-
ການຈັດລໍາດັບ Metatranscriptome
ການຈັດລໍາດັບ Metatranscriptome ລະບຸການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອຈຸລິນຊີ (ທັງ eukaryotes ແລະ prokaryotes) ພາຍໃນສະພາບແວດລ້ອມທໍາມະຊາດ (ເຊັ່ນດິນ, ນ້ໍາ, ທະເລ, ອາຈົມ, ແລະລໍາໄສ້). ຂອງຊະນິດພັນ, ການວິເຄາະຄວາມອຸດົມສົມບູນທີ່ເປັນປະໂຫຍດຂອງພັນທຸກໍາທີ່ສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ແລະອື່ນໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
ພັນທຸ ກຳ ເຊື້ອເຫັດ
Biomarker Technologies ໃຫ້ການສໍາຫຼວດ genome, genome ອັນດີງາມແລະ pene-complete genome ຂອງ fungal ຂຶ້ນກັບເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າສະເພາະ.ການຈັດລໍາດັບ genome, ການປະກອບແລະຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດແມ່ນສາມາດບັນລຸໄດ້ໂດຍການລວມເອົາລໍາດັບການຜະລິດຕໍ່ໄປ + ລໍາດັບການຜະລິດທີສາມເພື່ອບັນລຸການປະກອບ genome ລະດັບສູງ.ເທກໂນໂລຍີ Hi-C ຍັງສາມາດຖືກຈ້າງງານເພື່ອອໍານວຍຄວາມສະດວກໃນການປະກອບພັນທຸກໍາໃນລະດັບໂຄໂມໂຊມ.
ເວທີ:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
ເວທີ Illumina NovaSeq
-
ຊຸດເຄື່ອງມື
BMKCloud ເປັນແພລດຟອມຊີວະປະຫວັດຫຍໍ້ຊັ້ນນໍາທີ່ສະຫນອງການແກ້ໄຂແບບຢຸດດຽວສໍາລັບໂຄງການ genomic, ເຊິ່ງໄດ້ຮັບຄວາມໄວ້ວາງໃຈຢ່າງກວ້າງຂວາງຈາກນັກຄົ້ນຄວ້າໃນເວທີຕ່າງໆລວມທັງການແພດ, ການກະສິກໍາ, ສິ່ງແວດລ້ອມ, ແລະອື່ນໆ. BMKCloud ມຸ່ງຫມັ້ນທີ່ຈະສະຫນອງການບໍລິການປະສົມປະສານ, ເຊື່ອຖືໄດ້ແລະປະສິດທິພາບລວມທັງເວທີການວິເຄາະ bioinformatic ແລະເຄື່ອງມື. , ຊັບພະຍາກອນຄອມພິວເຕີ, ຖານຂໍ້ມູນສາທາລະນະ, ຫຼັກສູດອອນໄລນ໌ bioinformtic, ແລະອື່ນໆ BMKCloud ມີເຄື່ອງມື bioinformatic ຕ່າງໆທີ່ໃຊ້ເລື້ອຍໆລວມທັງ gene annotation, evolutionary genetic tools, ncRNA, ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ, ການປະກອບ, ການສອດຄ່ອງ, ການສະກັດເອົາຂໍ້ມູນ, ການກາຍພັນ, ສະຖິຕິ, ຕົວສ້າງຕົວເລກ, ລໍາດັບ. ການວິເຄາະ, ແລະອື່ນໆ.
-
ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຄົບຖ້ວນສົມບູນ
Biomarker Technologies ໃຫ້ບໍລິການຈັດລໍາດັບໃນການກໍ່ສ້າງ genome ຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ສົມບູນໂດຍບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ.ຂະບວນການເຮັດວຽກຕົ້ນຕໍຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍການກໍ່ສ້າງ genome ສໍາເລັດປະກອບມີການຈັດລໍາດັບການຜະລິດທີສາມ, ການປະກອບ, ຄໍາອະທິບາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະການວິເຄາະ bioinformatic ກ້າວຫນ້າເພື່ອບັນລຸເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າສະເພາະ.ການສ້າງໂປຣໄຟລຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ກວ້າງຂວາງກວ່າ ຊ່ວຍໃຫ້ການເປີດເຜີຍກົນໄກພື້ນຖານທີ່ຕິດພັນກັບຂະບວນການທາງຊີວະວິທະຍາຂອງພວກມັນ, ເຊິ່ງຍັງສາມາດສະໜອງຂໍ້ມູນອ້າງອີງທີ່ມີຄຸນຄ່າສໍາລັບການຄົ້ນຄວ້າກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາໃນຊະນິດ eukaryotic ທີ່ສູງກວ່າ.
ເວທີ:ເວທີ Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq
PacBio Sequel II
-
RNA ນ້ອຍ
RNA ຂະໜາດນ້ອຍແມ່ນປະເພດຂອງ RNA ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດສັ້ນທີ່ມີຄວາມຍາວສະເລ່ຍ 18-30 nt, ລວມທັງ miRNA, siRNA ແລະ piRNA.RNA ຂະຫນາດນ້ອຍເຫຼົ່ານີ້ໄດ້ຖືກລາຍງານຢ່າງຫຼວງຫຼາຍວ່າມີສ່ວນຮ່ວມໃນຂະບວນການທາງຊີວະວິທະຍາຕ່າງໆເຊັ່ນ: ການທໍາລາຍ mRNA, ການຍັບຍັ້ງການແປພາສາ, ການສ້າງ heterochromatin, ແລະອື່ນໆ. ເວທີການວິເຄາະລໍາດັບປະກອບດ້ວຍການວິເຄາະມາດຕະຖານແລະການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນແບບພິເສດ.ບົນພື້ນຖານຂອງຂໍ້ມູນ RNA-seq, ການວິເຄາະມາດຕະຖານສາມາດບັນລຸການກໍານົດແລະການຄາດຄະເນ miRNA, ການຄາດຄະເນ gene ເປົ້າຫມາຍ miRNA, ຄໍາອະທິບາຍແລະການວິເຄາະການສະແດງອອກ.ການວິເຄາະແບບພິເສດເຮັດໃຫ້ການຄົ້ນຫາແລະການສະກັດເອົາ miRNA ທີ່ກໍາຫນົດເອງ, ການສ້າງແຜນວາດ Venn, miRNA ແລະການສ້າງເຄືອຂ່າຍ gene ເປົ້າຫມາຍ.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS ເປັນແພລະຕະຟອມການວິເຄາະການຈັດລໍາດັບ genome ທັງຫມົດ, ເຊິ່ງຖືກພັດທະນາໂດຍອີງໃສ່ປະສົບການທີ່ອຸດົມສົມບູນໃນ Biomarker Technologies.ແພລະຕະຟອມທີ່ງ່າຍຕໍ່ການໃຊ້ນີ້ຊ່ວຍໃຫ້ການຍື່ນສະເຫນີຢ່າງໄວວາຂອງຂະບວນການວິເຄາະປະສົມປະສານໂດຍພຽງແຕ່ກໍານົດຕົວກໍານົດການພື້ນຖານຈໍານວນຫນ້ອຍ, ເຊິ່ງເຫມາະກັບຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບ DNA ທີ່ຜະລິດຈາກທັງເວທີ Illumina ແລະເວທີການຈັດລໍາດັບ BGI.ແພລະຕະຟອມນີ້ແມ່ນໃຊ້ໃນເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍຄອມພິວເຕີ້ທີ່ມີປະສິດທິພາບສູງ, ເຊິ່ງຊ່ວຍໃຫ້ການວິເຄາະຂໍ້ມູນທີ່ມີປະສິດທິພາບສູງໃນເວລາຈໍາກັດຫຼາຍ.ການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນສ່ວນບຸກຄົນແມ່ນມີຢູ່ໃນພື້ນຖານຂອງການວິເຄາະມາດຕະຖານ, ລວມທັງການສອບຖາມ gene mutated, ການອອກແບບ primer PCR, ແລະອື່ນໆ.
-
mRNA(ອ້າງອີງ)
Transcriptome ແມ່ນການເຊື່ອມໂຍງລະຫວ່າງຂໍ້ມູນທາງພັນທຸກໍາຂອງ genomic ແລະ proteome ຂອງການເຮັດວຽກທາງຊີວະພາບ.ກົດລະບຽບລະດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມແມ່ນສໍາຄັນທີ່ສຸດແລະເປັນວິທີການສຶກສາຢ່າງກວ້າງຂວາງທີ່ສຸດຂອງອົງການຈັດຕັ້ງ.ການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມສາມາດຈັດລໍາດັບ transcriptome ໃນຈຸດໃດຫນຶ່ງໃນເວລາຫຼືພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂໃດກໍ່ຕາມ, ດ້ວຍຄວາມລະອຽດທີ່ຖືກຕ້ອງກັບ nucleotide ດຽວ. ມັນສາມາດສະທ້ອນເຖິງລະດັບຂອງ transcription gene, ພ້ອມກັນກໍານົດແລະປະລິມານການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ຫາຍາກແລະປົກກະຕິ, ແລະໃຫ້ຂໍ້ມູນໂຄງສ້າງຂອງ. ຕົວຢ່າງການຖອດຂໍ້ຄວາມສະເພາະ.
ໃນປັດຈຸບັນ, ເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບ transcriptome ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການປູກຝັງ, ຢາປົວພະຍາດແລະຂົງເຂດການຄົ້ນຄວ້າອື່ນໆ, ລວມທັງກົດລະບຽບການພັດທະນາສັດແລະພືດ, ການປັບຕົວຂອງສິ່ງແວດລ້ອມ, ປະຕິສໍາພັນຂອງພູມຕ້ານທານ, ທ້ອງຖິ່ນຂອງພັນທຸກໍາ, ການວິວັດທະນາທາງພັນທຸກໍາຂອງຊະນິດພັນແລະການກວດພົບໂຣກ tumor ແລະພັນທຸກໍາ.
-
Metagenomics (NGS)
ເວທີການວິເຄາະນີ້ຖືກອອກແບບມາສໍາລັບການວິເຄາະຂໍ້ມູນ metagenomic shotgun ໂດຍອີງໃສ່ປະສົບການຫຼາຍປີ.ມັນປະກອບດ້ວຍຂະບວນການເຮັດວຽກແບບປະສົມປະສານທີ່ປະກອບດ້ວຍການວິເຄາະ metagenomics ທີ່ຕ້ອງການທົ່ວໄປລວມທັງການປຸງແຕ່ງຂໍ້ມູນ, ການສຶກສາລະດັບຊະນິດພັນ, ການສຶກສາລະດັບການເຮັດວຽກຂອງ gene, metagenome binning, ແລະອື່ນໆ. ນອກຈາກນັ້ນ, ເຄື່ອງມືຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນແບບປັບແຕ່ງແມ່ນສາມາດໃຊ້ໄດ້ຕາມຂັ້ນຕອນການວິເຄາະມາດຕະຖານ, ລວມທັງການສອບຖາມ gene ແລະຊະນິດພັນ. , ການຕັ້ງຄ່າພາລາມິເຕີ, ການສ້າງຕົວເລກສ່ວນບຸກຄົນ, ແລະອື່ນໆ.
-
LncRNA
RNAs ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດຍາວ (lncRNA) ແມ່ນປະເພດຂອງການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ມີຄວາມຍາວຫຼາຍກວ່າ 200 nt, ເຊິ່ງບໍ່ສາມາດຂຽນລະຫັດໂປຣຕີນໄດ້.ຫຼັກຖານສະສົມຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າສ່ວນໃຫຍ່ຂອງ lncRNAs ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະເປັນປະໂຫຍດຫຼາຍ.ເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບທີ່ຜ່ານທາງຜ່ານສູງແລະເຄື່ອງມືການວິເຄາະທາງຊີວະພາບຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາເປີດເຜີຍລໍາດັບ lncRNA ແລະຂໍ້ມູນການຈັດຕໍາແຫນ່ງຢ່າງມີປະສິດທິພາບແລະນໍາພາພວກເຮົາໃຫ້ຄົ້ນພົບ lncRNAs ທີ່ມີຫນ້າທີ່ກົດລະບຽບທີ່ສໍາຄັນ.BMKCloud ມີຄວາມພູມໃຈທີ່ຈະໃຫ້ແພລະຕະຟອມການວິເຄາະລໍາດັບ lncRNA ຂອງລູກຄ້າຂອງພວກເຮົາເພື່ອບັນລຸການວິເຄາະ lncRNA ໄວ, ເຊື່ອຖືໄດ້ແລະມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ.
-
GWAS
ການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວພັນທຸກໍາ (GWAS) ມີຈຸດປະສົງເພື່ອກໍານົດຕົວແປທາງພັນທຸກໍາ (genotype) ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບລັກສະນະສະເພາະ (phenotype).ການສຶກສາ GWA ສືບສວນເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາຂ້າມ genome ທັງຫມົດຂອງບຸກຄົນຈໍານວນຫຼາຍແລະຄາດຄະເນສະມາຄົມ genotype-phenotype ໂດຍການວິເຄາະສະຖິຕິໃນລະດັບປະຊາກອນ.ການຈັດລຽງລຳດັບພັນທຸກຳທັງໝົດສາມາດຄົ້ນພົບພັນທຸກຳພັນທຸກຳໄດ້.ການສົມທົບກັບຂໍ້ມູນ phenotypic, GWAS ສາມາດຖືກປຸງແຕ່ງເພື່ອກໍານົດ SNPs, QTLs ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ phenotypes ແລະ genes ຂອງຜູ້ສະຫມັກ, ເຊິ່ງສະຫນັບສະຫນູນການປັບປຸງພັນສັດ / ພືດທີ່ທັນສະໄຫມ.SLAF ແມ່ນຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ genome ແບບງ່າຍດາຍທີ່ພັດທະນາຕົນເອງ, ເຊິ່ງຄົ້ນພົບເຄື່ອງຫມາຍການແຈກຢາຍທົ່ວ genome, SNP.SNPs ເຫຼົ່ານີ້, ເປັນເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາໂມເລກຸນ, ສາມາດຖືກປຸງແຕ່ງສໍາລັບການສຶກສາສະມາຄົມທີ່ມີລັກສະນະເປົ້າຫມາຍ.ມັນເປັນຍຸດທະສາດທີ່ມີຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນການກໍານົດລັກສະນະທີ່ຊັບຊ້ອນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການປ່ຽນແປງທາງພັນທຸກໍາ.
-
Nanopore Transscriptomics ຄວາມຍາວເຕັມ
isoforms ທາງເລືອກທີ່ຊັບຊ້ອນແລະປ່ຽນແປງໄດ້ໃນສິ່ງມີຊີວິດແມ່ນກົນໄກທາງພັນທຸກໍາທີ່ສໍາຄັນສໍາລັບການຄວບຄຸມການສະແດງອອກຂອງ gene ແລະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງທາດໂປຼຕີນ.ການກໍານົດໂຄງສ້າງການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນພື້ນຖານສໍາລັບການສຶກສາໃນຄວາມເລິກຂອງຮູບແບບກົດລະບຽບການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອສາຍ.ເວທີການຈັດລໍາດັບ Nanopore ໄດ້ນໍາເອົາການສຶກສາ transcriptomic ໄປສູ່ລະດັບ isoform.ແພລະຕະຟອມການວິເຄາະນີ້ຖືກອອກແບບມາເພື່ອວິເຄາະຂໍ້ມູນ RNA-Seq ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໃນເວທີ Nanopore ບົນພື້ນຖານຂອງ genome ອ້າງອີງ, ເຊິ່ງບັນລຸການວິເຄາະດ້ານຄຸນນະພາບແລະປະລິມານທັງໃນລະດັບ gene ແລະລະດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມ.
-
circ-RNA
Circular RNA (circRNA) ແມ່ນປະເພດຂອງ RNA ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ, ເຊິ່ງບໍ່ດົນມານີ້ພົບເຫັນວ່າມີບົດບາດສໍາຄັນໃນເຄືອຂ່າຍກົດລະບຽບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການພັດທະນາ, ການຕໍ່ຕ້ານສິ່ງແວດລ້ອມ, ແລະອື່ນໆ. ແຕກຕ່າງຈາກໂມເລກຸນ RNA ເສັ້ນ, ເຊັ່ນ mRNA, lncRNA, 3′ ແລະ 5′. ປາຍຂອງ circRNA ຖືກລວມເຂົ້າກັນເພື່ອສ້າງເປັນໂຄງສ້າງວົງ, ເຊິ່ງຊ່ວຍປະຢັດພວກມັນຈາກການຍ່ອຍສະຫຼາຍຂອງ exonuclease ແລະມີຄວາມຫມັ້ນຄົງຫຼາຍກ່ວາ RNA ເສັ້ນຊື່ສ່ວນໃຫຍ່.CircRNA ໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າມີຫນ້າທີ່ຫຼາກຫຼາຍໃນການຄວບຄຸມການສະແດງອອກຂອງ gene.CircRNA ສາມາດປະຕິບັດເປັນ ceRNA, ເຊິ່ງຜູກມັດ miRNA ແຂ່ງຂັນ, ເອີ້ນວ່າ miRNA sponge.ເວທີການວິເຄາະລໍາດັບ CircRNA ເສີມສ້າງໂຄງສ້າງ circRNA ແລະການວິເຄາະການສະແດງອອກ, ການຄາດຄະເນເປົ້າຫມາຍແລະການວິເຄາະຮ່ວມກັນກັບໂມເລກຸນ RNA ປະເພດອື່ນໆ.
