Lielapjoma segreganta analīze
Pakalpojuma priekšrocības
Takagi et al., Augu žurnāls, 2013
● Precīza lokalizācija: lielapjoma sajaukšana ar 30+30 līdz 200+200 indivīdiem, lai samazinātu fona troksni;uz nesinonīmiem mutantiem balstīta kandidātreģiona prognozēšana.
● Visaptveroša analīze: padziļināta kandidāta gēnu funkciju anotācija, tostarp NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG utt.
● Ātrāks apgrozības laiks: ātra gēnu lokalizācija 45 darba dienu laikā.
● Liela pieredze: BMK ir veicinājis tūkstošiem pazīmju lokalizāciju, aptverot dažādas sugas, piemēram, kultūras, ūdens produktus, mežu, ziedus, augļus utt.
Pakalpojuma specifikācijas
Populācija:
Vecāku pēcnācēju segregācija ar pretējiem fenotipiem.
piem., F2 pēcnācēji, atgriezeniskā krustošanās (BC), rekombinantā inbred līnija (RIL)
Sajaukšanas baseins
Kvalitatīvajām pazīmēm: 30 līdz 50 indivīdi (vismaz 20) vienā vairumā
Kvantitatīviem raksturlielumiem: 5% līdz 10% indivīdu ar kādu no ekstremāliem fenotipiem visā populācijā (vismaz 30+30).
Ieteicamais secības dziļums
Vismaz 20 X/vecāks un 1 X/pēcnācējs (piem., pēcnācēju sajaukšanas pulkam ar 30+30 īpatņiem, secības noteikšanas dziļums būs 30 X uz vienu vairumu)
Bioinformātikas analīzes
● Visa genoma atkārtota sekvencēšana
● Datu apstrāde
● SNP/Indel zvanīšana
● Kandidāta reģiona pārbaude
● Kandidāta gēna funkcijas anotācija
Prasību paraugs un piegāde
Prasību paraugs:
Nukleotīdi:
| gDNS paraugs | Audu paraugs |
| Koncentrācija: ≥30 ng/μl | Augi: 1-2 g |
| Daudzums: ≥2 μg (Tilpums ≥15 μl) | Dzīvnieki: 0,5-1 g |
| Tīrība: OD260/280= 1,6-2,5 | pilnas asinis: 1,5 ml |
Pakalpojuma darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
1. Asociāciju analīzes bāze uz Eiklīda attāluma (ED), lai identificētu kandidātreģionu.Nākamajā attēlā
X ass: hromosomu skaits;Katrs punkts apzīmē SNP ED vērtību.Melnā līnija atbilst uzstādītajai ED vērtībai.Augstāka ED vērtība norāda uz nozīmīgāku saistību starp vietu un fenotipu.Sarkanā svītra līnija apzīmē nozīmīgas asociācijas slieksni.
2. Asociāciju analīze, kuras pamatā nav SNP indeksa
X ass: hromosomu skaits;Katrs punkts apzīmē SNP indeksa vērtību.Melnā līnija apzīmē uzstādīto SNP indeksa vērtību.Jo lielāka vērtība, jo nozīmīgāka ir asociācija.
BMK lieta
Galvenās ietekmes kvantitatīvās iezīmes lokuss Fnl7.1 kodē vēlīnā embrioģenēzes bagātīgo proteīnu, kas saistīts ar gurķa augļa kakla garumu
Publicēts: Augu biotehnoloģijas žurnāls, 2020. gads
Secības noteikšanas stratēģija:
Vecāki (Jin5-508, YN): visa genoma atkārtota sekvencēšana 34 × un 20 ×.
DNS kopas (50 ar garu kaklu un 50 ar īsu kaklu): atkārtota sekvencēšana 61 × un 52 ×
Galvenie rezultāti
Šajā pētījumā segregējošā populācija (F2 un F2:3) tika izveidota, šķērsojot gara kakla gurķu līniju Jin5-508 un īsa kakla YN.Divus DNS kopumus izveidoja 50 indivīdi ar ārkārtīgi garu kaklu un 50 īpaši īsa kakla indivīdi.Galvenā ietekme QTL tika identificēta Chr07, izmantojot BSA analīzi un tradicionālo QTL kartēšanu.Kandidātreģions tika vēl vairāk sašaurināts, veicot precīzu kartēšanu, gēnu ekspresijas kvantitatīvo noteikšanu un transgēnu eksperimentus, kas atklāja galveno gēnu, kas kontrolē kakla garumu, CsFnl7.1.Turklāt tika konstatēts, ka polimorfisms CsFnl7.1 promotora reģionā ir saistīts ar atbilstošu ekspresiju.Turpmāka filoģenētiskā analīze liecināja, ka Fnl7.1 lokuss, ļoti iespējams, ir cēlies no Indijas.
 QTL kartēšana BSA analīzē, lai identificētu kandidātreģionu, kas saistīts ar gurķa kakla garumu |  Gurķu kakla garuma QTL LOD profili, kas identificēti Chr07 |
Xu, X. u.c."Galvenais efekta kvantitatīvās iezīmju lokuss Fnl7.1 kodē vēlīnā embrioģenēzes bagātīgo proteīnu, kas saistīts ar augļa kakla garumu gurķos."Augu biotehnoloģijas žurnāls 18.7 (2020).
