BMKCloud Log in
条形reklāmkarogs-03

Jaunumi

T2T GENOMA MONTĀŽA, GENOMS BEZ SPRIEDUMS

1stDivi rīsu genomi1

Nosaukums: Divu bez atstarpes atsauces genomu montāža un apstiprināšana Xian/indica rīsiem sniedz ieskatu augu centrimēra arhitektūrā

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Publicēšanas laiks: 2021. gada 01. janvāris.

Institūts: Huazhong Lauksaimniecības universitāte, Ķīna

Materiāli

O. sativa xian/indicarīsu šķirnes 'Zhenshan 97 (ZS97)' un 'Minghui 63 (MH63)

Sekvences stratēģija

NGS lasa + HiFi lasa + CLR lasa + BioNano + Hi-C

Dati:

ZS97: 8,34 Gb (~23x) HiFi nolasa + 48,39 Gb (~131 x) CLR nolasa + 25 Gb (~69 x) NGS + 2 BioNano Irys šūnas

MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi nolasīšana + 48,97 Gb (~132 x) CLR nolasīšana + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys šūnas

Attēls-1

1. attēls Divi rīsu genomi bez spraugām (MH63 un ZS97)

2ndBanānu genoms2

Nosaukums: Telomēru-telomēru banānu bezatstarpju hromosomas, izmantojot nanoporu sekvencēšanu

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Publicēšanas laiks: 2021. gada 17. aprīlis.

Institūts: Université Paris-Saclay, Francija

Materiāli

Dubults haploīdsMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Secības noteikšanas stratēģija un dati:

HiSeq2500 PE250 režīms + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X )+ optiskā karte (DLE-1+BspQ1)

1. tabula Musa acuminata (DH-Pahang) genoma komplektu salīdzinājums

1. tabula — GRCh38 un T2T-CHM13 cilvēka genoma mezglu salīdzinājums
Figūra-Mūsa-genomi-arhitektūra-salīdzinājums

2. attēls Musa genomu arhitektūras salīdzinājums

3rdPhaeodactylum tricornutum genoms3

Nosaukums: Telomēra-telomēra genoma montāžaP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Publicēšanas laiks: 2021. gada 4. maijs

Institūts: Rietumu universitāte, Kanāda

Materiāli

Phaeodactylum tricornutum(Aļģu un vienšūņu kultūras kolekcija CCAP 1055/1)

Secības noteikšanas stratēģija un dati:

1 Oxford Nanopore minION plūsmas šūna + 2 × 75 pāra gala vidēja izvade NextSeq 550 palaišana

Attēls-Darbplūsma-telomēra-telomēra-genoma-montāža-1-1024x740

3. attēls Darbplūsma telomēra-telomēra genoma montāžai

4thCilvēka CHM13 genoms4

Nosaukums: Pilna cilvēka genoma secība

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Publicēšanas laiks: 2021. gada 27. maijs

Institūts: Nacionālie veselības institūti (NIH), ASV

Materiāli: šūnu līnija CHM13

Secības noteikšanas stratēģija un dati:

30 × PacBio apļveida konsensa sekvencēšana (HiFi), 120 × Oxford Nanopore īpaši ilga lasīšanas sekvencēšana, 100 × Illumina PCR brīva sekvencēšana (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optiskā karte un Strand-seq

2. tabula GRCh38 un T2T-CHM13 cilvēka genoma komplektu salīdzinājums

Tabula-Musa-acuminata-DH-Pahang-genoma komplektu salīdzinājums

Atsauce

1.Sergey Nurk et al.Pilnīga cilvēka genoma secība.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Karolīna Belsere u.c.Banānu hromosomas bez spraugām no telomēriem līdz telomēriem, izmantojot nanoporu sekvencēšanu.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum telomēra-telomēra genoma montāža.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. Jia-Ming Song et al.Divu bez atstarpes atsauces genomu montāža un apstiprināšana Xian/indica rīsiem sniedz ieskatu augu centrimēra arhitektūrā.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Ievietošanas laiks: Jan-06-2022

Nosūtiet mums savu ziņu: