16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Pakalpojuma priekšrocības
● Ilgi lasījumi, kas atklāj pilna garuma 16S/18S/ITS secību
● Ļoti precīza bāzes izsaukšana ar PacBio CCS režīma secību
● Sugas līmeņa izšķirtspēja OTU/ASV anotācijā
● Jaunākā QIIME2 analīzes plūsma ar dažādām analīzēm datubāzes, anotācijas, OTU/ASV ziņā.
● Piemērojams dažādiem mikrobu kopienu pētījumiem
● BMK ir liela pieredze ar vairāk nekā 100 000 paraugu gadā, kas aptver augsni, ūdeni, gāzi, dūņas, izkārnījumus, zarnas, ādu, fermentācijas buljonu, kukaiņus, augus utt.
● BMKCloud atvieglota datu interpretācija, kas satur 45 personalizētus analīzes rīkus
Pakalpojuma specifikācijas
| SecībaPlatforma | Bibliotēka | Ieteicamie dati | Apgrozījuma laiks |
| PacBio turpinājums II | SMRT-zvans | 5K/10K/20K atzīmes | 44 darba dienas |
Bioinformātikas analīzes
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● OTU klasterizācija/trokšņa samazināšana (ASV)
● OTU anotācija
● Alfa daudzveidība
● Beta daudzveidība
● Starpgrupu analīze
● Asociāciju analīze pret eksperimentāliem faktoriem
● Funkcijas gēnu prognozēšana
Prasību paraugs un piegāde
Prasību paraugs:
PriekšDNS ekstrakti:
| Parauga veids | Summa | Koncentrēšanās | Tīrība |
| DNS ekstrakti | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Vides paraugiem:
| Parauga veids | Ieteicamā paraugu ņemšanas procedūra |
| Augsne | Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Atlikušo nokaltušo vielu nepieciešams noņemt no virsmas;Sasmalcina lielus gabalus un izlaiž cauri 2 mm filtram;Paraugu alikvotā daļa rezervēšanai sterilā EP mēģenē vai cirotūbiņā. |
| Izkārnījumi | Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savākt un alikvot paraugus sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai. |
| Zarnu saturs | Paraugi jāapstrādā aseptiskos apstākļos.Nomazgājiet savāktos audus ar PBS;Centrifugējiet PBS un savāciet nogulsnes EP mēģenēs. |
| Dūņas | Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savāc un alikvotā dūņu paraugu sadala sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai |
| Ūdenstilpne | Paraugam ar ierobežotu mikrobu daudzumu, piemēram, krāna ūdeni, akas ūdeni utt., Savākt vismaz 1 l ūdens un izlaist cauri 0,22 μm filtram, lai bagātinātu membrānas mikroorganismus.Uzglabājiet membrānu sterilā mēģenē. |
| Āda | Uzmanīgi nokasiet ādas virsmu ar sterilu vates tamponu vai ķirurģisko asmeni un ievietojiet to sterilā mēģenē. |
Ieteicamā paraugu piegāde
Sasaldējiet paraugus šķidrā slāpeklī 3-4 stundas un uzglabājiet šķidrā slāpeklī vai -80 grādos līdz ilgstošai rezervēšanai.Nepieciešama paraugu piegāde ar sauso ledu.
Pakalpojuma darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
1. Anotācijas biežums mikrobu kopienas profilēšanai, kuras pamatā ir V3+V4 (Illumina), salīdzinot ar pilna garuma (PacBio) profilēšanu.
(Statistikai tika izmantoti 30 nejauši izvēlētu projektu dati)
2. Pilna garuma amplikonu sekvencēšanas anotācijas ātrums sugas līmenī dažādos paraugu tipos
3.Sugu izplatība
4.Filoģenētiskais koks
BMK lieta
Arsēna iedarbība izraisa zarnu barjeras bojājumus un no tā izrietošu zarnu-aknu ass aktivizēšanu, izraisot pīļu aknu iekaisumu un piroptozi
Publicēts:Zinātne par kopējo vidi,2021. gads
Secības noteikšanas stratēģija:
Paraugi: kontroles un 8 mg/kg ATO iedarbības grupa
Sekvences datu ieguve: kopā 102 583 neapstrādātas CCS sekvences
Kontrole: 54 518 ± 747 efektīva CCS
ATO eksponēts: 45 050 ± 1675 efektīva CCS
Galvenie rezultāti
Alfa daudzveidība:ATO iedarbība būtiski mainīja pīļu zarnu mikrobu bagātību un daudzveidību.
Metastātu analīze:
Patversmes līmenī: 2 baktēriju ciltis konstatētas tikai kontroles grupās
Ģints līmenī: tika konstatēts, ka 6 ģintis ievērojami atšķiras relatīvajā daudzumā
Sugu līmenī: kopā tika noteiktas 36 sugas, no kurām 6 būtiski atšķiras pēc atdzimšanas daudzuma
Atsauce
Thingholm, LB u.c."Indivīdiem ar aptaukošanos ar 2. tipa diabētu un bez tā ir atšķirīga zarnu mikrobu funkcionālā spēja un sastāvs."Šūnu saimnieks un mikrobi26.2(2019).
