Didelio našumo genotipų nustatymas, ypač didelio masto populiacijose, yra esminis genetinių asociacijų tyrimų žingsnis, suteikiantis genetinį pagrindą funkciniams genams atrasti, evoliucinei analizei ir kt. Vietoj gilaus viso genomo pakartotinio sekos nustatymo, sumažintas reprezentacinio genomo sekos nustatymas (RRGS) ).Paprastai tai pasiekiama ištraukiant restrikcijos fragmentą tam tikrame dydžio diapazone, kuris vadinamas sumažintos reprezentacijos biblioteka (RRL).Specifinio lokuso amplifikuotų fragmentų sekos nustatymas (SLAF-Seq) yra pačių sukurta strategija de novo SNP atradimui ir didelių populiacijų SNP genotipams nustatyti.
Techninė darbo eiga
SLAF ir esami RRL metodai
SLAF privalumai
Didesnis genetinių žymenų atradimo efektyvumas– Kartu su didelio našumo sekos nustatymo technologija SLAF-Seq gali pasiekti šimtus tūkstančių žymių, aptiktų visame genome, kad būtų patenkinti įvairių mokslinių tyrimų projektų užklausos su etaloniniu genomu arba be jo.
Pritaikytas ir lankstus eksperimentinis dizainas– Skirtingiems tyrimo tikslams ar rūšims galimos skirtingos fermentinio virškinimo strategijos, įskaitant vieno fermento, dviejų fermentų ir kelių fermentų virškinimą.Virškinimo strategija bus iš anksto įvertinta in silico, kad būtų užtikrintas optimalus fermento dizainas.
Didelis fermentinio virškinimo efektyvumas– Iš anksto sukurtas fermentinis virškinimas užtikrina tolygiau paskirstytus SLAF chromosomose.Fragmentų surinkimo efektyvumas gali siekti daugiau nei 95%.
Venkite pasikartojančios sekos– SLAF-Seq duomenų pasikartojančios sekos procentas sumažinamas iki mažesnio nei 5%, ypač tose rūšyse, kuriose daug pasikartojančių elementų, pavyzdžiui, kviečiai, kukurūzai ir kt.
Savarankiškai sukurta bioinformatinė darbo eiga– BMK sukūrė integruotą bioinformatinę darbo eigą, taikomą SLAF-Seq technologijai, kad būtų užtikrintas galutinio rezultato patikimumas ir tikslumas.
SLAF taikymas
Genetinių ryšių žemėlapis
Didelio tankio genetinio žemėlapio sudarymas ir lokusų, kontroliuojančių chrizantemų (Chrysanthemum x morifolium Ramat) gėlių tipo požymius, identifikavimas.
Žurnalas: Sodininkystės tyrimai Publikuota: 2020.7
GWAS
Geno kandidato, susijusio su izofavono kiekiu sojos pupelių sėklose, identifikavimas naudojant genomo masto asociaciją ir sąsajų kartografavimą
Žurnalas: Augalų žurnalas Paskelbtas: 2020 08
Evoliucinė genetika
Populiacijos genominė analizė ir de novo surinkimas atskleidžia piktžolių ryžių, kaip evoliucinio žaidimo, kilmę
Žurnalas: Molecular Plant Publikuotas: 2019.5
Masinė segregacinė analizė (BSA)
GmST1, kuris koduoja sulfotransferazę, suteikia atsparumą sojos pupelių mozaikos viruso padermėms G2 ir G3
Žurnalas: Plant, Cell&Environment Paskelbtas: 2021 04 d
Nuoroda
Sun X, Liu D, Zhang X ir kt.SLAF-Seq: efektyvus didelio masto de novo SNP atradimo ir genotipų nustatymo metodas, naudojant didelio našumo sekos nustatymą [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Daina X, Xu Y, Gao K ir kt.Didelio tankio genetinio žemėlapio sudarymas ir chrizantemų (Chrysanthemum × morifolium Ramat.) gėlių tipo požymius kontroliuojančių lokusų identifikavimas.Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X ir kt.Geno kandidato, susijusio su izoflavono kiekiu sojos pupelių sėklose, identifikavimas naudojant genomo masto asociaciją ir sąsajų kartografavimą.Augalas J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L ir kt.Populiacijos genomo analizė ir De Novo asamblėja atskleidžia piktžolių ryžių, kaip evoliucinio žaidimo, kilmę.Molo gamykla.2019;12(5):632-647.Molo gamykla.2018 m.;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z ir kt.GmST1, kuris koduoja sulfotransferazę, suteikia atsparumą sojos pupelių mozaikos viruso padermėms G2 ir G3.Augalų ląstelių aplinka.2021;10.1111/vnt.14066
Paskelbimo laikas: 2022-04-04