BMKCloud Log in
条形baneris-03

žinios

T2T GENOMŲ MONTAVIMAS, GENOMAS BE GAP

1stDu ryžių genomai1

Pavadinimas: Dviejų Xian / Indica ryžių etaloninių genomų be tarpų surinkimas ir patvirtinimas atskleidžia augalų centromerų architektūros įžvalgas

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Paskelbimo laikas: 2021 m. sausio 1 d.

Institutas: Huazhong žemės ūkio universitetas, Kinija

Medžiagos

O. sativa xian/indicaryžių veislės „Zhenshan 97 (ZS97)“ ir „Minghui 63 (MH63)“

Sekos nustatymo strategija

NGS skaitymas + HiFi skaitymas + CLR skaitymas + BioNano + Hi-C

Duomenys:

ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi skaitymas + 48,39 Gb (~ 131x ) CLR skaitymas + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys ląstelės

MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi skaitymas + 48,97 Gb (~132x) CLR skaitymas + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys celės

Figūra 1

1 paveikslas Du ryžių genomai be tarpų (MH63 ir ZS97)

2ndBananų genomas2

Pavadinimas: bananų chromosomos tarp telomerų ir telomerų, naudojant nanoporų seką

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Paskelbimo laikas: 2021 m. balandžio 17 d.

Institutas: Université Paris-Saclay, Prancūzija

Medžiagos

Dvigubas haploidasMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Sekos nustatymo strategija ir duomenys:

HiSeq2500 PE250 režimas + MinION / PromethION (93 Gb, ~ 200X ) + optinis žemėlapis (DLE-1 + BspQ1)

1 lentelė Musa acuminata (DH-Pahang) genomo rinkinių palyginimas

1 lentelė. GRCh38 ir T2T-CHM13 žmogaus genomo mazgų palyginimas
Figūra-Musa-genomai-architektūra-palyginimas

2 pav. Musa genomų architektūros palyginimas

3rdPhaeodactylum tricornutum genomas3

Pavadinimas: telomerų-telomerų genomo surinkimasP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Paskelbimo laikas: 2021 m. gegužės 04 d

Institutas: Vakarų universitetas, Kanada

Medžiagos

Phaeodactylum tricornutum(Dumblių ir pirmuonių kultūros kolekcija CCAP 1055/1)

Sekos nustatymo strategija ir duomenys:

1 Oxford Nanopore minION srauto elementas + 2 × 75 suporuotas galas, vidutinio išėjimo NextSeq 550 paleidimas

Figūra-Telomero-telomero-genomo surinkimo darbo eiga-1-1024x740

3 pav. Telomero į telomerą genomo surinkimo darbo eiga

4thŽmogaus CHM13 genomas4

Pavadinimas: Visa žmogaus genomo seka

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Paskelbimo laikas: 2021 m. gegužės 27 d

Institutas: Nacionaliniai sveikatos institutai (NIH), JAV

Medžiagos: ląstelių linija CHM13

Sekos nustatymo strategija ir duomenys:

30 × PacBio apskrito konsensuso sekos nustatymas (HiFi), 120 × Oxford Nanopore itin ilgo skaitymo sekos nustatymas, 100 × Illumina PCR be sekvencijos (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optinis žemėlapis ir Strand-seq

2 lentelė GRCh38 ir T2T-CHM13 žmogaus genomo rinkinių palyginimas

Lentelė-Musa-acuminata-DH-Pahang-genomo mazgų palyginimas

Nuoroda

1.Sergey Nurk ir kt.Visa žmogaus genomo seka.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser ir kt.Bananų chromosomos be tarpų nuo telomerų iki telomerų, naudojant nanoporų seką.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere ir kt.Phaeodactylum tricornutum telomerų-telomerų genomo rinkinys.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. Jia-Ming Song ir kt.Dviejų Xian/indica ryžių etaloninių genomų, kuriuose nėra spragų, surinkimas ir patvirtinimas atskleidžia augalų centromerų architektūros įžvalgas.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Paskelbimo laikas: 2022-06-06

Siųskite mums savo žinutę: