16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Pakalpojuma priekšrocības
● Bez izolācijas un ātra mikrobu sastāva noteikšana vides paraugos
● Augsta izšķirtspēja vides paraugos ar zemu saturu komponentiem
● Jaunākā QIIME2 analīzes plūsma ar dažādām analīzēm datubāzes, anotācijas, OTU/ASV ziņā.
● Liela caurlaidspēja, lielāka precizitāte
● Piemērojams dažādiem mikrobu kopienu pētījumiem
● BMK ir liela pieredze ar vairāk nekā 100 000 paraugu gadā, kas aptver augsni, ūdeni, gāzi, dūņas, izkārnījumus, zarnas, ādu, fermentācijas buljonu, kukaiņus, augus utt.
● BMKCloud atvieglota datu interpretācija, kas satur 45 personalizētus analīzes rīkus
Pakalpojuma specifikācijas
| SecībaPlatforma | Bibliotēka | Ieteicamais datu apjoms | Paredzamais apgrozības laiks |
| Illumina NovaSeq platforma | PE250 | 50K/100K/300K atzīmes | 30 dienas |
Bioinformātikas analīzes
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● OTU klasterizācija/trokšņa samazināšana (ASV)
● OTU anotācija
● Alfa daudzveidība
● Beta daudzveidība
● Starpgrupu analīze
● Asociāciju analīze pret eksperimentāliem faktoriem
● Funkcijas gēnu prognozēšana
Prasību paraugs un piegāde
Prasību paraugs:
PriekšDNS ekstrakti:
| Parauga veids | Summa | Koncentrēšanās | Tīrība |
| DNS ekstrakti | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Vides paraugiem:
| Parauga veids | Ieteicamā paraugu ņemšanas procedūra |
| Augsne | Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Atlikušo nokaltušo vielu nepieciešams noņemt no virsmas;Sasmalcina lielus gabalus un izlaiž cauri 2 mm filtram;Paraugu alikvotā daļa rezervēšanai sterilā EP mēģenē vai cirotūbiņā. |
| Izkārnījumi | Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savākt un alikvot paraugus sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai. |
| Zarnu saturs | Paraugi jāapstrādā aseptiskos apstākļos.Nomazgājiet savāktos audus ar PBS;Centrifugējiet PBS un savāciet nogulsnes EP mēģenēs. |
| Dūņas | Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savāc un alikvotā dūņu paraugu sadala sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai |
| Ūdenstilpne | Paraugam ar ierobežotu mikrobu daudzumu, piemēram, krāna ūdeni, akas ūdeni utt., Savākt vismaz 1 l ūdens un izlaist cauri 0,22 μm filtram, lai bagātinātu membrānas mikroorganismus.Uzglabājiet membrānu sterilā mēģenē. |
| Āda | Uzmanīgi nokasiet ādas virsmu ar sterilu vates tamponu vai ķirurģisko asmeni un ievietojiet to sterilā mēģenē. |
Ieteicamā paraugu piegāde
Sasaldējiet paraugus šķidrā slāpeklī 3-4 stundas un uzglabājiet šķidrā slāpeklī vai -80 grādos līdz ilgstošai rezervēšanai.Nepieciešama paraugu piegāde ar sauso ledu.
Pakalpojuma darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
1.Sugu izplatība
2. Siltuma karte: sugu bagātības klasterizācija
3.Reta frakciju līkne
4.NMDS analīze
5. Lefse analīze
BMK lieta
Aptaukošanās indivīdiem ar un bez 2. tipa cukura diabēta ir atšķirīga zarnu mikrobu funkcionālā spēja un sastāvs
Publicēts:Šūnu saimnieks un mikrobi, 2019
Secības noteikšanas stratēģija:
Liess bezdiabēta (n=633);Aptaukošanās bez cukura diabēta (n=494);Aptaukošanās – 2. tipa cukura diabēts (n=153);
Mērķa reģions: 16S rDNS V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (uz NGS balstīta amplikonu sekvencēšana)
DNS ekstraktu apakškopa tika pakļauta metagenomiskai sekvencēšanai Illumina Hiseq
Galvenie rezultāti
Šo vielmaiņas slimību mikrobu profili tika veiksmīgi diferencēti.
Salīdzinot 16S sekvencēšanas radītās mikrobu pazīmes, tika konstatēts, ka aptaukošanās ir saistīta ar izmaiņām mikrobu sastāvā, individuālajām iezīmēm, īpaši būtisku Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes uc samazināšanos. Turklāt tika konstatēts, ka T2D ir saistīta ar Escherichia/shigella pieaugumu. .
Atsauce
Thingholm, LB u.c."Indivīdiem ar aptaukošanos ar 2. tipa diabētu un bez tā ir atšķirīga zarnu mikrobu funkcionālā spēja un sastāvs."Šūnu saimnieks un mikrobi26.2(2019).
