-
Metagenominis sekvenavimas -NGS
Metagenomas reiškia mišrios organizmų bendruomenės, tokios kaip aplinkos metagenomas, žmogaus metagenomas ir kt., visos genetinės medžiagos rinkinį. Jame yra ir kultivuojamų, ir nekultivuojamų mikroorganizmų genomų.Metagenominis sekos nustatymas yra molekulinė priemonė, naudojama mišrioms genominėms medžiagoms, išskirtoms iš aplinkos mėginių, analizuoti, kuri suteikia išsamią informaciją apie rūšių įvairovę ir gausumą, populiacijos struktūrą, filogenetinius ryšius, funkcinius genus ir koreliacijos tinklą su aplinkos veiksniais.
Platforma:„Illumina NovaSeq“ platforma
-
Metagenominis sekvenavimas-nanoporas
Metagenomika yra molekulinė priemonė, naudojama mišrioms genominėms medžiagoms, išgaunamoms iš aplinkos mėginių, analizuoti, kuri suteikia išsamią informaciją apie rūšių įvairovę ir gausumą, populiacijos struktūrą, filogenetinius ryšius, funkcinius genus ir koreliacijos tinklą su aplinkos veiksniais ir kt. Neseniai pristatytos nanoporų sekos nustatymo platformos. į metagenominius tyrimus.Jo išskirtinis skaitymo ilgio našumas iš esmės pagerino paskesnę metagenominę analizę, ypač metagenomo surinkimą.Naudodamiesi skaitymo ilgio pranašumais, nanopore pagrįstas metagenominis tyrimas gali pasiekti nuolatinį surinkimą, palyginti su metagenomika su šautuvu.Paskelbta, kad nanoporų pagrindu sukurta metagenomika iš mikrobiomų sėkmingai sukūrė užbaigtus ir uždarus bakterijų genomus (Moss, EL ir kt.,Gamtos biotechnologija, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S ir 18S rRNR subvienetas, kuriame yra tiek labai konservuotų, tiek hiperkintamų regionų, yra puikus molekulinis pirštų atspaudas prokariotiniams ir eukariotiniams organizmams identifikuoti.Naudojantis sekos sudarymo pranašumais, šie amplikonai gali būti nukreipti remiantis konservuotomis dalimis, o hiperkintamieji regionai gali būti visiškai apibūdinti mikrobų identifikavimui, prisidedant prie tyrimų, apimančių mikrobų įvairovės analizę, taksonomiją, filogeniją ir kt. Vienos molekulės realiuoju laiku (SMRT) ) PacBio platformos sekos nustatymas leidžia gauti labai tikslius ilgus rodmenis, kurie galėtų apimti viso ilgio amplikonus (apie 1,5 Kb).Platesnis genetinio lauko vaizdas labai padidino bakterijų ar grybų bendruomenės rūšių anotacijos skiriamąją gebą.
Platforma:„PacBio“ tęsinys II
-
16S/18S/ITS amplikonų sekvenavimas-NGS
16S / 18S / ITS amplikonų sekos tikslas yra atskleisti filogeniją, taksonomiją ir rūšių gausą mikrobų bendruomenėje, tiriant namų ūkio genetinių žymenų PGR produktus, kuriuose yra tiek labai konversuotų, tiek hiperkintamų dalių.Woeses ir kt. (1977) įvedus šiuos tobulus molekulinius pirštų atspaudus, mikrobiomų profiliavimas atliekamas be izoliacijos.16S (bakterijų), 18S (grybai) ir vidinio transkribuoto tarpiklio (ITS, grybų) sekos nustatymas leidžia identifikuoti tiek gausias rūšis, tiek retas ir neidentifikuotas rūšis.Ši technologija tapo plačiai taikoma ir pagrindine priemone nustatant skirtingą mikrobų sudėtį įvairiose aplinkose, tokiose kaip žmogaus burna, žarnynas, išmatos ir kt.
Platforma:„Illumina NovaSeq“ platforma
-
Bakterijų ir grybelių viso genomo pakartotinis sekvenavimas
Bakterijų ir grybelių viso genomo pakartotinis nustatymas yra svarbi priemonė norint užbaigti žinomų bakterijų ir grybų genomus, taip pat palyginti kelis genomus arba nustatyti naujų organizmų genomus.Labai svarbu sekvenuoti visus bakterijų ir grybų genomus, kad būtų sukurti tikslūs etaloniniai genomai, atlikti mikrobų identifikavimą ir kitus lyginamuosius genomo tyrimus.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
Metatranskripto sekvenavimas
Metatranskripto sekos nustatymas nustato mikrobų (tiek eukariotų, tiek prokariotų) genų ekspresiją natūralioje aplinkoje (ty dirvožemyje, vandenyje, jūroje, išmatose ir žarnyne). Konkrečiai, šios paslaugos leidžia gauti visą sudėtingų mikrobų bendruomenių genų ekspresijos profiliavimą, taksonominę analizę. rūšių, skirtingai išreikštų genų funkcinio praturtinimo analizė ir kt.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
Grybelio genomas
„Biomarker Technologies“ teikia grybelio genomo tyrimą, smulkų genomą ir visą penės genomą, priklausomai nuo konkretaus tyrimo tikslo.Genomo seką, surinkimą ir funkcines anotacijas galima pasiekti derinant naujos kartos sekos ir trečios kartos sekos nustatymą, kad būtų pasiektas aukšto lygio genomo surinkimas.Hi-C technologija taip pat gali būti naudojama siekiant palengvinti genomo surinkimą chromosomų lygiu.
Platforma:„PacBio“ tęsinys II
Nanopore PromethION P48
„Illumina NovaSeq“ platforma
-
Pilnas bakterijų genomas
„Biomarker Technologies“ teikia sekos nustatymo paslaugą, skirtą sukurti pilną bakterijų genomą su nuliniu tarpu.Pagrindinė bakterijų genomo konstravimo darbo eiga apima trečiosios kartos sekos nustatymą, surinkimą, funkcinę anotaciją ir pažangią bioinformatinę analizę, atitinkančią konkrečius tyrimo tikslus.Išsamesnis bakterijų genomo profiliavimas leidžia atskleisti pagrindinius mechanizmus, kuriais grindžiami jų biologiniai procesai, o tai taip pat galėtų būti vertinga nuoroda aukštesniųjų eukariotų rūšių genominiams tyrimams.
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq platforma
„PacBio“ tęsinys II
