Iedziļinieties savvaļas pētāmo sugu daudzveidības pētīšanas potenciālā, kā piemēru var minēt galveno gadījumu no BMKGENE klientiem.Nesen šī gada izdevumā Plant Biotechnology Journal publicētais raksts ar nosaukumu “Hromosomu līmeņa savvaļas Hevea brasiliensis genoms: Genomikas atbalstītas audzēšanas veicināšana un vitālo loku atrašana paaugstinātai gumijas ražībai” ir vērtīga atsauce.
Brazīlijas kaučuka koks (Hevea brasiliensis) ir augsts dabiskā kaučuka avots.Pagājušajā gadsimtā tradicionālās audzēšanas metodes izraisīja ievērojamu seškārtīgu gumijas ražošanas pieaugumu.Tomēr pamatā esošais ģenētiskais pamatiežs, kas ir atbildīgs par iespējamo gumijas ražas palielināšanos, joprojām ir mīklains.
Šajā pētījumā tika uzsākta hromosomu līmeņa genoma izveidošana savvaļas gumijas kokam, izmantojot sinerģiju starp Nanopore ilgi nolasīto sekvencēšanu, Illumina NGS sekvencēšanu un Hi-C tehnoloģiju.
Paralēli tam, izmantojot Illumina platformu, tika apkopots 147 dīgļu plazmas resursi, kas ietvēra augstas ražas variācijas, savvaļas celmus un radniecīgas sugas, lai veiktu visaptverošu visa genoma resekvenēšanu (WGS).Sekojošajiem sekvencēšanas datiem tika veikta stingra populācijas ģenētikas analīze, kas ļāva izdalīt populācijas struktūru, daudzveidību un saiknes nelīdzsvarotību.Šī analīze atklāja pieradināšanas atšķirības dažādās populācijās.
Turpmākie pētījumi ietvēra analīzi, kas ietvēra Fst, π, Tajima D un LD, lai atklātu atlases signālus, kas izriet no uzlabotas lateksa ražas, īpaši koncentrējoties uz Vikema kloniem.
Noslēdzoties ar genoma mēroga asociācijas analīzi (GWAS), tika precīzi noteikti marķieri, kas saistīti ar ražas iezīmēm un pēc tam ar ražu saistītiem gēniem.Sākotnējā validācija atklāja atšķirīgas transkripcijas aktivitātes dažādos mutantos diviem ERF gēniem, sniedzot sākotnēju ieskatu to funkcionālajā nozīmē.Turpmāka apstiprināšana ir paredzēta turpmākajos pētījumos.
BMKGENE lepojas ar ieguldījumu šīs apjomīgās populācijas plašā visa genoma resekvencēšanā, kā arī nozīmīgu lomu bioinformātikas analīzē.Mūsu plašā pieredze ietver NGS/TGS sekvencēšanu un multiomikas bioinformātikas analīzi vairāk nekā 1000 sugu masīvā.Mēs ceram uz sadarbību ar jums jūsu gaidāmajos projektos.
Noklikšķiniet šeit, laiuzzināt vairāk par šo pētījumu
Publicēšanas laiks: 29. augusts 2023