-
BSA
ແພລະຕະຟອມການວິເຄາະ Segregant Bulked ປະກອບດ້ວຍການວິເຄາະມາດຕະຖານຂັ້ນຕອນດຽວແລະການວິເຄາະຂັ້ນສູງດ້ວຍການຕັ້ງຄ່າພາລາມິເຕີທີ່ກໍາຫນົດເອງ.BSA ແມ່ນເຕັກນິກທີ່ໃຊ້ໃນການກໍານົດຕົວຊີ້ທາງພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ phenotype ຢ່າງໄວວາ.ຂະບວນການເຮັດວຽກຕົ້ນຕໍຂອງ BSA ປະກອບມີ: 1. ການຄັດເລືອກສອງກຸ່ມຂອງບຸກຄົນທີ່ມີ phenotypes ກົງກັນຂ້າມທີ່ສຸດ;2. ການລວມເອົາ DNA, RNA ຫຼື SLAF-seq (ພັດທະນາໂດຍ Biomarker) ຂອງບຸກຄົນທັງໝົດເພື່ອສ້າງເປັນສອງສ່ວນຂອງ DNA;3. ການກໍານົດລໍາດັບຄວາມແຕກຕ່າງຕໍ່ກັບ genome ອ້າງອິງຫຼືໃນລະຫວ່າງ, 4. ຄາດຄະເນພາກພື້ນທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ໂດຍ ED ແລະ SNP-index algorithm;5. ການວິເຄາະໜ້າທີ່ ແລະການປັບປຸງພັນທຸກໍາໃນພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະໝັກ, ແລະອື່ນໆ. ຍັງມີການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນແບບພິເສດຫຼາຍຂຶ້ນ ລວມທັງການກວດຫາເຄື່ອງໝາຍພັນທຸກໍາ ແລະການອອກແບບ primer.
-
ແອມພີຄອນ (16 ວິນາທີ/18ວິ/ITS)
ແພລະຕະຟອມ Amplicon (16S/18S/ITS) ຖືກພັດທະນາໂດຍມີປະສົບການຫຼາຍປີໃນການວິເຄາະໂຄງການຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຈຸລິນຊີ, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍການວິເຄາະພື້ນຖານມາດຕະຖານແລະການວິເຄາະສ່ວນບຸກຄົນ: ການວິເຄາະພື້ນຖານກວມເອົາເນື້ອໃນການວິເຄາະຕົ້ນຕໍຂອງການຄົ້ນຄວ້າຈຸລິນຊີໃນປະຈຸບັນ, ເນື້ອໃນການວິເຄາະແມ່ນອຸດົມສົມບູນແລະສົມບູນແບບ, ແລະຜົນໄດ້ຮັບການວິເຄາະໄດ້ຖືກນໍາສະເຫນີໃນຮູບແບບຂອງບົດລາຍງານໂຄງການ;ເນື້ອໃນຂອງການວິເຄາະສ່ວນບຸກຄົນແມ່ນມີຄວາມຫລາກຫລາຍ.ຕົວຢ່າງສາມາດເລືອກໄດ້ແລະຕົວກໍານົດການສາມາດກໍານົດໄດ້ຕາມຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຂອງບົດລາຍງານການວິເຄາະພື້ນຖານແລະຈຸດປະສົງການຄົ້ນຄວ້າ, ເພື່ອຮັບຮູ້ຄວາມຕ້ອງການສ່ວນບຸກຄົນ.ລະບົບປະຕິບັດການ Windows, ງ່າຍດາຍແລະໄວ.
-
ພັນທຸ ກຳ ວິວັດທະນາການ
ພັນທຸ ກຳ Evolutionary ແມ່ນການບໍລິການຈັດລຽງຕາມລຳດັບທີ່ອອກແບບມາເພື່ອສະໜອງການຕີຄວາມສົມບູນກ່ຽວກັບຂໍ້ມູນວິວັດທະນາການຂອງວັດສະດຸທີ່ສະໜອງໃຫ້ໂດຍອີງໃສ່ການປ່ຽນແປງທາງພັນທຸກໍາ, ລວມທັງ SNPs, InDels, SVs ແລະ CNVs.ມັນສະຫນອງການວິເຄາະພື້ນຖານທັງຫມົດທີ່ຈໍາເປັນສໍາລັບການອະທິບາຍການປ່ຽນແປງວິວັດທະນາແລະລັກສະນະທາງພັນທຸກໍາຂອງປະຊາກອນ, ເຊັ່ນ: ໂຄງສ້າງປະຊາກອນ, ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາ, ຄວາມສໍາພັນຂອງ phylogeny, ແລະອື່ນໆ. ມັນຍັງປະກອບດ້ວຍການສຶກສາກ່ຽວກັບການໄຫຼວຽນຂອງ gene, ເຊິ່ງສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງໃຫ້ການຄາດຄະເນຂະຫນາດປະຊາກອນທີ່ມີປະສິດທິພາບ, ເວລາຄວາມແຕກຕ່າງ.
-
ພັນທຸ ກຳ ປຽບທຽບ
genomics ປຽບທຽບຫມາຍຄວາມວ່າການປຽບທຽບລໍາດັບ genome ທີ່ສົມບູນແລະໂຄງສ້າງຂອງຊະນິດຕ່າງໆ.ລະບຽບວິໄນນີ້ມີຈຸດປະສົງເພື່ອເປີດເຜີຍວິວັດທະນາການຂອງຊະນິດພັນ, ການທໍາງານຂອງພັນທຸກໍາ, ກົນໄກການຄວບຄຸມຂອງ gene ໃນລະດັບ genome ໂດຍການກໍານົດໂຄງສ້າງລໍາດັບແລະອົງປະກອບທີ່ອະນຸລັກຫຼືແຕກຕ່າງກັນໃນທົ່ວຊະນິດຕ່າງໆ.ການສຶກສາ genomics ປຽບທຽບແບບປົກກະຕິປະກອບມີການວິເຄາະໃນຄອບຄົວ gene, ການພັດທະນາ evolutionary, ການຊໍ້າຊ້ອນຂອງ genome ທັງຫມົດ, ຄວາມກົດດັນການຄັດເລືອກ, ແລະອື່ນໆ.
-
ພັນທຸ ກຳ ວິວັດທະນາການ
ແພລະຕະຟອມການວິເຄາະທາງພັນທຸກໍາຂອງປະຊາກອນ ແລະວິວັດທະນາການແມ່ນສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນບົນພື້ນຖານຂອງປະສົບການອັນໃຫຍ່ຫຼວງທີ່ສະສົມຢູ່ໃນທີມງານ R&D ຂອງ BMK ເປັນເວລາຫຼາຍປີ.ມັນເປັນເຄື່ອງມືທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້ໂດຍສະເພາະແມ່ນສໍາລັບນັກຄົ້ນຄວ້າທີ່ບໍ່ໄດ້ສໍາຄັນໃນ bioinformatics.ເວທີນີ້ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະພື້ນຖານກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາວິວັດທະນາການພື້ນຖານລວມທັງການກໍ່ສ້າງຕົ້ນໄມ້ phylogenetic, ການວິເຄາະຄວາມບໍ່ສົມດຸນຂອງການເຊື່ອມໂຍງ, ການປະເມີນຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາ, ການວິເຄາະການຄັດເລືອກ, ການວິເຄາະພີ່ນ້ອງ, PCA, ການວິເຄາະໂຄງສ້າງປະຊາກອນ, ແລະອື່ນໆ.
-
ສະພາແຫ່ງ Genome ທີ່ອີງໃສ່ Hi-C
Hi-C ແມ່ນວິທີການທີ່ອອກແບບມາເພື່ອບັນທຶກການຕັ້ງຄ່າໂຄໂມໂຊມໂດຍການລວມເອົາການໂຕ້ຕອບທີ່ອີງໃສ່ຄວາມໃກ້ຄຽງ ແລະການຈັດລໍາດັບການສົ່ງຜ່ານສູງ.ຄວາມເຂັ້ມຂອງປະຕິສໍາພັນເຫຼົ່ານີ້ເຊື່ອວ່າມີຄວາມສໍາພັນທາງລົບກັບໄລຍະຫ່າງທາງກາຍະພາບຂອງໂຄໂມໂຊມ.ດັ່ງນັ້ນ, ຂໍ້ມູນ Hi-C ສາມາດແນະນຳການຈັດກຸ່ມ, ການສັ່ງ ແລະ ການກຳນົດທິດທາງຂອງລຳດັບທີ່ປະກອບຢູ່ໃນ genome ສະບັບຮ່າງ ແລະ ຍຶດເອົາໂຄໂມໂຊມຈຳນວນໜຶ່ງ.ເທກໂນໂລຍີນີ້ສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງການປະກອບ genome ລະດັບໂຄໂມໂຊມໃນກໍລະນີທີ່ບໍ່ມີແຜນທີ່ພັນທຸກໍາໂດຍອີງໃສ່ປະຊາກອນ.ທຸກໆ genome ຕ້ອງການ Hi-C.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ
-
ການຈັດລໍາດັບພັນທຸກໍາຂອງພືດ/ສັດ De Novo
De Novoການຈັດລຳດັບໝາຍເຖິງການສ້າງ genome ທັງໝົດຂອງຊະນິດພັນໂດຍນຳໃຊ້ເທັກໂນໂລຍີການຈັດລຳດັບ, ເຊັ່ນ PacBio, Nanopore, NGS, ແລະອື່ນໆ, ໃນກໍລະນີທີ່ບໍ່ມີ genome ອ້າງອີງ.ການປັບປຸງທີ່ໂດດເດັ່ນໃນຄວາມຍາວການອ່ານຂອງເຕັກໂນໂລຢີການຈັດລໍາດັບຮຸ່ນທີສາມໄດ້ນໍາເອົາໂອກາດໃຫມ່ໃນການປະກອບ genomes ທີ່ຊັບຊ້ອນ, ເຊັ່ນວ່າຜູ້ທີ່ມີ heterozygosity ສູງ, ອັດຕາສ່ວນສູງຂອງພາກພື້ນທີ່ຊ້ໍາກັນ, polyploids, ແລະອື່ນໆ. ດ້ວຍຄວາມຍາວການອ່ານໃນລະດັບຫຼາຍສິບກິໂລຖານ, ການຈັດລໍາດັບເຫຼົ່ານີ້ສາມາດອ່ານໄດ້. ການແກ້ໄຂອົງປະກອບທີ່ຊ້ໍາ, ພາກພື້ນທີ່ມີເນື້ອໃນ GC ຜິດປົກກະຕິແລະພາກພື້ນທີ່ສະລັບສັບຊ້ອນສູງອື່ນໆ.
ເວທີ: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq ເວທີ
-
ການຈັດລໍາດັບ Exome ຂອງມະນຸດທັງຫມົດ
ການຈັດລໍາດັບ exome ທັງໝົດ (WES) ຖືວ່າເປັນຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນການກໍານົດການກາຍພັນທີ່ເຮັດໃຫ້ເກີດພະຍາດ.ເຖິງແມ່ນວ່າ exons ພຽງແຕ່ໃຊ້ເວລາປະມານ 1.7% ຂອງ genome ທັງຫມົດ, ມັນເປັນຕົວແທນຂອງຫນ້າທີ່ຂອງທາດໂປຼຕີນທັງຫມົດໂດຍກົງ.ໃນ genome ຂອງມະນຸດ, ມັນໄດ້ຖືກລາຍງານວ່າຫຼາຍກ່ວາ 85% ຂອງການກາຍພັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພະຍາດເກີດຂຶ້ນໃນເຂດລະຫັດໂປຣຕີນ.
BMKGENE ສະຫນອງການບໍລິການຈັດລໍາດັບ exome ຂອງມະນຸດທີ່ສົມບູນແບບແລະປ່ຽນແປງໄດ້ດ້ວຍກົນລະຍຸດການຈັບ exon ທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ມີຢູ່ເພື່ອຕອບສະຫນອງເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າຕ່າງໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
ການຈັດລຳດັບ Fragment Amplified Specific-Locus (SLAF-Seq)
genotyping ທີ່ມີຄວາມໄວສູງ, ໂດຍສະເພາະໃນປະຊາກອນຂະຫນາດໃຫຍ່, ແມ່ນຂັ້ນຕອນພື້ນຖານໃນການສຶກສາສະມາຄົມພັນທຸກໍາ, ເຊິ່ງສະຫນອງພື້ນຖານທາງພັນທຸກໍາສໍາລັບການຄົ້ນພົບ gene ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ການວິເຄາະວິວັຖນາການ, ແລະອື່ນໆ. ແທນທີ່ຈະເປັນການຈັດລໍາດັບ genome ເລິກທັງຫມົດ, ຫຼຸດລົງການລໍາດັບ genome ຕົວແທນ (RRGS. ) ຖືກແນະນໍາເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຕໍ່ລໍາດັບຕໍ່ຕົວຢ່າງ, ໃນຂະນະທີ່ຮັກສາປະສິດທິພາບທີ່ສົມເຫດສົມຜົນກ່ຽວກັບການຄົ້ນພົບເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາ.ນີ້ແມ່ນບັນລຸໄດ້ໂດຍທົ່ວໄປໂດຍການສະກັດຊິ້ນສ່ວນການຈໍາກັດພາຍໃນຂອບເຂດຂະຫນາດທີ່ກໍານົດ, ເຊິ່ງມີຊື່ວ່າຫ້ອງສະຫມຸດຕົວແທນຫຼຸດລົງ (RRL).ການຈັດລຳດັບຊິ້ນສ່ວນຂະຫຍາຍສະເພາະສະເພາະ (SLAF-Seq) ແມ່ນຍຸດທະສາດທີ່ພັດທະນາຕົນເອງສຳລັບການພິມ SNP ທີ່ມີ ຫຼືບໍ່ມີ genome ອ້າງອີງ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform -
Illumina ແລະ BGI
ເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບ Illumina, ອີງໃສ່ Sequencing ໂດຍ Synthesis (SBS), ເປັນນະວັດຕະກໍາ NGS ທີ່ໄດ້ຮັບການຍອມຮັບໃນທົ່ວໂລກ, ຮັບຜິດຊອບສໍາລັບການສ້າງຫຼາຍກວ່າ 90% ຂອງຂໍ້ມູນລໍາດັບຂອງໂລກ.ຫຼັກການຂອງ SBS ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຖ່າຍຮູບ fluorescently labeled reversible terminators ຍ້ອນວ່າແຕ່ລະ dNTP ໄດ້ຖືກເພີ່ມ, ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນ cleaved ເພື່ອອະນຸຍາດໃຫ້ການລວມຕົວຂອງຖານຕໍ່ໄປ.ດ້ວຍ dNTPs terminator-bound ທີ່ປີ້ນກັບກັນທັງສີ່ທີ່ມີຢູ່ໃນແຕ່ລະຮອບວຽນລໍາດັບ, ການແຂ່ງຂັນແບບທໍາມະຊາດຈະຫຼຸດຜ່ອນຄວາມລໍາອຽງໃນການປະກອບ.ເທັກໂນໂລຍີອະເນກປະສົງນີ້ສະໜັບສະໜຸນທັງຫ້ອງສະໝຸດແບບອ່ານດຽວ ແລະແບບຄູ່, ສະໜອງໃຫ້ຫຼາຍຊະນິດຂອງແອັບພລິເຄຊັນ genomic.ຄວາມສາມາດໃນການສົ່ງຂໍ້ມູນສູງຂອງ Illumina sequencing ແລະຄວາມແມ່ນຍໍາຂອງການຈັດວາງມັນເປັນພື້ນຖານສໍາຄັນໃນການຄົ້ນຄວ້າ genomics, ການສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງໃຫ້ນັກວິທະຍາສາດເພື່ອແກ້ໄຂຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງ genomes ດ້ວຍລາຍລະອຽດແລະປະສິດທິພາບທີ່ບໍ່ກົງກັນ.
DNBSEQ, ພັດທະນາໂດຍ BGI, ແມ່ນເຕັກໂນໂລຢີ NGS ທີ່ມີນະວັດຕະກໍາອີກອັນຫນຶ່ງທີ່ໄດ້ຄຸ້ມຄອງເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນລໍາດັບແລະເພີ່ມການສົ່ງຕໍ່.ການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດ DNBSEQ ກ່ຽວຂ້ອງກັບການແບ່ງແຍກ DNA, ການກະກຽມ ssDNA ແລະການຂະຫຍາຍວົງມົນເພື່ອໃຫ້ໄດ້ DNA nanoballs (DNB).ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ສິ່ງເຫຼົ່ານີ້ຖືກໂຫຼດໃສ່ພື້ນຜິວແຂງ ແລະຖືກຈັດລຽງຕາມລຳດັບໂດຍການສັງເຄາະ Probe-Anchor ປະສົມປະສານ (cPAS).
ບໍລິການຈັດລຽງລຳດັບຫ້ອງສະໝຸດທີ່ສ້າງຂຶ້ນກ່ອນຂອງພວກເຮົາໄດ້ອຳນວຍຄວາມສະດວກໃຫ້ແກ່ລູກຄ້າໃນການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດການຈັດລຳດັບຂອງເຂົາເຈົ້າຈາກແຫຼ່ງຕ່າງໆ (mRNA, genome ທັງໝົດ, amplicon, ແລະອື່ນໆ).ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຫ້ອງສະຫມຸດເຫຼົ່ານີ້ສາມາດຖືກສົ່ງໄປຫາສູນລໍາດັບຂອງພວກເຮົາສໍາລັບການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບແລະການຈັດລໍາດັບໃນເວທີ Illumina ຫຼື BGI.
