GENOMO EVOLIUCIJA
Genomas de novo
Surinkimas|Lyties nustatymas Visus sekos sudarymo darbus ir dalines bioinformatikos paslaugas atliko Biomarker Techonologies.
Abstraktus
“Ikoninis sedragonų fenotipas apima į lapus panašius priedus, bedantę vamzdinę burną ir vyrišką nėštumą, kai apvaisintos kiaušialąstės inkubuojamos ant atviro „perų lopo“.Mes de novo sekvenavome paprastojo jūros dumblinio (Phyllopteryx taeniolatus) ir su jais artimai susijusios rūšies – pypkės (Syngnathoides biaculatus) – patinų ir patelių genomus.Evoliucinės naujovės – į lapus panašių priedų – transkripcijos profiliai rodo, kad buvo pasirinktas genų, paprastai dalyvaujančių pelekų vystyme, rinkinys, taip pat buvo praturtinti galimų audinių atstatymo ir imuninės gynybos genų transkriptai.Nustatyta, kad scpp5 zebrafish mutantai, kurie prarandami visuose singnatiduose, neturi arba turi deformuotus ryklės dantis, o tai patvirtina hipotezę, kad scpp5 praradimas prisidėjo prie dantų praradimo singnatiduose.Nustatytas spėjamas lytį lemiantis lokusas, koduojantis patinams būdingą amhr2y geną, kurį dalijasi paprastosios žuvys ir aligatoriai. “
Medžiagos ir metodai:
Medžiagos
Fmūsų bendras drakonas (P. taeniolatus) ir dvi aligatorinės pypkės (S. biaculatus) egzemplioriai.Viso genomo sekos nustatymui buvo naudojami du paprasti sirgonų (vienas patinas ir viena patelė) ir du aligatorinių žuvų (vienas patinas ir viena patelė) individai, o genomo pakartotinei sekai nustatyti buvo naudojami du kiti paprastųjų sirgonų patinai.
Genomo sekos nustatymo strategija
270/350 bp biblioteka (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) arba Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sekvenavimas, o genomo pakartotinei sekai nustatyti buvo naudojami kiti du vyriški paprastieji seadragono individai.
Transkripto sekvenavimas
Farba buvo paimtas paprastasis sedragonas, smegenys, akis, žiaunos, kepenys, širdis, inkstai, žarnynas, raumuo, pelekai, oda, į lapus panašūs priedai, sėklidės ir kiaušidės.
Genome de novo surinkimo strategija
Canu (korekcija) + WTDBG2 (surinkimas) + Pilon (lenkų kalba) + Lachesis (Hi-C).
Pagrindiniai rezultatai
Pav. 1. Pagrindinės paprastosios jūrų žuvies (P. taeniolatus) ir aligatorinės žuvelės (S. biaculatus) ypatybės ir jų filogenetinės padėties.
2 pav. Į lapus panašių priedų morfologija ir genetinė sandara paprastosiose jūros dulkėse (P. taeniolatus).
3 pav. Numanomas lyties nustatymo genas paprastosiose jūros dumblinėse (P. taeniolatus) ir aligatorinėse žuvyse (S. biaculatus).
4 pav. Ryklės dantų fenotipai zebrafish scpp5 homozigotiniuose mutantuose.
Paskelbimo laikas: 2022-08-08