ການວິເຄາະ genome Seadragon ໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບ phenotype ແລະສະຖານທີ່ກໍານົດເພດຂອງມັນ

genome evolution

Genome De Novo
ສະພາແຫ່ງ|ການກຳນົດເພດ ວຽກງານການຈັດລຳດັບທັງໝົດ ແລະການບໍລິການດ້ານຊີວະວິທະຍາບາງສ່ວນແມ່ນສະໜອງໃຫ້ໂດຍ Biomarker Techonologies.

ບົດຄັດຫຍໍ້

“ປະກົດການທີ່ເປັນສັນຍາລັກຂອງສັດປີກທະເລປະກອບມີໃບຄ້າຍຄືໃບ, ປາກທໍ່ບໍ່ມີແຂ້ວ, ແລະການຖືພາຂອງຜູ້ຊາຍທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການ incubation ຂອງໄຂ່ໃສ່ປຸ໋ຍໃນ "ສາຍພັນລູກ."ພວກເຮົາ de novo-sequenced genomes ຜູ້ຊາຍແລະເພດຍິງຂອງ seadragon ທົ່ວໄປ (Phyllopteryx taeniolatus) ແລະຊະນິດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດຂອງມັນ, ແຂ້ pipefish (Syngnathoides biaculeatus).ຂໍ້ມູນການຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກນິຍາຍວິວັດທະນາການ, ສ່ວນຊ້ອນທ້າຍຄ້າຍຄືໃບ, ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າຊຸດຂອງພັນທຸກໍາທີ່ປົກກະຕິມີສ່ວນຮ່ວມໃນການພັດທະນາປາຍໄດ້ຖືກເລືອກຮ່ວມກັນເຊັ່ນດຽວກັນກັບການເສີມສ້າງ tran scripts ສໍາລັບການສ້ອມແປງເນື້ອເຍື່ອທີ່ມີທ່າແຮງແລະ genes ປ້ອງກັນພູມຕ້ານທານ.ການ mutants zebrafish ສໍາລັບ scpp5, ທີ່ສູນເສຍໄປໃນ syngnathids ທັງຫມົດ, ໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າຂາດຫຼືມີແຂ້ວ pharyngeal ຜິດປົກກະຕິ, ສະຫນັບສະຫນູນສົມມຸດຕິຖານວ່າການສູນເສຍຂອງ scpp5 ໄດ້ປະກອບສ່ວນກັບການສູນເສຍແຂ້ວໃນ syngnathids.ການມີເພດສຳພັນ - ກຳນົດສະຖານທີ່ທີ່ເຂົ້າລະຫັດເປັນພັນທຸກໍາຂອງຜູ້ຊາຍ amhr2y ທີ່ແບ່ງປັນໂດຍ seadragon ທົ່ວໄປ ແລະ ແຂ້ pipefish ໄດ້ຖືກລະບຸ. ”

ວັດສະດຸ ແລະວິທີການ:

ວັດສະດຸ

Fseadragon ທົ່ວໄປຂອງພວກເຮົາ (P. taeniolatus) ແລະປາແຂ້ສອງຕົວ (S. biaculetus) ຕົວຢ່າງ.ສອງ seadragon ທົ່ວໄປ (ຜູ້ຊາຍຫນຶ່ງແລະແມ່ຍິງຫນຶ່ງ) ແລະສອງແຂບ pipefish (ຫນຶ່ງຜູ້ຊາຍແລະຫນຶ່ງເພດຍິງ) ບຸກຄົນໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການ sequencing genome ທັງຫມົດ, ແລະບຸກຄົນ seadragon ທົ່ວໄປຂອງຜູ້ຊາຍອີກສອງຄົນໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການ resequencing genome.

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ Genome

2ຫ້ອງສະໝຸດ 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) ຫຼື Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, ແລະອີກສອງບຸກຄົນ seadragon ທົ່ວໄປຂອງຜູ້ຊາຍໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການ resequencing genome.

ການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມ

Fຫຼື seadragon ທົ່ວໄປ, ສະຫມອງ, ຕາ, gill, ຕັບ, ຫົວໃຈ, ຫມາກໄຂ່ຫຼັງ, mesentery, ລໍາໄສ້, ກ້າມຊີ້ນ, fin, ຜິວຫນັງ, appendages ຄ້າຍຄືໃບ, testis, ແລະຮວຍໄຂ່ໄດ້ຖືກເກັບກໍາ.

ຍຸດທະສາດການປະກອບ Genome de novo

Canu (ການແກ້ໄຂ) + WTDBG2 (ການປະກອບ) + Pilon (ໂປແລນ) + Lachesis (Hi-C).

ຜົນໄດ້ຮັບຕົ້ນຕໍ

Fig.-1.-key-features-of-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S

Fig. 1. ລັກສະນະທີ່ສໍາຄັນຂອງ seadragon ທົ່ວໄປ (P. taeniolatus) ແລະ alligator pipefish (S. biaculeatus) ແລະຕໍາແຫນ່ງ phylogenetic ຂອງພວກມັນ.

Fig.-2.-Morphology-and-genetic-makeup-of-the-leaf-like-appendages-in-the-common-seadragon-P

Fig. 2. ລັກສະນະທາງສະນິຍະພາບ ແລະ ລັກສະນະທາງພັນທຸກໍາຂອງໃບຄ້າຍຄືໃບໃນ seadragon ທົ່ວໄປ (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Putative-sex-determination-gene-in-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

Fig. 3. gene ກໍານົດເພດ putative ໃນ seadragon ທົ່ວໄປ (P. taeniolatus) ແລະ alligator pipefish (S. biaculeatus).

Fig. 4. pharyngeal tooth phenotypes in zebrafish scpp5 homozygous mutants.

ອ້າງອິງ

Qu M, Liu Y, Zhang Y, et al.ການວິເຄາະ genome Seadragon ໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບ phenotype ແລະສະຖານທີ່ກໍານົດເພດຂອງມັນ.Sci Adv.2021;7(34):eabg5196.ເຜີຍແຜ່ເມື່ອ 2021 ສິງຫາ 18. doi:10.1126/sciadv.abg5196

ເວລາປະກາດ: 08-08-2022

ຂ່າວ