GENOMS
Biomasas kultūraugu Miscanthus lutarioriparius genoma hromosomu mēroga montāža un analīze
Nanoporu sekvencēšana |Illumina |Hi-C |RNS sekvencēšana |Filoģenēze
Šajā pētījumā Biomarker Technologies sniedza tehnisko atbalstu Nanopore sekvencēšanai, de novo genoma montāžai, Hi-C atbalstītai montāžai utt.
Abstrakts
Miskanti, daudzgadīgs sakneņu augs, kam ir liels bioenerģijas ražošanas potenciāls, pateicoties tā augstajai biomasai un stresa tolerancei.Mēs ziņojam par hromosomu mēroga montāžuMiscanthus lutarioripariusgenomu, apvienojot Oxford Nanopore sekvencēšanu un Hi-C tehnoloģijas.2,07 Gb komplekts aptver 96,64% genoma, un N50 kontigs ir 1,71 Mb.Centromēru un telomēru sekvences ir samontētas attiecīgi visām 19 hromosomām un 10. hromosomām.M. lutarioriparius allotetraploīdā izcelsme ir apstiprināta, izmantojot centromēriskus satelīta atkārtojumus.Ir skaidri parādīta tetraploīda genoma struktūra un vairākas hromosomu pārkārtošanās attiecībā pret sorgo.Gēnu tandēma dublikātiM. lutarioripariusir funkcionāli bagātināti ne tikai ar stresa reakciju, bet arī ar šūnu sienas biosintēzi.Gēnu ģimenes, kas saistītas ar izturību pret slimībām, šūnu sienas biosintēzi un metāla jonu transportēšanu, ir ievērojami paplašinātas un attīstījušās.Šo ģimeņu paplašināšanās var būt nozīmīgs genoma pamats ievērojamo īpašību uzlabošanaiM. lutarioriparius.
Galvenā genoma montāžas statistika
attēls.Pārskats par M. lutarioriparius genoma komplektu
Jaunumi un svarīgākie notikumi mērķis ir dalīties ar jaunākajiem veiksmīgajiem gadījumiem ar Biomarker Technologies, tverot jaunus zinātnes sasniegumus, kā arī ievērojamas metodes, kas izmantotas pētījuma laikā.
Izlikšanas laiks: Jan-05-2022