiksmes analīze starp paraugiem (Venna analīze, korelācijas analīze, PCA analīze);

(5) Diferenciālās izteiksmes analīze (ar diviem vai vairākiem paraugiem);

(6) Gēnu kopas analīze: Venn analīze, klasteru analīze, funkciju anotācijas analīze (COG, GO, KEGG), funkciju bagātināšanas analīze (GO, KEGG), funkciju bagātināšanas horda diagramma, Ipath analīze;

(7) sRNS analīze: sRNS prognozēšana, sRNS anotācija (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNS sekundārās struktūras prognozēšana, sRNS mērķa gēna prognozēšana;

(8) Transkripta struktūras analīze: operonu analīze, transkripcijas sākuma un beigu vietu prognozēšana, UTR anotācija un analīze, veicinātāja secības prognozēšana, SNP/InDel analīze (SNP/InDel anotācija, SNP/InDel reģionālais sadalījums, SNP statistika).