-
Augu/dzīvnieku de novo genoma sekvencēšana
De novosekvencēšana attiecas uz sugas visa genoma izveidi, izmantojot sekvencēšanas tehnoloģijas, piemēram, PacBio, Nanopore, NGS utt., ja nav atsauces genoma.Ievērojamais trešās paaudzes sekvencēšanas tehnoloģiju lasīšanas garuma uzlabojums ir radījis jaunas iespējas sarežģītu genomu komplektēšanā, piemēram, genomu ar augstu heterozigotiskumu, augstu atkārtojošos reģionu attiecību, poliploīdiem utt. Tā kā nolasīšanas garums ir desmitiem kilobāzu līmenī, šie sekvencēšanas nolasījumi ļauj atkārtotu elementu, reģionu ar neparastu GC saturu un citu ļoti sarežģītu reģionu atrisināšana.
Platforma: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C balstīta genoma montāža
Hi-C ir metode, kas paredzēta hromosomu konfigurācijas uztveršanai, apvienojot uz tuvumu balstītas mijiedarbības un augstas caurlaidspējas sekvencēšanu.Tiek uzskatīts, ka šīs mijiedarbības intensitāte ir negatīvi saistīta ar fizisko attālumu hromosomās.Tāpēc Hi-C dati varētu vadīt salikto secību klasterizāciju, kārtošanu un orientāciju genoma uzmetumā un noenkurot tās noteiktā skaitā hromosomu.Šī tehnoloģija nodrošina hromosomu līmeņa genoma komplektu, ja nav uz populāciju balstītas ģenētiskās kartes.Katram genomam ir nepieciešams Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolūcijas ģenētika
Evolūcijas ģenētika ir komplekss sekvencēšanas pakalpojums, kas paredzēts, lai sniegtu visaptverošu interpretāciju par doto materiālu evolūcijas informāciju, pamatojoties uz ģenētiskām variācijām, tostarp SNP, InDels, SV un CNV.Tas nodrošina visu fundamentālo analīzi, kas nepieciešama, lai aprakstītu evolucionārās izmaiņas un populāciju ģenētiskās iezīmes, piemēram, populācijas struktūru, ģenētisko daudzveidību, filoģenēzes attiecības uc Tajā ir arī pētījumi par gēnu plūsmu, kas dod iespēju novērtēt faktisko populācijas lielumu, novirzes laiku.
-
Salīdzinošā genomika
Salīdzinošā genomika burtiski nozīmē dažādu sugu visu genomu secību un struktūru salīdzināšanu.Šīs disciplīnas mērķis ir atklāt sugu evolūciju, gēnu funkcijas, gēnu regulēšanas mehānismu genoma līmenī, identificējot secību struktūras un elementus, kas saglabājās vai diferencējās dažādās sugās.Tipisks salīdzinošais genomikas pētījums ietver analīzi gēnu ģimenē, evolūcijas attīstību, visa genoma dublēšanos, selektīvo spiedienu utt.
-
Lielapjoma segreganta analīze
Lielapjoma segreganta analīze (BSA) ir metode, ko izmanto, lai ātri identificētu ar fenotipu saistītos ģenētiskos marķierus.Galvenā BSA darbplūsma ietver divu indivīdu grupu atlasi ar ārkārtīgi pretējiem fenotipiem, visu indivīdu DNS apvienošanu, lai izveidotu divas DNS daļas, identificējot atšķirīgas sekvences starp diviem kopumiem.Šī metode ir plaši izmantota, lai identificētu ģenētiskos marķierus, kas cieši saistīti ar mērķa gēniem augu/dzīvnieku genomos.
