-
Augalų/gyvūnų de novo genomo sekos nustatymas
De novosekos nustatymas reiškia viso rūšies genomo kūrimą naudojant sekos nustatymo technologijas, pvz., PacBio, Nanopore, NGS ir kt., nesant etaloninio genomo.Nepaprastas trečios kartos sekos nustatymo technologijų skaitymo ilgio pagerėjimas suteikė naujų galimybių surinkti sudėtingus genomus, tokius kaip tie, kurių heterozigotiškumas, didelis pasikartojančių regionų santykis, poliploidai ir kt. Nuskaitymo ilgis yra dešimčių kilobazių, šie sekos nuskaitymai leidžia pasikartojančių elementų, nenormalaus GC turinio sričių ir kitų labai sudėtingų regionų sprendimas.
Platforma: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C pagrįstas genomo surinkimas
Hi-C yra metodas, skirtas užfiksuoti chromosomų konfigūraciją, derinant zondavimo artumu pagrįstą sąveiką ir didelio našumo sekos nustatymą.Manoma, kad šių sąveikų intensyvumas neigiamai koreliuoja su fiziniu atstumu iki chromosomų.Todėl Hi-C duomenys galėtų padėti grupuoti, rūšiuoti ir orientuoti surinktas sekas juodraščio genome ir pritvirtinti jas prie tam tikro skaičiaus chromosomų.Ši technologija suteikia galimybę sudaryti chromosomų lygio genomą, jei nėra populiacijos genetinio žemėlapio.Kiekvienam genomui reikalingas Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evoliucinė genetika
Evoliucinė genetika yra supakuota sekos nustatymo paslauga, skirta pateikti išsamią tam tikrų medžiagų evoliucinės informacijos interpretaciją, pagrįstą genetiniais variantais, įskaitant SNP, InDels, SV ir CNV.Pateikiama visa esminė analizė, reikalinga populiacijų evoliuciniams pokyčiams ir genetiniams ypatumams apibūdinti, tokiems kaip populiacijų struktūra, genetinė įvairovė, filogeniniai ryšiai ir kt. Taip pat pateikiami genų srauto tyrimai, kurie leidžia įvertinti efektyvų populiacijos dydį, divergencijos laiką.
-
Lyginamoji genomika
Lyginamoji genomika pažodžiui reiškia visų skirtingų rūšių genomo sekų ir struktūrų palyginimą.Šia disciplina siekiama atskleisti rūšių evoliuciją, genų funkciją, genų reguliavimo mechanizmą genomo lygmeniu, nustatant sekos struktūras ir elementus, kurie išliko arba skiriasi skirtingose rūšyse.Įprastas lyginamasis genomikos tyrimas apima genų šeimos, evoliucinio vystymosi, viso genomo dubliavimo, selektyvaus slėgio ir kt.
-
Masinė segreganto analizė
Didelė segregantų analizė (BSA) yra metodas, naudojamas greitai nustatyti su fenotipu susijusius genetinius žymenis.Pagrindinė BSA darbo eiga apima dviejų asmenų grupių, turinčių labai priešingus fenotipus, atranką, visų asmenų DNR sujungimą, kad susidarytų dvi DNR dalis, identifikuojant skirtingas sekas tarp dviejų telkinių.Šis metodas buvo plačiai naudojamas nustatant genetinius žymenis, stipriai susijusius su tiksliniais genais augalų / gyvūnų genomuose.
