Produktai

Lyginamoji genomika

Lyginamoji genomika pažodžiui reiškia visų skirtingų rūšių genomo sekų ir struktūrų palyginimą.Šios disciplinos tikslas – atskleisti rūšių evoliuciją, genų funkciją, genų reguliavimo mechanizmą genomo lygmeniu, nustatant sekos struktūras ir elementus, kurie išliko arba skiriasi skirtingose rūšyse.Tipiškas lyginamasis genomikos tyrimas apima genų šeimos, evoliucinio vystymosi, viso genomo dubliavimo, selektyvaus slėgio ir kt.

Susisiekite su mumis

Paslaugos informacija

Demonstraciniai rezultatai

Atvejo analizė

Paslaugos privalumai

● Išsamus analizių paketas, kuriame yra aštuonios dažniausiai reikalingos analizės

● Didelis analizės patikimumas su išsamiu ir lengvai suprantamu rezultatų interpretavimu

● Gerai suplanuotos publikuoti paruoštos figūros

● Aukštos kvalifikacijos bioinformatikos komanda tenkina įvairius individualizuotos analizės poreikius

● Trumpesnis apdorojimo laikas ir didesnis analizės tikslumas

● Didelė patirtis su daugiau nei 90 sėkmingų atvejų, kurių sukauptas paskelbtas poveikio koeficientas yra didesnis nei 900

Paslaugos specifikacijos

Numatomas apsisukimo laikas

Rūšių skaičius

Analizės

30 darbo dienų

6-12

Genų šeimos klasterizavimas

Genų šeimos išplėtimas ir susitraukimas

Filogenetinė medžio konstrukcija

Divergencijos laiko įvertinimas (reikalingas iškastinio kuro kalibravimas)

LTR įterpimo laikas (augalams)

Viso genomo dubliavimas (augalams)

Atrankinis slėgis

Sintenijos analizė

Bioinformatinės analizės

● Genų šeima

● Filogenetika

● Divergencijos laikas

● Atrankinis slėgis

● Sintenijos analizė

Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas

Pavyzdiniai reikalavimai:

Audinys arba DNR genomo sekos nustatymui ir surinkimui

Dėl audinių

Rūšis	Audinys	Apklausa	PacBio CCS
Gyvūnas	Visceralinis audinys	0,5-1 g	≥ 3,5 g
	Raumenų audinys		≥ 3,5 g
			≥ 5,0 g
			≥ 5,0 ml
	Žinduolių kraujas		≥ 5,0 ml
	Žinduolių kraujas		≥ 0,5 ml
	Naminių paukščių / žuvų kraujas		≥ 0,5 ml
Augalas	Šviežias Lapas	1-2 g	≥ 5,0 g
	Žiedlapis / Stiebas	1-2 g	≥ 10,0 g
	Šaknis/Sėkla	1-2 g	≥ 20,0 g
Ląstelės	Kultivuojama ląstelė	-	≥ 1 x 10⁸

Duomenys

Glaudžiai susijusių rūšių genomo sekos failai (.fasta) ir anotacijų failai (.gff3).

Aptarnavimo darbų eiga

Eksperimento dizainas

Mėginio pristatymas

Bibliotekos statyba

Sekos nustatymas

Duomenų analizė

Paslaugos po pardavimo

Ankstesnis: Evoliucinė genetika

Kitas: Masinė segreganto analizė

*Čia rodomi demonstraciniai rezultatai yra iš genomų, paskelbtų naudojant Biomarker Technologies

1.LTR įterpimo laiko įvertinimas: Paveiksle parodytas unikalus bimodalinis LTR-RT įterpimo laiko pasiskirstymas Weining rugių genome, palyginti su kitomis rūšimis.Naujausia viršūnė pasirodė maždaug prieš 0,5 milijono metų.

3LTR-įterpimo-laiko-įvertinimas-Weining-rugiuose

Li Guang ir kt.,Gamtos genetika, 2021 m

2. Chayote (Sechium edule) filogeninė ir genų šeimų analizė. Analizuojant chajotą ir kitas 13 giminingų genų šeimos rūšių, nustatyta, kad čajotas yra glaudžiausias giminystės ryšis su gyvatės moliūgais (Trichosanthes anguina).Chajotas, gautas iš gyvatės moliūgų maždaug 27–45 Mya, o viso genomo dubliavimasis (WGD) buvo pastebėtas chajote 25±4 Mya, o tai yra trečias WGD įvykis cucuibitaceae.

4 Filogenetinis chajoto medis

Fu A ir kt.,Sodininkystės tyrimai, 2021 m

3.Sintenijos analizė. Kai kurie genai, susiję su fitohormonais vaisių vystymosi procese, buvo rasti čajotuose, gyvatėse ir moliūguose.Koreliacija tarp čajoto ir moliūgo yra šiek tiek didesnė nei tarp chajoto ir gyvatės moliūgo.

4 Filogenetinis chajoto medis

Fu A ir kt.,Sodininkystės tyrimai, 2021 m

4. Genų šeimos analizė: KEGG praturtinimas dėl genų šeimos išplėtimo ir susitraukimo G.thurberi ir G.davidsonii genomuose parodė, kad su steroidų biosinteze ir brassinosteroidų biosinteze susiję genai buvo išplėsti.

4 Filogenetinis chajoto medis

Yang Z ir kt.,BMC biologija, 2021 m

5. Viso genomo dubliavimosi analizė: 4DTV ir Ks pasiskirstymo analizė parodė viso genomo dubliavimo įvykį.Vidinių rūšių smailės parodė dubliavimosi įvykius.Tarprūšių viršūnėse buvo parodyti rūšiavimo įvykiai.Analizė parodė, kad palyginti su kitomis trimis glaudžiai susijusiomis rūšimis, O. europaea neseniai patyrė didelio masto genų dubliavimąsi.

4 Filogenetinis chajoto medis

Rao G ir kt.,Sodininkystės tyrimai, 2021 m

BMK dėklas

Rožė be dygliukų: genominės įžvalgos, susijusios su prisitaikymu prie drėgmės

Paskelbta: Nacionalinė mokslo apžvalga, 2021 m

Sekos nustatymo strategija:

'Basye'sBe spygliuočių“ (R.Wichurainan) genomas:
apytiksliai93 X PacBio + apytiksl.90 X Nanopore + 267 X Illumina

Pagrindiniai rezultatai

1. Aukštos kokybės R.wichuraiana genomas buvo sukurtas naudojant ilgai skaitytus sekos nustatymo metodus, kurie duoda 530,07 Mb rinkinį (apskaičiuotas genomo dydis buvo maždaug 525,9 Mb pagal srauto citometriją ir 525,5 Mb pagal genomo tyrimą； Heterozigotiškumas buvo maždaug 1,03%).BUSCO įvertintas rezultatas buvo 93,9%.Lyginant su „Old blush“ (haploOB), šio genomo kokybę ir išsamumą patvirtino bazinis vienos bazės tikslumas ir LTR surinkimo indeksas (LAI=20,03).R.wichuraiana genome yra 32 674 baltymus koduojantys genai.

2. Daugiaomikos jungtinė analizė, susidedanti iš lyginamosios genomikos, transkriptomikos, genetinės populiacijos QTL analizės, atskleidė esminę R. wichuraiana ir Rosa chinensis specifiką.Taip pat tikėtina, kad susijusių genų ekspresijos kitimas QTL buvo susijęs su stiebo dyglių modeliavimu.

7KEGG – genų – šeimos išplėtimas ir susitraukimas – praturtinimas

Lyginamoji Basye;s Thornless ir Rosa chinensis genomikos analizė, įskaitant sintezės analizę, genų šeimos klasterį, išsiplėtimo ir susitraukimo analizę, atskleidė daugybę variantų, susijusių su esminėmis rožių savybėmis.Labai tikėtina, kad unikalus NAC ir FAR1 / FRS genų šeimos išsiplėtimas buvo susijęs su atsparumu juodajai dėmėms.

81 Lyginamoji genomikos analizė tarp BT ir OB 82 Lyginamoji genomikos analizė tarp BT ir OB 83 Lyginamoji genomikos analizė tarp BT ir OB