-
Chromatino imunoprecipitacijos sekvenavimas (ChIP-seq)
ChIP-Seq suteikia genomo masto DNR taikinių profiliavimą histono modifikavimui, transkripcijos faktoriams ir kitiems su DNR susijusiems baltymams.Jis sujungia chromatino imuninio nusodinimo (ChIP) selektyvumą, kad būtų atkurti specifiniai baltymo-DNR kompleksai, ir naujos kartos sekos (NGS) galia, skirta didelio našumo atkurtos DNR sekos nustatymui.Be to, kadangi baltymo-DNR kompleksai išgaunami iš gyvų ląstelių, surišimo vietas galima palyginti skirtinguose ląstelių tipuose ir audiniuose arba skirtingomis sąlygomis.Taikoma įvairi: nuo transkripcijos reguliavimo iki vystymosi būdų iki ligų mechanizmų ir ne tik.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
Metagenominis sekvenavimas -NGS
Metagenomas reiškia mišrios organizmų bendruomenės, tokios kaip aplinkos metagenomas, žmogaus metagenomas ir kt., visos genetinės medžiagos rinkinį. Jame yra ir kultivuojamų, ir nekultivuojamų mikroorganizmų genomų.Metagenominis sekos nustatymas yra molekulinė priemonė, naudojama mišrioms genominėms medžiagoms, išskirtoms iš aplinkos mėginių, analizuoti, kuri suteikia išsamią informaciją apie rūšių įvairovę ir gausumą, populiacijos struktūrą, filogenetinius ryšius, funkcinius genus ir koreliacijos tinklą su aplinkos veiksniais.
Platforma:„Illumina NovaSeq“ platforma
-
Metagenominis sekvenavimas-nanoporas
Metagenomika yra molekulinė priemonė, naudojama mišrioms genominėms medžiagoms, išgaunamoms iš aplinkos mėginių, analizuoti, kuri suteikia išsamią informaciją apie rūšių įvairovę ir gausumą, populiacijos struktūrą, filogenetinius ryšius, funkcinius genus ir koreliacijos tinklą su aplinkos veiksniais ir kt. Neseniai pristatytos nanoporų sekos nustatymo platformos. į metagenominius tyrimus.Jo išskirtinis skaitymo ilgio našumas iš esmės pagerino paskesnę metagenominę analizę, ypač metagenomo surinkimą.Naudodamiesi skaitymo ilgio pranašumais, nanopore pagrįstas metagenominis tyrimas gali pasiekti nuolatinį surinkimą, palyginti su metagenomika su šautuvu.Paskelbta, kad nanoporų pagrindu sukurta metagenomika iš mikrobiomų sėkmingai sukūrė užbaigtus ir uždarus bakterijų genomus (Moss, EL ir kt.,Gamtos biotechnologija, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Viso genomo bisulfito sekos nustatymas
DNR metilinimas penktoje citozino padėtyje (5 mC) turi esminės įtakos genų ekspresijai ir ląstelių aktyvumui.Nenormalūs metilinimo modeliai buvo susiję su keliomis sąlygomis ir ligomis, tokiomis kaip vėžys.WGBS tapo auksiniu standartu tiriant genomo masto metilinimą vienos bazės skiriamąja geba.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
Transpozazei prieinamo chromatino tyrimas su didelio našumo sekos nustatymu (ATAC-seq)
ATAC-seq yra didelio našumo sekos nustatymo metodas, skirtas analizuoti genomo masto chromatino prieinamumą, kuris yra svarbus pasaulinei epigenetinei genų ekspresijos kontrolei.Sekvenavimo adapteriai įterpiami į atviras chromatino sritis hiperaktyvia Tn5 transpozaze.Po PGR amplifikacijos sukuriama sekos sudarymo biblioteka.Visas atviras chromatino sritis galima gauti tam tikromis erdvės ir laiko sąlygomis, neapsiribojant tik transkripcijos faktoriaus surišimo vietomis arba tam tikra histono modifikuota sritimi.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S ir 18S rRNR subvienetas, kuriame yra tiek labai konservuotų, tiek hiperkintamų regionų, yra puikus molekulinis pirštų atspaudas prokariotiniams ir eukariotiniams organizmams identifikuoti.Naudojantis sekos sudarymo pranašumais, šie amplikonai gali būti nukreipti remiantis konservuotomis dalimis, o hiperkintamieji regionai gali būti visiškai apibūdinti mikrobų identifikavimui, prisidedant prie tyrimų, apimančių mikrobų įvairovės analizę, taksonomiją, filogeniją ir kt. Vienos molekulės realiuoju laiku (SMRT) ) PacBio platformos sekos nustatymas leidžia gauti labai tikslius ilgus rodmenis, kurie galėtų apimti viso ilgio amplikonus (apie 1,5 Kb).Platesnis genetinio lauko vaizdas labai padidino bakterijų ar grybų bendruomenės rūšių anotacijos skiriamąją gebą.
Platforma:„PacBio“ tęsinys II
-
16S/18S/ITS amplikonų sekvenavimas-NGS
16S / 18S / ITS amplikonų sekos tikslas yra atskleisti filogeniją, taksonomiją ir rūšių gausą mikrobų bendruomenėje, tiriant namų ūkio genetinių žymenų PGR produktus, kuriuose yra tiek labai konversuotų, tiek hiperkintamų dalių.Woeses ir kt. (1977) įvedus šiuos tobulus molekulinius pirštų atspaudus, mikrobiomų profiliavimas atliekamas be izoliacijos.16S (bakterijų), 18S (grybai) ir vidinio transkribuoto tarpiklio (ITS, grybų) sekos nustatymas leidžia identifikuoti tiek gausias rūšis, tiek retas ir neidentifikuotas rūšis.Ši technologija tapo plačiai taikoma ir pagrindine priemone nustatant skirtingą mikrobų sudėtį įvairiose aplinkose, tokiose kaip žmogaus burna, žarnynas, išmatos ir kt.
Platforma:„Illumina NovaSeq“ platforma
-
Bakterijų ir grybelių viso genomo pakartotinis sekvenavimas
Bakterijų ir grybelių viso genomo pakartotinis nustatymas yra svarbi priemonė norint užbaigti žinomų bakterijų ir grybų genomus, taip pat palyginti kelis genomus arba nustatyti naujų organizmų genomus.Labai svarbu sekvenuoti visus bakterijų ir grybų genomus, kad būtų sukurti tikslūs etaloniniai genomai, atlikti mikrobų identifikavimą ir kitus lyginamuosius genomo tyrimus.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
„PacBio“ viso ilgio 16S/18S/ITS amplikonų sekos nustatymas
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma sukurta su ilgamete mikrobų įvairovės projektų analizės patirtimi, kuri apima standartizuotą bazinę analizę ir personalizuotą analizę: pagrindinė analizė apima pagrindinį dabartinių mikrobų tyrimų analizės turinį, analizės turinys yra turtingas ir išsamus, ir analizės rezultatai pateikiami projektų ataskaitų forma;Personalizuotos analizės turinys yra įvairus.Mėginiai gali būti atrenkami ir parametrai gali būti lanksčiai nustatyti pagal pagrindinę analizės ataskaitą ir tyrimo tikslą, kad būtų galima realizuoti individualizuotus reikalavimus.Windows operacinė sistema, paprasta ir greita.
-
„PacBio“ viso ilgio transkriptas (ne nuoroda)
Naudodama Pacific Biosciences (PacBio) izoformų sekos duomenis kaip įvestį, ši programa gali identifikuoti viso ilgio nuorašo sekas (be surinkimo).Atvaizduojant viso ilgio sekas pagal etaloninį genomą, transkriptai gali būti optimizuoti žinomais genais, transkriptais, koduojančiais regionais ir kt. Tokiu atveju galima pasiekti tikslesnį mRNR struktūrų identifikavimą, pvz., alternatyvų sujungimą ir kt.Bendra analizė su NGS transkripto sekos duomenimis leidžia atlikti išsamesnę anotaciją ir tikslesnį išraiškos kiekybinį įvertinimą nuorašo lygiu, o tai labai naudinga pasroviui diferencinei išraiškai ir funkcinei analizei.
-
Sumažinto bisulfito sekos nustatymas (RRBS)
DNR metilinimo tyrimai visada buvo karšta ligų tyrimų tema ir yra glaudžiai susiję su genų ekspresija ir fenotipiniais bruožais.RRBS yra tikslus, efektyvus ir ekonomiškas DNR metilinimo tyrimo metodas.Protoriaus ir CpG salų regionų praturtinimas fermentiniu skilimu (Msp I) kartu su bisulfito sekos nustatymu užtikrina didelės skiriamosios gebos DNR metilinimo aptikimą.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
Prokariotų mRNR sekos nustatymas
mRNR sekos nustatymas suteikia galimybę atlikti išsamų visų mRNR transkriptų profiliavimą ląstelėse tam tikromis sąlygomis.Ši pažangiausia technologija yra galingas įrankis, atskleidžiantis sudėtingus genų ekspresijos profilius, genų struktūras ir molekulinius mechanizmus, susijusius su įvairiais biologiniais procesais.Plačiai taikomas atliekant fundamentinius tyrimus, klinikinę diagnostiką ir vaistų kūrimą, mRNR sekos nustatymas suteikia įžvalgų apie ląstelių dinamikos ir genetinio reguliavimo sudėtingumą.Mūsų prokariotinių mRNR mėginių apdorojimas yra pritaikytas prokariotiniams transkriptams, įskaitant rRNR išeikvojimą ir krypties bibliotekos paruošimą.
Platforma: Illumina NovaSeq X
