16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Paslaugos privalumai
● Ilgas skaitymas, atskleidžiantis visą 16S/18S/ITS seką
● Labai tikslus bazinis skambutis su PacBio CCS režimo sekos nustatymu
● Rūšių lygio skiriamoji geba OTU/ASV anotacijoje
● Naujausias QIIME2 analizės srautas su įvairiomis duomenų bazės, anotacijų, OTU/ASV analizėmis.
● Taikoma įvairiems mikrobų bendruomenės tyrimams
● BMK turi didelę patirtį su daugiau nei 100 000 mėginių per metus, apimantį dirvožemį, vandenį, dujas, dumblą, išmatas, žarnas, odą, fermentacijos sultinį, vabzdžius, augalus ir kt.
● BMKCloud palengvino duomenų interpretavimą, kuriame yra 45 suasmeninti analizės įrankiai
Paslaugos specifikacijos
| Sekos nustatymasPlatforma | biblioteka | Rekomenduojami duomenys | Apsisukimo laikas |
| „PacBio“ tęsinys II | SMRT varpas | 5K/10K/20K žymos | 44 darbo dienos |
Bioinformatinės analizės
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● OTU grupavimas / triukšmo mažinimas (ASV)
● OTU anotacija
● Alfa įvairovė
● Beta įvairovė
● Tarpgrupinė analizė
● Asociacijų analizė prieš eksperimentinius veiksnius
● Funkcijos genų numatymas
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
DėlDNR ekstraktai:
| Mėginio tipas | Suma | Koncentracija | Grynumas |
| DNR ekstraktai | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Aplinkos pavyzdžiams:
| Mėginio tipas | Rekomenduojama mėginių ėmimo procedūra |
| Dirvožemis | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Likusią nudžiūvusią medžiagą reikia pašalinti nuo paviršiaus;Sumalkite didelius gabalus ir perleiskite per 2 mm filtrą;Padalinkite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba cyrotubą rezervavimui. |
| Išmatos | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Paimkite ir padalykite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriotangelį rezervuoti. |
| Žarnyno turinys | Mėginiai turi būti apdorojami aseptinėmis sąlygomis.Nuplaukite surinktus audinius PBS;Centrifuguokite PBS ir surinkite nuosėdas į EP mėgintuvėlius. |
| Dumblas | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Surinkite dumblo mėginį ir padalykite jį į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriovamzdelį rezervavimui |
| Vandens telkinys | Jei mėginys turi ribotą kiekį mikrobų, pvz., vandentiekio vanduo, šulinio vanduo ir pan., surinkite bent 1 l vandens ir praleiskite per 0,22 μm filtrą, kad membrana būtų praturtinta mikrobais.Laikykite membraną steriliame mėgintuvėlyje. |
| Oda | Steriliu medvilniniu tamponu arba chirurginiu peiliuku atsargiai nubraukite odos paviršių ir įdėkite į sterilų mėgintuvėlį. |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Mėginius užšaldykite skystame azote 3-4 valandas ir laikykite skystame azote arba -80 laipsnių temperatūroje iki ilgalaikės rezervacijos.Būtinas pavyzdinis siuntimas su sausu ledu.
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
1. V3+V4 (Illumina) pagrįsto mikrobų bendruomenės profiliavimo anotacijų dažnis, palyginti su viso ilgio (PacBio) profiliavimu.
(Statistikai panaudoti 30 atsitiktinai atrinktų projektų duomenys)
2. Viso ilgio amplikonų sekos anotacijos dažnis rūšių lygiu skirtinguose mėginių tipuose
3.Rūšių paplitimas
4.Filogenetinis medis
BMK dėklas
Arseno ekspozicija sukelia žarnyno barjero pažeidimą ir dėl to suaktyvina žarnyno ir kepenų ašį, dėl kurios ančių uždegimas ir kepenų piroptozė
Paskelbta:Mokslas apie bendrą aplinką,2021 m
Sekos nustatymo strategija:
Mėginiai: kontrolinė ir 8 mg/kg ATO paveikta grupė
Sekos duomenų išeiga: iš viso 102 583 neapdorotos CCS sekos
Kontrolė: 54 518 ± 747 efektyvus CCS
ATO ekspozicija: 45 050 ± 1675 efektyvus CCS
Pagrindiniai rezultatai
Alfa įvairovė:ATO ekspozicija žymiai pakeitė ančių žarnyno mikrobų turtingumą ir įvairovę.
Metastatų analizė:
Prieglobsčio lygyje: 2 bakterijos aptiktos tik kontrolinėse grupėse
Genties lygiu: 6 gentys buvo reikšmingai skirtingos santykiniu gausumu
Rūšių lygmeniu: iš viso nustatytos 36 rūšys, iš kurių 6 reikšmingai skyrėsi atgimimo gausa
Nuoroda
Thingholm, LB ir kt.Nutukę asmenys, sergantys 2 tipo cukriniu diabetu ir be jo, turi skirtingą žarnyno mikrobų funkcinį pajėgumą ir sudėtį.Ląstelių šeimininkas ir mikrobas26.2(2019).
