Metagenominis sekvenavimas-nanoporas
Paslaugos privalumai
● Aukštos kokybės surinkimas – didesnis rūšių identifikavimo ir funkcinių genų numatymo tikslumas
● Uždaro bakterijų genomo išskyrimas
● Galingesnis ir patikimesnis pritaikymas įvairiose srityse, pvz., patogeninių mikroorganizmų ar su atsparumu antibiotikams susijusių genų aptikimas
● Lyginamoji metagenomų analizė
Paslaugos specifikacijos
| Platforma | Sekos nustatymas | Rekomenduojami duomenys | Apsisukimo laikas |
| Nanoporas | ONT | 6 G/10 G | 65 darbo dienos |
Bioinformatinės analizės
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● Metagenomo surinkimas
● Neperteklinis genų rinkinys ir anotacija
● Rūšių įvairovės analizė
● Genetinių funkcijų įvairovės analizė
● Tarpgrupinė analizė
● Asociacijų analizė prieš eksperimentinius veiksnius
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
DėlDNR ekstraktai:
| Mėginio tipas | Suma | Koncentracija | Grynumas |
| DNR ekstraktai | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Aplinkos pavyzdžiams:
| Mėginio tipas | Rekomenduojama mėginių ėmimo procedūra |
| Dirvožemis | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Likusią nudžiūvusią medžiagą reikia pašalinti nuo paviršiaus;Sumalkite didelius gabalus ir perleiskite per 2 mm filtrą;Padalinkite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba cyrotubą rezervavimui. |
| Išmatos | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Paimkite ir padalykite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriotangelį rezervuoti. |
| Žarnyno turinys | Mėginiai turi būti apdorojami aseptinėmis sąlygomis.Nuplaukite surinktus audinius PBS;Centrifuguokite PBS ir surinkite nuosėdas į EP mėgintuvėlius. |
| Dumblas | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Surinkite dumblo mėginį ir padalykite jį į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriovamzdelį rezervavimui |
| Vandens telkinys | Jei mėginys turi ribotą kiekį mikrobų, pvz., vandentiekio vanduo, šulinių vanduo ir kt., Surinkite bent 1 l vandens ir praleiskite per 0,22 μm filtrą, kad praturtintumėte membraną esančiais mikrobais.Laikykite membraną steriliame mėgintuvėlyje. |
| Oda | Steriliu medvilniniu tamponu arba chirurginiu peiliuku atsargiai nubraukite odos paviršių ir įdėkite į sterilų mėgintuvėlį. |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Mėginius užšaldykite skystame azote 3-4 valandas ir laikykite skystame azote arba -80 laipsnių temperatūroje iki ilgalaikės rezervacijos.Būtinas pavyzdinis siuntimas su sausu ledu.
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
1. Šilumos žemėlapis: rūšių turtingumo klasterizavimas
2. Funkciniai genai, anotuoti KEGG metabolizmo keliams
3.Rūšių koreliacijos tinklas
4. CARD atsparumo antibiotikams genų cirkai
BMK dėklas
Nanoporinė metagenomika leidžia greitai klinikiškai diagnozuoti bakterinę apatinių kvėpavimo takų infekciją
Paskelbta:Gamtos biotechnologija, 2019 m
Techniniai akcentai
Seka: Nanopore MinION
Klinikinė metagenomikos bioinformatika: šeimininko DNR išeikvojimas, WIMP ir ARMA analizė
Greitas aptikimas: 6 valandos
Didelis jautrumas: 96,6 %
Pagrindiniai rezultatai
2006 m. dėl apatinių kvėpavimo takų infekcijos (LR) visame pasaulyje mirė 3 milijonai žmonių.Tipiškas LR1 patogeno aptikimo metodas yra kultivavimas, kurio jautrumas yra mažas, ilgas apsisukimo laikas ir trūksta ankstyvo gydymo antibiotikais nurodymų.Greita ir tiksli mikrobų diagnozė jau seniai buvo neatidėliotinas poreikis.Daktaras Justinas iš Rytų Anglijos universiteto ir jo partneriai sėkmingai sukūrė nanopore pagrįstą metagenominį metodą patogenams aptikti.Pagal jų darbo eigą 99,99% šeimininko DNR gali būti išeikvota.Patogenų ir antibiotikams atsparių genų aptikimas gali būti baigtas per 6 valandas.
Nuoroda
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. ir O'Grady, J..(2019).Nanoporinė metagenomika leidžia greitai klinikiškai diagnozuoti bakterinę apatinių kvėpavimo takų infekciją.Gamtos biotechnologija, 37(7), 1.
