cirRNR sekos nustatymas-Illumina
funkcijos
● rRNR išeikvojimas ir kryptingas bibliotekos paruošimas, leidžiantis nustatyti konkrečiai grandinei būdingus duomenis.
● Bioinformatinė darbo eiga leidžia numatyti cirRNR ir kiekybiškai įvertinti išraišką
Paslaugos privalumai
●Išsamesnės RNR bibliotekos:mes naudojame rRNR išeikvojimą, o ne linijinį RNR išeikvojimą savo išankstiniame bibliotekoje, užtikrindami, kad sekos nustatymo duomenys apimtų ne tik cirRNR, bet ir mRNR bei lncRNR, leidžiančius atlikti bendrą šių duomenų rinkinių analizę.
●Neprivaloma konkurencinių endogeninių RNR (ceRNR) tinklų analizė: suteikia gilesnių įžvalgų apie ląstelių reguliavimo mechanizmus
●Plati ekspertizė: BMK apdorojant daugiau nei 20 000 mėginių, apimančių įvairius mėginių tipus ir lncRNA projektus, mūsų komanda kiekvienam projektui suteikia daug patirties.
●Griežta kokybės kontrolė: diegiame pagrindinius valdymo taškus visuose etapuose, nuo mėginių ir bibliotekos paruošimo iki sekos nustatymo ir bioinformatikos.Šis kruopštus stebėjimas užtikrina nuolatinių aukštos kokybės rezultatų teikimą.
● Pagalba po pardavimo: Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį.Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
| biblioteka | Platforma | Rekomenduojami duomenys | Duomenų kokybės užtikrinimas |
| Poli A praturtintas | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85 % |
Pavyzdiniai reikalavimai:
Nukleotidai:
| Konc. (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | Augalams: RIN≥6,5; Gyvūnams: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ribotas arba jo nėra |
● Augalai:
Šaknis, stiebas arba žiedlapis: 450 mg
Lapai arba sėklos: 300 mg
Vaisiai: 1,2 g
● Gyvūnas:
Širdis arba žarnynas: 450 mg
Viscera arba smegenys: 240 mg
Raumenys: 600 mg
Kaulai, plaukai arba oda: 1,5 g
● Nariuotakojai:
Vabzdžiai: 9g
Vėžiagyviai: 450 mg
● Visas kraujas:2 vamzdeliai
● Ląstelės: 106 ląstelės
● Serumas ir plazma: 6 ml
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Mėginio ženklinimas: Grupė+pakartojimas pvz. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Siuntimas:
1. Sausas ledas: mėginius reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
2. RNR stabilūs mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir gabenti kambario temperatūroje.
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Bioinformatika
cirRNR prognozė: chromosomų pasiskirstymas
Skirtingai išreikštos cirkRNR – vulkano brėžinys
Diferenciškai išreikštos cirRNR – hierarchinis klasterizavimas
CirRNR šeimininkų genų funkcinis praturtinimas
Naršykite mokslinių tyrimų pažangą, kurią palengvino BMKGene cirkRNR sekos nustatymo paslaugos, per kuruojamą publikacijų rinkinį.
Wang, X. ir kt.(2021) „CPSF4 reguliuoja cirRNR susidarymą ir mikroRNR sąlygojamą genų nutildymą sergant kepenų ląstelių karcinoma“, Oncogene 2021, 40:25, 40(25), p. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. ir kt.(2023) „X oo reaguojantis transkriptas atskleidžia žiedinės RNR133 vaidmenį atsparumui ligoms, reguliuojant OsARAB ekspresiją ryžiuose“, Phytopathology Research, 5(1), p. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. ir kt.(2023) „CPSF3 moduliuoja žiedinių ir linijinių transkriptų pusiausvyrą sergant kepenų ląstelių karcinoma“.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. ir kt.(2023) „Išsamus cirRNR įvertinimas sergant ciroze kardiomiopatija prieš ir po kepenų transplantacijos“, International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
