Specifinio lokuso sustiprintų fragmentų sekos nustatymas (SLAF-Seq)
Paslaugos informacija
Techninė schema
Darbo eiga
Paslaugos privalumai
Didelis žymenų atradimo efektyvumas- Didelio našumo sekos nustatymo technologija padeda SLAF-Seq atrasti šimtus tūkstančių žymų visame genome.
Maža priklausomybė nuo genomo- Jis gali būti taikomas rūšims su etaloniniu genomu arba be jo.
Lankstus schemos dizainas- Vieno fermento, dviejų fermentų, kelių fermentų virškinimo ir įvairių tipų fermentai gali būti parinkti taip, kad atitiktų skirtingus tyrimo tikslus ar rūšis.Norint užtikrinti optimalų fermento dizainą, naudojamas išankstinis įvertinimas in silico.
Efektyvus fermentinis virškinimas- Buvo atliktas išankstinis eksperimentas, siekiant optimizuoti sąlygas, todėl formalus eksperimentas yra stabilus ir patikimas.Fragmentų surinkimo efektyvumas gali siekti daugiau nei 95%.
Tolygiai paskirstytos SLAF žymos- SLAF žymenys yra tolygiai pasiskirstę visose chromosomose ir pasiekia vidutiniškai 1 SLAF 4 kb.
Veiksmingas pasikartojimų vengimas- SLAF-Seq duomenų pasikartojanti seka sumažinama iki mažesnės nei 5%, ypač tose rūšyse, kuriose daug pasikartojimų, pavyzdžiui, kviečiai, kukurūzai ir kt.
Didelė patirtis-Daugiau nei 2000 uždarytų SLAF-Seq projektų, skirtų šimtams rūšių, apimančių augalus, žinduolius, paukščius, vabzdžius, vandens organizmus ir kt.
Savarankiškai sukurta bioinformatinė darbo eiga- BMKGENE sukūrė integruotą SLAF-Seq bioinformatinę darbo eigą, kad būtų užtikrintas galutinio rezultato patikimumas ir tikslumas.
Paslaugos specifikacijos
| Platforma | Konc. (ng/gl) | Iš viso (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Tomas>15μl) | 1,6-2,5 |
Rekomenduojama sekos strategija
Sekos gylis: 10X/Tag
| Genomo dydis | Rekomenduojamos SLAF žymės |
| < 500 Mb | 100K arba WGS |
| 500 Mb - 1 Gb | 100 tūkst |
| 1 Gb - 2 Gb | 200 tūkst |
| Milžiniški arba sudėtingi genomai | 300–400 tūkst |
| Programos
| Rekomenduojamas Gyventojų skalė
| Sekos nustatymo strategija ir gylis
| |
| Gylis
| Žymės numeris
| ||
| GWAS
| Mėginio skaičius ≥ 200
| 10X
|
Pagal genomo dydis
|
| Genetinė evoliucija
| Kiekvieno atskiri asmenys pogrupis ≥ 10; bendras mėginys ≥ 30
| 10X
| |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis
Daugumos mėginių rekomenduojame nelaikyti etanolyje.
Mėginių ženklinimas: Mėginiai turi būti aiškiai paženklinti ir identiški pateiktoje pavyzdinės informacijos formoje.
Siuntimas: sausas ledas: mėginius pirmiausia reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
Paslaugos darbo eiga
QC pavyzdys
Pilotinis eksperimentas
SLAF-eksperimentas
Bibliotekos paruošimas
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
1. Žemėlapio rezultato statistika
2. SLAF žymenų kūrimas
3. Variacijos anotacija
| Metai | Žurnalas | IF | Pavadinimas | Programos |
| 2022 m | Gamtos komunikacijos | 17.694 | Medžio bijūnų giga-chromosomų ir giga-genomo genominis pagrindas Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 m | Naujasis fitologas | 7.433 | Prijaukinimo pėdsakai įtvirtina agronominės svarbos genominius regionus sojos pupelės | SLAF-GWAS |
| 2022 m | Išplėstinių tyrimų žurnalas | 12.822 | Viso genomo Gossypium barbadense dirbtinės introgresijos į G. hirsutum atskleidžia geresnius lokusus, kad tuo pačiu pagerintų medvilnės pluošto kokybę ir derlių bruožai | SLAF-Evoliucinė genetika |
| 2019 m | Molekulinis augalas | 10.81 | Populiacijos genomo analizė ir De Novo asamblėja atskleidžia Weedy kilmę Ryžiai kaip evoliucinis žaidimas | SLAF-Evoliucinė genetika |
| 2019 m | Gamtos genetika | 31.616 | Paprastojo karpio Cyprinus carpio genomo seka ir genetinė įvairovė | SLAF-Linkage žemėlapis |
| 2014 m | Gamtos genetika | 25.455 | Kultivuojamų žemės riešutų genomas leidžia suprasti ankštinių augalų kariotipus, poliploidus evoliucija ir pasėlių prijaukinimas. | SLAF-Linkage žemėlapis |
| 2022 m | Augalų biotechnologijos žurnalas | 9.803 | ST1 identifikavimas atskleidžia atranką, apimančią sėklų morfologijos kelionę autostopu ir aliejaus kiekis sojų pupelių prijaukinimo metu | SLAF-Marker kūrimas |
| 2022 m | Tarptautinis molekulinių mokslų žurnalas | 6.208 | Kviečių-Leymus mollis 2Ns (2D) identifikavimas ir DNR žymenų kūrimas Disominis chromosomų pakeitimas | SLAF-Marker kūrimas |
