GENOMA EVOLŪCIJA
De novo genoms
Montāža|Dzimuma noteikšana Visus sekvencēšanas darbus un daļējus bioinformātiskos pakalpojumus nodrošināja Biomarker Techonologies.
Abstrakts
"Ikoniskais sedragonu fenotips ietver lapām līdzīgus piedēkļus, bezzobu cauruļveida mute un vīrieša grūtniecību, kas ietver apaugļotu olšūnu inkubāciju uz atvērta "peres vietas".Mēs de novo sekvencējām parastā jūras spārna (Phyllopteryx taeniolatus) un ar to cieši saistītās sugas aligatorzivs (Syngnathoides biaculeatus) vīriešu un sieviešu genomus.Transkripcijas profili no evolūcijas jaunumiem, lapām līdzīgiem piedēkļiem, liecina, ka ir izvēlēts gēnu kopums, kas parasti ir iesaistīts spuru attīstībā, kā arī transskriptu bagātināšana potenciālajiem audu remonta un imūnās aizsardzības gēniem.Tika konstatēts, ka scpp5 zebrafish mutantiem, kas tiek zaudēti visos singnathīdos, trūkst vai tiem ir deformēti rīkles zobi, apstiprinot hipotēzi, ka scpp5 zudums ir veicinājis zobu zudumu singnathīdos.Tika identificēts iespējamais dzimumu noteicošais lokuss, kas kodē tēviņiem raksturīgu amhr2y gēnu, kas ir kopīgs parastajām sīdragona un aligatora pīpēdzivīm. ”
Materiāli un metodes:
Materiāli
Fmūsu kopīgais sēdrakons (P. taeniolatus) un divas aligatora pīpes (S. biaculatus) paraugi.Visa genoma sekvencēšanai tika izmantoti divi parastie sēdragona (viens tēviņš un viena mātīte) un divi aligatora pīpes (viens tēviņš un viena mātīte) īpatņi, bet genoma atkārtotai sekvencēšanai tika izmantoti divi citi parastā sēdragona tēviņi.
Genoma sekvencēšanas stratēģija
270/350 bp bibliotēka (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) vai Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sekvencēšana, un divi citi vīriešu kārtas parastie sedragona indivīdi tika izmantoti genoma atkārtotai sekvencēšanai.
Transkripta sekvencēšana
Fvai tika savākti parastais sēklinieks, smadzenes, acs, žaunas, aknas, sirds, nieres, apzarnis, zarnas, muskuļi, spuras, āda, lapām līdzīgi piedēkļi, sēklinieki un olnīcas.
Genome de novo montāžas stratēģija
Canu (korekcija) + WTDBG2 (montāža) + Pilon (poļu valoda) + Lachesis (Hi-C).
Galvenie rezultāti
1. att. Parastā jūras spārna (P. taeniolatus) un aligatorzivs (S. biaculatus) galvenās iezīmes un to filoģenētiskās pozīcijas.
2. att. Lapai līdzīgo piedēkļu morfoloģija un ģenētiskais sastāvs parastajā sārtumā (P. taeniolatus).
3. att. Iespējamais dzimuma noteikšanas gēns parastajam ūdeņražam (P. taeniolatus) un aligatoram (S. biaculatus).
4. att. Rīkles zobu fenotipi zebrafish scpp5 homozigotos mutantos.
Publicēšanas laiks: 08.01.2022