ຜະລິດຕະພັນ

ການຈັດລໍາດັບ RNA Prokaryotic

ຮູບພາບທີ່ໂດດເດັ່ນການຈັດລໍາດັບ Prokaryotic RNA

ການຈັດລໍາດັບ RNA ຂອງ Prokaryotic ໃຊ້ລໍາດັບການຜະລິດຕໍ່ໄປ (NGS) ເພື່ອເປີດເຜີຍການປະກົດຕົວແລະປະລິມານຂອງ RNA ໃນເວລານີ້, ໂດຍການວິເຄາະຕົວແປຂອງຈຸລັງທີ່ມີການປ່ຽນແປງ.ການຈັດລໍາດັບ RNA ຂອງ prokaryotic ຂອງບໍລິສັດຂອງພວກເຮົາ, ໂດຍສະເພາະແມ່ນແນໃສ່ prokaryotes ທີ່ມີ genomes ອ້າງອິງ, ສະຫນອງໃຫ້ທ່ານມີ transcriptome profiling, ການວິເຄາະໂຄງສ້າງຂອງ gene, ແລະອື່ນໆ. ມັນໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງກັບການຄົ້ນຄວ້າວິທະຍາສາດພື້ນຖານ, ການຄົ້ນຄວ້າແລະການພັດທະນາຢາ, ແລະອື່ນໆ.

ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform

ຕິດຕໍ່ພວກເຮົາ

ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

ເວທີ: ເວທີ Illumina NovaSeq, PE150

ປະເພດຫ້ອງສະໝຸດ: 350bp ໃສ່ຫ້ອງສະໝຸດ cDNA (ຂຶ້ນກັບການແຈກຢາຍສູງສຸດ)

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ: Paired-End 150 bp

ຈໍານວນຂໍ້ມູນແນະນໍາ: 2 Gb ຂໍ້ມູນດິບ/ຕົວຢ່າງ

ຊີວະວິທະຍາ

(1) ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນຕາມລໍາດັບ: ການແຜ່ກະຈາຍ Nucleotide, ການແຜ່ກະຈາຍຄຸນນະພາບພື້ນຖານ, ການປະເມີນອັດຕາສ່ວນ rRNA;

(2) ການວິເຄາະການຈັດລໍາດັບ: ສະຖິຕິຜົນໄດ້ຮັບການຈັດລໍາດັບ, ການອີ່ມຕົວຂອງລໍາດັບ, ການຄຸ້ມຄອງການຈັດລໍາດັບ;

(3) ການອ້າງອີງ genome annotation (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) ການວິເຄາະການສະແດງອອກ: ການແຈກຢາຍການສະແດງອອກ (ມີສອງຕົວຢ່າງຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນ), ການວິເຄາະການສະແດງອອກລະຫວ່າງຕົວຢ່າງ (ການວິເຄາະ Venn, ການວິເຄາະ Correlation, ການວິເຄາະ PCA);

(5) ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ (ມີສອງຕົວຢ່າງຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນ);

(6) Gene set analysis: ການວິເຄາະ Venn, Cluster analysis, Function annotation analysis (COG, GO, KEGG), Function enrichment analysis (GO, KEGG), Function enrichment chordal graph, Ipath analysis;

(7) ການວິເຄາະ sRNA: ການຄາດຄະເນ sRNA, sRNA annotation (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA ການຄາດຄະເນໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງ, ການຄາດຄະເນ gene ເປົ້າຫມາຍ sRNA;

(8) ການວິເຄາະໂຄງສ້າງການຖອດຂໍ້ຄວາມ: ການວິເຄາະ Operaon, Transcription start and end sites prediction, UTR annotation and analysis, promoter sequence prediction, SNP/InDel analysis (SNP/InDel annotation, SNP/InDel regional distribution, SNP statistics).