Siltuma karte
Matricas datu fails tiek izmantots siltuma kartes zīmēšanai, kas var filtrēt, normalizēt un grupēt matricas datus.To galvenokārt izmanto gēnu ekspresijas līmeņa klasteranalīzei starp dažādiem paraugiem.
Gēnu anotācija
Gēnu funkciju anotācija tiek veikta, kartējot secības FASTA failā ar dažādām datu bāzēm.
Gēnu anotācija
Pamata vietējās izlīdzināšanas meklēšanas rīks
CDS_UTR_Prognoze
Šis rīks ir izstrādāts, lai paredzētu kodēšanas reģionus (CDS) un nekodējošos reģionus (UTR) noteiktās transkripta sekvencēs, pamatojoties uz spridzināšanu pret zināmu proteīnu datubāzi un ORF prognozēšanu.
Manhetenas sižets
Manhetenas diagramma ļauj parādīt datus ar lielu skaitu datu punktu.To parasti izmanto genoma mēroga asociācijas pētījumos (GWAS).
Cirkos
CIRCOS diagramma ļauj tieši parādīt SNP, InDeL, SV, CNV sadalījumus genomā.
GO_Enrichment
TopGO ir rīks, kas paredzēts funkcionālai bagātināšanai.TopGO-Bioconductor pakotne sastāv no diferenciālās izteiksmes analīzes, GO bagātināšanas analīzes un rezultātu vizualizācijas.Tas ģenerēs mapi ar izvadi ar nosaukumu "Graph", kas satur rezultātus topGO_BP, topGO_CC un topGO_MF.
WGCNA
WGCNA ir plaši izmantota datu ieguves metode gēnu koekspresijas moduļu atklāšanai.Tas ir piemērojams dažādām ekspresijas datu kopām, tostarp mikromasīva datiem un gēnu ekspresijas datiem, kas iegūti no nākamās paaudzes sekvencēšanas.
InterProScan
InterPro proteīnu secību analīze un klasifikācija
GO_KEGG_Enrichment
Šis rīks ir izstrādāts, lai ģenerētu GO bagātināšanas histogrammu, KEGG bagātināšanas histogrammu un KEGG bagātināšanas ceļu, pamatojoties uz nodrošināto gēnu kopu un atbilstošo anotāciju.