T2T GENOMŲ MONTAVIMAS, GENOMAS BE GAP
1stDu ryžių genomai1
Pavadinimas: Dviejų Xian / Indica ryžių etaloninių genomų be tarpų surinkimas ir patvirtinimas atskleidžia augalų centromerų architektūros įžvalgas
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Paskelbimo laikas: 2021 m. sausio 1 d.
Institutas: Huazhong žemės ūkio universitetas, Kinija
Medžiagos
O. sativa xian/indicaryžių veislės „Zhenshan 97 (ZS97)“ ir „Minghui 63 (MH63)“
Sekos nustatymo strategija
NGS skaitymas + HiFi skaitymas + CLR skaitymas + BioNano + Hi-C
Duomenys:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi skaitymas + 48,39 Gb (~ 131x ) CLR skaitymas + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys ląstelės
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi skaitymas + 48,97 Gb (~132x) CLR skaitymas + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys celės
1 paveikslas Du ryžių genomai be tarpų (MH63 ir ZS97)
2ndBananų genomas2
Pavadinimas: bananų chromosomos tarp telomerų ir telomerų, naudojant nanoporų seką
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Paskelbimo laikas: 2021 m. balandžio 17 d.
Institutas: Université Paris-Saclay, Prancūzija
Medžiagos
Dvigubas haploidasMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Sekos nustatymo strategija ir duomenys:
HiSeq2500 PE250 režimas + MinION / PromethION (93 Gb, ~ 200X ) + optinis žemėlapis (DLE-1 + BspQ1)
1 lentelė Musa acuminata (DH-Pahang) genomo rinkinių palyginimas
2 pav. Musa genomų architektūros palyginimas
3rdPhaeodactylum tricornutum genomas3
Pavadinimas: telomerų-telomerų genomo surinkimasP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Paskelbimo laikas: 2021 m. gegužės 04 d
Institutas: Vakarų universitetas, Kanada
Medžiagos
Phaeodactylum tricornutum(Dumblių ir pirmuonių kultūros kolekcija CCAP 1055/1)
Sekos nustatymo strategija ir duomenys:
1 Oxford Nanopore minION srauto elementas + 2 × 75 suporuotas galas, vidutinio išėjimo NextSeq 550 paleidimas
3 pav. Telomero į telomerą genomo surinkimo darbo eiga
4thŽmogaus CHM13 genomas4
Pavadinimas: Visa žmogaus genomo seka
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Paskelbimo laikas: 2021 m. gegužės 27 d
Institutas: Nacionaliniai sveikatos institutai (NIH), JAV
Medžiagos: ląstelių linija CHM13
Sekos nustatymo strategija ir duomenys:
30 × PacBio apskrito konsensuso sekos nustatymas (HiFi), 120 × Oxford Nanopore itin ilgo skaitymo sekos nustatymas, 100 × Illumina PCR be sekvencijos (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optinis žemėlapis ir Strand-seq
2 lentelė GRCh38 ir T2T-CHM13 žmogaus genomo rinkinių palyginimas
Nuoroda
1.Sergey Nurk ir kt.Visa žmogaus genomo seka.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser ir kt.Bananų chromosomos be tarpų nuo telomerų iki telomerų, naudojant nanoporų seką.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere ir kt.Phaeodactylum tricornutum telomerų-telomerų genomo rinkinys.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song ir kt.Dviejų Xian/indica ryžių etaloninių genomų, kuriuose nėra spragų, surinkimas ir patvirtinimas atskleidžia augalų centromerų architektūros įžvalgas.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Paskelbimo laikas: 2022-06-06