Produkti

DNS/RNS sekvencēšana - PacBio Sequencer

PacBio sekvencēšanas platforma ir ilgi lasīta sekvencēšanas platforma, kas ir pazīstama arī kā viena no trešās paaudzes sekvencēšanas (TGS) tehnoloģijām.Galvenā tehnoloģija, vienas molekulas reāllaika (SMRT) tehnoloģija, nodrošina nolasījumu ģenerēšanu ar desmitiem kilobāzes garumu.Pamatojoties uz “Sekvencēšana pēc sintēzes”, viena nukleotīda izšķirtspēja tiek panākta ar nulles režīma viļņvadu (ZMW), kur tiek apgaismots tikai ierobežots tilpums apakšā (molekulu sintēzes vietā).Turklāt SMRT sekvencēšana lielā mērā novērš secībai raksturīgu novirzi NGS sistēmā, jo lielākā daļa PCR pastiprināšanas soļu nav nepieciešamas bibliotēkas veidošanas procesā.

Platforma: Sequel II, Revio

Sazinies ar mums

Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Iespējas

Divi secības režīmi PacBio sekvencētājā: nepārtraukta ilgstoša lasīšana (CLR) un cirkulārā konsensa lasīšana (CCS)

Sekvences režīms

Bibliotēkas lielums

Teorētiskie datiIenesīgums (vienā šūnā)

Viena bāzePrecizitāte

Lietojumprogrammas

CLR

20Kb, 30Kb utt.

80 Gb līdz 130 Gb

Apm.85%

De novo, SV zvanīšana utt.

CCS

15-20 Kb

14–40 Gb/šūna (II turpinājums)

70–110 Gb/šūnā (Revio)

Atkarīgs no paraugiem

Apm.99%

De novo, SNP/Indel/SV zvanīšana, Iso-Seq,

Revio un Sequel II izpildījuma un iezīmju salīdzinājums

Noteikumi	Sequel II sistēma	Revio sistēma	Palielināt
Lielāks blīvums	8 miljoni ZMW	25 miljoni ZMW	3x
Neatkarīgi posmi	1	4	4x
Īsāki darbības laiki	30 stundas	24 stundas	1,25x
30X HiFi cilvēka genomi gadā	88	1300	15x kopumā

Pakalpojuma priekšrocības

● Vairāk nekā 8 gadu pieredze PacBio sekvencēšanas platformā ar tūkstošiem slēgtu projektu ar dažādām sugām.

● Pilnībā aprīkots ar jaunākajām PacBio Sequencing platformām, Revio, lai garantētu pietiekamu sekvencēšanas caurlaidspēju.

● Ātrāks apstrādes laiks, lielāks datu apjoms un precīzāki dati.

● Piedalījies simtiem iedarbīgu PacBio publikāciju.

Prasību paraugs

Parauga veids

Summa

Koncentrācija (Qubit®)

Skaļums

Tīrība

Citi

Genomiskā DNS

Atkarīgs no datu prasības

≥50 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5；
Skaidrs maksimums pie 260 nm,nav piesārņojumu

Koncentrācija ir jāmēra ar Qubit un Qubit/Nanopore = 0,8–2,5

Kopējā RNS

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5；nav piesārņojumu

RIN vērtība ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Pakalpojuma darbplūsma

Parauga sagatavošana

Bibliotēkas celtniecība

Secība

Datu analīze

Projekta piegāde

Iepriekšējais: OEM ražotāja Mrna sekvencēšanas pakalpojums - ilgstoša nekodēta sekvencēšana - Illumina - biomarķieris

Nākamais: Illumina un BGI

1. In-house datu ienesīgums

Dati iegūti no 63 CCS šūnām (no 26 sugām)

DATI-PacBio-CCS-15 Kb	Vidēji	Maks	Min	Mediāna
Ienesīgums — apakšlasījumi (Gb)	421.12	544.27	221.38	426,58
Atbrīvots — CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimerāze N50	145 651	175 430	118 118	144 689
Apakšlasīšanas N50	17 509	23 924	12 485	17 584
CCS N50	14 490	19 034	9 876	14 747
Vidējais garums-polimerāze	67 995	89 379	49 664	66 433
Vidējais garums — apakšsadaļas	15 866	21 036	11 657	16 012
Vidējais garums-CCS	14 489	19 074	8575	14 655

Dati ģenerēti no 16 CLR šūnām (no 76 sugām)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Vidēji	Maks	Min	Mediāna
Ienesīgums — apakšlasījumi (Gb)	142.20	291,40	50.55	142.49
Polimerāze N50	39 456	121 191	15 389	35 231
Apakšlasīšanas N50	28 490	41 012	14 430	29 063
Vidējais garums-polimerāze	22 063	48 886	8747	21 555
Vidējais garums — apakšsadaļas	17 720	27 225	8,293	17 779

2.Datu QC — demonstrācijaStatistika par datu ienesīgumu

Paraugs	ccs Lasījumu skaits	Kopējās ccs bāzes (bp)	ccs nolasa N50 (bp)	ccs vidējais garums (bp)	cc Visgarākais nolasījums (bp)	apakšlasījumu bāzes (bp)	ccs likme (%)
PB_BMKxxx	3 444 159	54 164 122 586	15 728	15 726	36 110	863 326 330 465	6.27