Produktai

DNR/RNR sekos nustatymas - PacBio Sequencer

„PacBio“ sekos nustatymo platforma yra ilgai skaitoma sekos nustatymo platforma, kuri taip pat žinoma kaip viena iš trečiosios kartos sekos nustatymo (TGS) technologijų.Pagrindinė technologija, vienos molekulės realusis laikas (SMRT), leidžia generuoti dešimčių kilobazių ilgio skaitymus.„Sekvenavimo pagal sintezę“ pagrindu vieno nukleotido skiriamoji geba pasiekiama nulinio režimo bangolaidžiu (ZMW), kurio apačioje (molekulių sintezės vietoje) apšviečiamas tik ribotas tūris.Be to, SMRT sekos nustatymas iš esmės leidžia išvengti sekos specifinių paklaidų NGS sistemoje, nes dauguma PGR amplifikacijos etapų bibliotekos kūrimo procese nereikalingi.

Platforma: „Sequel II“, „Revio“.

Susisiekite su mumis

Paslaugos informacija

Demonstraciniai rezultatai

funkcijos

Du sekos režimai PacBio sekvencijoje: nuolatinis ilgas skaitymas (CLR) ir žiedinis konsensusas (CCS)

Sekos režimas

Bibliotekos dydis

Teoriniai duomenysIšeiga (vienoje ląstelėje)

Vieno pagrindoTikslumas

Programos

CLR

20Kb, 30Kb ir kt.

80 Gb iki 130 Gb

apytiksliai85 %

De novo, SV skambučiai ir kt.

CCS

15-20 Kb

14–40 Gb/ląstelė (II tęsinys)

70–110 Gb/ląstelė (Revio)

Priklauso nuo mėginių

apytiksliai99 %

De novo, SNP/Indel/SV skambutis, Iso-Seq,

„Revio“ ir „Sequel II“ atlikimo ir savybių palyginimas

Sąlygos	Tęsinys II sistema	Revio sistema	Padidinti
Didesnis tankis	8 milijonai ZMW	25 milijonai ZMW	3x
Nepriklausomi etapai	1	4	4x
Trumpesnis veikimo laikas	30 valandų	24 valandos	1,25 karto
30X HiFi žmogaus genomų per metus	88	1300	15x iš viso

Paslaugos privalumai

● Daugiau nei 8 metų patirtis naudojant PacBio sekos nustatymo platformą su tūkstančiais uždarytų projektų su įvairiomis rūšimis.

● Pilnai aprūpintas naujausiomis PacBio Sequencing platformomis, Revio, užtikrinančiomis pakankamą sekos našumą.

● Greitesnis apdorojimo laikas, didesnis duomenų kiekis ir tikslesni duomenys.

● Prisidėjo prie šimtų didelio poveikio PacBio publikacijų.

Pavyzdiniai reikalavimai

Mėginio tipas

Suma

Koncentracija (Qubit®)

Apimtis

Grynumas

Kiti

Genominė DNR

Priklauso nuo duomenų reikalavimų

≥50 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5；
Skaidri smailė ties 260 nmjokių užteršimų

Koncentraciją reikia matuoti pagal Qubit ir Qubit/Nanopore = 0,8–2,5

Bendra RNR

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5；jokių užteršimų

RIN reikšmė ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Paslaugos darbo eiga

Mėginio paruošimas

Bibliotekos statyba

Sekos nustatymas

Duomenų analizė

Projekto pristatymas

Ankstesnis: OEM gamintojas „Mrna Sequencing Service“ – Ilgas nekoduojamas sekos nustatymas – „Illumina“ – Biomarker

Kitas: Illumina ir BGI

1. Vidinis duomenų pajamingumas

Duomenys sugeneruoti iš 63 CCS ląstelių (iš 26 rūšių)

DUOMENYS-PacBio-CCS-15 Kb	Vidutinis	Maks	Min	Mediana
Išeiga – antriniai skaitymai (Gb)	421.12	544,27	221.38	426,58
Atsipirko – CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43 val
Polimerazė N50	145 651	175 430	118 118	144 689
Subreads N50	17 509	23 924	12 485	17 584
CCS N50	14 490	19 034	9 876	14 747
Vidutinis ilgis - polimerazė	67 995	89 379	49 664	66 433
Vidutinis ilgis – poskyriai	15 866	21 036	11 657	16 012
Vidutinis ilgis-CCS	14 489	19 074	8 575	14 655

Duomenys sugeneruoti iš 16 CLR ląstelių (iš 76 rūšių)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Vidutinis	Maks	Min	Mediana
Išeiga – antriniai skaitymai (Gb)	142.20	291,40	50.55	142,49
Polimerazė N50	39 456	121 191	15 389	35 231
Subreads N50	28 490	41 012	14 430	29 063
Vidutinis ilgis - polimerazė	22 063	48 886	8 747	21 555
Vidutinis ilgis – poskyriai	17 720	27 225	8 293	17 779

2. Duomenų kokybės kontrolė – demonstracinė versijaDuomenų išeigos statistika

Pavyzdys	ccs Num	Iš viso ccs bazių (bp)	ccs skaito N50 (bp)	ccs vidutinis ilgis (bp)	ccs Ilgiausias skaitymas (bp)	antrinių skaitymų bazės (bp)	ccs rodiklis (%)
PB_BMKxxx	3 444 159	54 164 122 586	15 728	15 726	36 110	863 326 330 465	6.27