-
Hromatīna imūnprecipitācijas sekvencēšana (ChIP-seq)
ChIP-Seq nodrošina genoma mēroga DNS mērķu profilēšanu histonu modifikācijām, transkripcijas faktoriem un citiem ar DNS saistītiem proteīniem.Tas apvieno hromatīna imūnnogulsnēšanas (ChIP) selektivitāti, lai atgūtu specifiskus proteīna-DNS kompleksus, ar nākamās paaudzes sekvencēšanas (NGS) jaudu atgūtās DNS augstas caurlaidības sekvencēšanai.Turklāt, tā kā proteīna-DNS kompleksi tiek atgūti no dzīvām šūnām, saistīšanās vietas var salīdzināt dažādos šūnu tipos un audos vai dažādos apstākļos.Pielietojums ir no transkripcijas regulēšanas līdz attīstības ceļiem līdz slimību mehānismiem un ne tikai.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Visa genoma bisulfīta sekvencēšana
DNS metilēšana piektajā pozīcijā citozīnā (5-mC) būtiski ietekmē gēnu ekspresiju un šūnu aktivitāti.Nenormāli metilēšanas modeļi ir saistīti ar vairākiem stāvokļiem un slimībām, piemēram, vēzi.WGBS ir kļuvis par zelta standartu genoma mēroga metilēšanas pētīšanai ar vienas bāzes izšķirtspēju.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Transpozāzei pieejamā hromatīna noteikšana ar augstas caurlaidības sekvencēšanu (ATAC-seq)
ATAC-seq ir augstas caurlaidspējas sekvencēšanas metode genoma mēroga hromatīna pieejamības analīzei, kas ir svarīga gēnu ekspresijas globālajai epiģenētiskajai kontrolei.Sekvencēšanas adapteri tiek ievietoti atvērtajos hromatīna reģionos ar hiperaktīvu Tn5 transpozāzi.Pēc PCR amplifikācijas tiek izveidota sekvencēšanas bibliotēka.Visus atvērtos hromatīna reģionus var iegūt noteiktos telpas un laika apstākļos, ne tikai aprobežojoties ar transkripcijas faktora saistīšanās vietām vai noteiktu histonu modificētu reģionu.
-
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS)
DNS metilēšanas izpēte vienmēr ir bijusi aktuāla tēma slimību izpētē, un tā ir cieši saistīta ar gēnu ekspresiju un fenotipiskām iezīmēm.RRBS ir precīza, efektīva un ekonomiska metode DNS metilēšanas pētījumiem.Promotora un CpG salu reģionu bagātināšana ar enzīmu šķelšanu (Msp I), apvienojumā ar bisulfīta sekvencēšanu, nodrošina augstas izšķirtspējas DNS metilēšanas noteikšanu.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
