genome evolution
ທໍາມະຊາດ
ການສື່ສານ
ລຳ ດັບພັນທຸ ກຳ ເປີດເຜີຍເສັ້ນທາງການກະແຈກກະຈາຍທົ່ວໂລກແລະແນະ ນຳ ການປັບຕົວພັນທຸກໍາທີ່ປະສົມປະສານໃນການວິວັດທະນາການຂອງມ້າທະເລ
PacBio |ອິລູມີນາ |Hi-C |WGS |ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາ |ປະຫວັດສາດປະຊາກອນ |Gene Flow
ການບໍລິການຈັດລຽງລຳດັບ Pacbio, genome de novo ແລະການປະກອບຄຳບັນຍາຍແມ່ນສະໜອງໃຫ້ໂດຍ Biomarker Technologies.
ຈຸດເດັ່ນ
ໄດ້ຮັບ 1.A ຄຸນນະພາບສູງ chromosome seahorse (Hippocampus erectus) genome ກັບ contig N50 ຂອງ 15.5 Mb ໄດ້.
2.A ຈໍານວນທັງຫມົດ 358 genomes ຈາກ 21 ຊະນິດມ້າທະເລໃນທົ່ວໂລກໄດ້ຖືກ resequences.
3.Seahorses ພັດທະນາໃນທ້າຍ Oligocene ແລະເສັ້ນທາງການອານານິຄົມຂອງ circum-global ຕໍ່ມາໄດ້ຖືກລະບຸແລະເຊື່ອມຕໍ່ກັບການປ່ຽນແປງຂອງການເຄື່ອນໄຫວໃນກະແສມະຫາສະຫມຸດແລະການເປີດທາງທະເລ paleotemporal.
4. ພື້ນຖານທາງພັນທຸກໍາຂອງປະກົດການປັບຕົວ "ກະດູກສັນຫຼັງ" ທີ່ເກີດຂຶ້ນຊ້ຳແມ່ນເຊື່ອມຕໍ່ກັບການທົດແທນທີ່ເປັນເອກະລາດໃນ gene ການພັດທະນາທີ່ສໍາຄັນ.
5. ການຂີ່ເຮືອຜ່ານກະແສມະຫາສະໝຸດ ເປັນການຊົດເຊີຍການກະຈາຍຕົວທີ່ບໍ່ດີ ແລະ ການປັບຕົວຢ່າງວ່ອງໄວ ອຳນວຍຄວາມສະດວກໃນການຕັ້ງຖິ່ນຖານໃໝ່.
ຜົນສຳເລັດ
ຮູບທີ 1 ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາ ແລະຄວາມສຳພັນທາງພັນທຸກໍາຂອງ 358 ຕົວຢ່າງມ້າທະເລ
ກສະຖານທີ່ເກັບຕົວຢ່າງທາງພູມສັນຖານສໍາລັບມ້າທະເລທີ່ມີຕົວຢ່າງທີ່ມີຮູບແບບຂອງຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ nucleotide (π) ຂອງ 21 ຊະນິດມ້າທະເລໃນທົ່ວ 22 ໂຄໂມໂຊມ.b ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຢູ່ໃກ້ຄຽງກໍ່ສ້າງດ້ວຍ SNPs ກວ້າງຂອງ genome ຂອງ 358 ມ້າທະເລ.ສັນຍາລັກ PIN ສະຖານທີ່ໃນ (a) ແລະພື້ນຫລັງສາຂາໃນ (b) ສອດຄ້ອງກັນ.
Fig. 2 Colonization ແລະປະຫວັດສາດປະຊາກອນຂອງ seahorses
ກຕົ້ນໄມ້ Phylogenetic ແລະໄລຍະເວລາຂອງ divergence ຄາດຄະເນສໍາລັບ 21 ຊະນິດມ້າທະເລ.ຄວາມໜາຂອງສາຍສາຂາກົງກັບຂະໜາດປະຊາກອນ (Ne) ແລະສີບົ່ງບອກສາຍພັນຕ່າງໆ.ສັນຍາລັກ I–III ຊີ້ບອກຈຸດການປັບທຽບ.b–d ຄາດຄະເນເສັ້ນທາງການເປັນອານານິຄົມ (ລູກສອນສີ) ຂອງມ້າທະເລໂດຍອີງຕາມເວລາຂອງຄວາມແຕກຕ່າງ, ການແຜ່ກະຈາຍ, ເຫດການການປ່ຽນແປງ, ແລະກະແສມະຫາສະໝຸດ (ລູກສອນສີຂາວ).b ໝູ່ເກາະອິນໂດ-ອົດສະຕຣາລີ ເປັນສູນກາງຕົ້ນກຳເນີດ (ເຄື່ອງໝາຍສີແດງ) ຂອງສະກຸນ Hippocampus ກ່ອນທີ່ມ້າທະເລຈະມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍ ແລະ ກະຈາຍໄປທົ່ວໂລກໃນ 18-23 ເດືອນມັງກອນ.c Seahorses ໃນເບື້ອງຕົ້ນໄດ້ເປັນອານານິຄົມຂອງມະຫາສະຫມຸດແອດແລນຕິກໂດຍຜ່ານການເປີດທາງທະເລ Tethyan, ເຊິ່ງ, ຫຼັງຈາກປິດຂອງຕົນ (ເຫດການ Terminal ໃນລະຫວ່າງ 7-13 ເດືອນພະຈິກ), ໄດ້ແຍກເຊື້ອສາຍ Tethyan ນີ້ຈາກເຊື້ອສາຍເອື້ອຍຂອງມະຫາສະຫມຸດອິນເດຍ.ຕໍ່ມາ, ຕໍ່ມາໄດ້ມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍຢ່າງໄວວາ (ເຄື່ອງຫມາຍສີເຫຼືອງ) ໃນທະເລອາຣັບ, ສ້າງຕັ້ງສູນກາງທີສອງຂອງຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງມ້າທະເລ.d ເຫດການອານານິຄົມມ້າທະເລຄັ້ງທີສອງຂອງມະຫາສະຫມຸດແອດແລນຕິກເກີດຂຶ້ນຈາກມະຫາສະຫມຸດອິນເດຍປະມານ 5Ma ໂດຍຜ່ານປາຍອາຟຣິກາໃຕ້, ແລະສຸດທ້າຍໄດ້ມາຮອດມະຫາສະຫມຸດປາຊີຟິກຕາເວັນອອກຜ່ານທາງທະເລປານາມາທີ່ຍັງເປີດຢູ່ປະມານ 3.6 Ma.
Fig. 3 ການໄຫຼວຽນຂອງເຊື້ອແລະການເຫນັງຕີງຂອງຂະຫນາດປະຊາກອນທີ່ມີປະສິດທິພາບ
ກການໄຫຼວຽນຂອງເຊື້ອທີ່ກວດພົບລະຫວ່າງຊະນິດພັນທີ່ອາໄສຢູ່ໃນມະຫາສະໝຸດອັດລັງຕິກໃຕ້.ການໄຫຼວຽນຂອງພັນທຸກໍາແມ່ນສະແດງໃຫ້ເຫັນຢູ່ໃກ້ກັບເສັ້ນສີຂາວເປັນອັດຕາການເຄື່ອນຍ້າຍໂດຍ G-PhoCS.ຄວາມຫນາແລະທິດທາງຂອງລູກສອນກົງກັບອັດຕາແລະທິດທາງຂອງການໄຫຼຂອງ gene, ຕາມລໍາດັບ.b ການເໜັງຕີງຂອງຂະໜາດປະຊາກອນທີ່ມີປະສິດທິພາບໂດຍ PSMC.ແກນ x ເປັນຕົວແທນຂອງເວລາໃນປີກ່ອນປັດຈຸບັນ ໃນຂະນະທີ່ແກນ y ສະແດງເຖິງຂະໜາດປະຊາກອນທີ່ມີປະສິດທິພາບ.ຕາຕະລາງໄດ້ຖືກຈັດສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນອີງຕາມການແຜ່ກະຈາຍທາງພູມສາດສໍາລັບແຕ່ລະຊະນິດທີ່ມີພື້ນທີ່ການແຜ່ກະຈາຍທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.c ການປ່ຽນແປງຂອງລະດັບນ້ໍາທະເລໃນໄລຍະ 1 ລ້ານປີທີ່ຜ່ານມາໃນແມັດ33.ເສັ້ນສີເຫຼືອງຊີ້ບອກເຖິງຈຸດສູງສຸດລະຫວ່າງກັນລະຫວ່າງໂລກອັນສຸດທ້າຍ ໃນຂະນະທີ່ຮົ່ມສີຟ້າຊີ້ບອກເຖິງໄລຍະເວລາສູງສຸດຂອງ glacial ສຸດທ້າຍ.
Fig. 4 evolution ຂອງກະດູກສັນຫຼັງ.
ກຊ້າຍ, ຕົ້ນໄມ້ຊະນິດທີ່ສະແດງວິວັດທະນາການເອກະລາດຂອງກະດູກສັນຫຼັງໃນມ້າທະເລ.ຄວາມຍາວຂອງສາຂາສະແດງເຖິງຈໍານວນການທົດແທນຕໍ່ສະຖານທີ່.ສີ່ປະເພດມ້າທະເລທີ່ມີກະດູກສັນຫຼັງແມ່ນເນັ້ນໃສ່ສີຟ້າ.ກິ່ງງ່າທີ່ໜາຂຶ້ນກົງກັບອັດຕາທີ່ສູງຂຶ້ນຂອງການປ່ຽນແທນທີ່ບໍ່ໄດ້ລະບຸຊື່ກັບຄໍາສັບຄ້າຍຄືກັນ (dN/dS) ສໍາລັບ bmp3 gene.ການທົດສອບ Canonical ແລະທົ່ວໄປ McDonald ແລະ Kreitman (MKT) ສໍາລັບ bmp3 gene ໄດ້ຖືກປະຕິບັດສໍາລັບສາມສາຍພັນເອື້ອຍຄູ່ທີ່ມີລັກສະນະທີ່ແຕກຕ່າງກັນ spiny ແລະບໍ່ spiny ທີ່ເນັ້ນໃສ່ໂດຍສີພື້ນຫລັງ, ລະດັບຄວາມສໍາຄັນໄດ້ຖືກຊີ້ໃຫ້ເຫັນໂດຍ p value ທີ່ມີຕົວອັກສອນສີຟ້າແລະສີແດງ, ຕາມລໍາດັບ.ຖືກຕ້ອງ, ການປຽບທຽບການທົດແທນອາຊິດ amino ໃນທາດໂປຼຕີນຈາກ bmp3, polymorphic ແລະການທົດແທນຄົງທີ່ໃນ seahorses spiny ແມ່ນຊີ້ໃຫ້ເຫັນດ້ວຍວົງສີແດງແລະສີຟ້າ, ຕາມລໍາດັບ.b ການແຜ່ກະຈາຍຂອງຄ່າ dN/dS ໃນ bmp3 ໃນມ້າທະເລທີ່ມີກະດູກສັນຫຼັງທຽບກັບຊະນິດທີ່ບໍ່ມີກະດູກສັນຫຼັງ.c ການວິວັດທະນາການເອກະລາດໃນຕົ້ນໄມ້ phylogenetic reconstructed ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນທີ່ເຂົ້າລະຫັດໂດຍ bmp3.d Whole-mount in situ hybridization of bmp3 in Hippocampus erectus.
ອ້າງອິງ
Li C et al.ລຳດັບພັນທຸ ກຳ ເປີດເຜີຍເສັ້ນທາງການກະແຈກກະຈາຍທົ່ວໂລກແລະແນະ ນຳ ການປັບຕົວພັນທຸ ກຳ ທີ່ປະສົມປະສານໃນການວິວັດທະນາການຂອງມ້າທະເລ.Nat Commun.2021 Feb 17;12(1):1094.
ຂ່າວແລະຈຸດເດັ່ນ ມີຈຸດປະສົງເພື່ອແບ່ງປັນກໍລະນີທີ່ປະສົບຜົນສໍາເລັດຫລ້າສຸດກັບ Biomarker Technologies, ເກັບກໍາຜົນສໍາເລັດທາງວິທະຍາສາດໃຫມ່ເຊັ່ນດຽວກັນກັບເຕັກນິກທີ່ໂດດເດັ່ນທີ່ໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການສຶກສາ.
ເວລາປະກາດ: 06-06-2022