BMKCloud Log in
条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຂ່າວ

GWAS

ຫົວຂໍ້: ການສືບພັນພັນທຸກໍາທັງໝົດເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນຕົ້ນກຳເນີດຂອງ Brassica napus ແລະ ສະຖານທີ່ທາງພັນທຸກໍາທີ່ມີສ່ວນຮ່ວມໃນການປັບປຸງຂອງມັນ

ວາລະສານ: ການສື່ສານທໍາມະຊາດ

NGS |WGS |Resequencing |GWAS |ການຖອດຂໍ້ຄວາມ |RNAseq |Brassica napus |ວິວັດທະນາການ |ບ້ານ

ໃນການສຶກສານີ້, Biomarker Technologies ສະຫນອງການບໍລິການກ່ຽວກັບ NGS sequencing, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບການສະຫນັບສະຫນູນດ້ານວິຊາການກ່ຽວກັບການວິເຄາະ bioinformatics ກ່ຽວກັບລໍາດັບຂໍ້ມູນ.

ຄວາມເປັນມາ

Brassica napus(rapeseed​) ເປັນ​ພືດ oilseed ທີ່​ສໍາ​ຄັນ​ແລະ​ຮູບ​ແບບ​ທີ່​ດີ​ເລີດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ສືບ​ສວນ​ຂະ​ບວນ​ການ​ຂອງ polyploid speciation​, evolution ແລະ​ການ​ຄັດ​ເລືອກ​.ແນວໃດກໍ່ຕາມ, ບໍ່ວ່າຈະເປັນຊະນິດສັດປ່າ ຫຼືຜູ້ໃຫ້ທຶນໃນບ້ານແມ່ນຜູ້ສືບພັນຂອງພໍ່ແມ່ ແລະພັນທຸກໍາທີ່ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນການລ້ຽງສັດ ແລະການປັບປຸງພັນພືດແມ່ນຍັງບໍ່ທັນຮູ້ເທື່ອ.

ວັດສະດຸແລະວິທີການ

ວັດສະດຸ:588B. napusການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກໄດ້ມີສ່ວນຮ່ວມໃນການສຶກສານີ້, ລວມທັງ 466 ຄົນຈາກອາຊີ, 102 ຈາກເອີຣົບ, 13 ຈາກອາເມລິກາເຫນືອ, ແລະ 7 ຈາກອົດສະຕາລີ.ອີງຕາມການບັນທຶກນິໄສການຂະຫຍາຍຕົວ, ວັດສະດຸເຫຼົ່ານີ້ໄດ້ຖືກແບ່ງອອກເປັນສາມ ecotypes;ພາກຮຽນ spring (86 ເຂົ້າ), ລະດູຫນາວ (74 ເຂົ້າ), ແລະເຄິ່ງລະດູຫນາວ (428 ເຂົ້າ).

ການຈັດລໍາດັບ:ສະເລ່ຍປະມານ.5× (ຕັ້ງແຕ່ 3.37× ຫາ 7.71×)
ເວທີການຈັດລໍາດັບ:Illumina Hiseq 4000
ການຜະລິດຂໍ້ມູນ:ຂໍ້ມູນສະອາດ 4.03 Tb

ການໂທ SNP:BWA + GATK.ໄດ້ຮັບ 5,294,158 SNPs ແລະ 1,307,151 InDels.

ຜົນໄດ້ຮັບ

ຕົ້ນກໍາເນີດຂອງ B. napus

B. napussubgenome ພັດທະນາມາຈາກບັນພະບຸລຸດຂອງ turnip ເອີຣົບ.ເຫດການການໄຫຼຂອງ gene ຈາກ turnip ເອີຣົບໄປຫາB. ນາປູs A subgenome ເກີດຂຶ້ນ ~ 106-1170 ປີກ່ອນຫນ້ານີ້.B. napusC subgenome ອາດຈະພັດທະນາມາຈາກບັນພະບຸລຸດທົ່ວໄປຂອງເຊື້ອສາຍເຫຼົ່ານີ້.ບັນພະບຸລຸດຂອງB. napusແຍກອອກຈາກບັນພະບຸລຸດທົ່ວໄປຂອງສີ່ຊະນິດຍ່ອຍ B. oleracea, ມີ gene ທີ່ຜ່ານມາໄຫຼເຂົ້າໄປໃນB. napus~108–898 ປີ​ກ່ອນ​ຫນ້າ​ນີ້​.B. napusC subgenome ມີຕົ້ນກໍາເນີດທີ່ສະລັບສັບຊ້ອນຫຼາຍກ່ວາ A subgenome.ຄໍຂວດທີ່ເຂັ້ມແຂງພັດທະນາຢູ່ໃນທັງສອງ subgenomes ໃນລະຫວ່າງB. napusວິວັດທະນາການ.ລະດູຫນາວແລະເຄິ່ງລະດູຫນາວB. napusນິເວດວິທະຍາມີຄວາມແຕກຕ່າງ ~ 60 ປີກ່ອນ, ໃນຂະນະທີ່ລະດູ ໜາວ ແລະລະດູໃບໄມ້ປົ່ງB. napusdiverged ~416 ປີກ່ອນຫນ້ານີ້, ແລະ oilseed ແລະທີ່ບໍ່ແມ່ນ oilseedB. napusdiverged ~277 ປີ​ກ່ອນ​ຫນ້າ​ນີ້​.

16233928401-1-1024x651

Fig. 2 ໂຄງສ້າງປະຊາກອນຂອງ 588 B. napus accessions ແລະ 199 ຂອງ B. rapa accessions.

16233927951-1024x633

Fig. 3 ໂຄງສ້າງປະຊາກອນຂອງ 588 B. napus accessions ແລະ 119 ຂອງ B. oleracea accessions

ສັນຍານການຄັດເລືອກແລະການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວ Genome.

ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນທໍາອິດຂອງການປັບປຸງ (FSI), ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາໄດ້ສູນເສຍໄປໃນ subgenome B. napus C ຫຼາຍກ່ວາໃນ subgenome A.ຄວາມແຕກຕ່າງທາງພັນທຸກໍາເກີດຂຶ້ນໃນໄລຍະ FSI ຫນ້ອຍກ່ວາໃນໄລຍະການປັບປຸງຂັ້ນຕອນທີສອງ (SSI).ພັນທຸ ກຳ ໃນເຂດສັນຍານທີ່ເລືອກ SSI ໄດ້ຖືກປັບປຸງໃນຄວາມທົນທານຕໍ່ຄວາມກົດດັນ, ການພັດທະນາແລະເສັ້ນທາງການເຜົາຜະຫລານ.60 loci ມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍກັບ 10 ລັກສະນະເປົ້າຫມາຍ, ລວມທັງ 5 ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນຜະລິດຂອງແກ່ນ, ຄວາມຍາວ 3 ຫາ silique, 4 ເນື້ອໃນຂອງນ້ໍາມັນ, ແລະ 48 ຕໍ່ກັບຄຸນນະພາບຂອງແກ່ນ.

16233928231

Fig. 4 ການສະແກນທົ່ວ Genome ແລະຄໍາບັນຍາຍຂອງພາກພື້ນທີ່ເລືອກໃນລະຫວ່າງ SSI ຂອງ B. napus

ການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມ

ຂໍ້ມູນ RNAseq ຂອງ 11 ເນື້ອເຍື່ອຈາກແນວພັນທີ່ມີນ້ໍາມັນສູງແລະສອງຊັ້ນຕ່ໍາແລະແນວພັນທີ່ມີນ້ໍາມັນຕ່ໍາແລະສອງຊັ້ນສູງໄດ້ກໍານົດພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຂະບວນການ biosynthetic glucosinolate ໄດ້ຖືກສະແດງຫຼາຍເກີນໄປ.

Fig4-Genome-wide-scanning-and-annotations-of-selected-regions- during-the-SSI-of-B

ຮູບທີ 5 ພາບລວມຂອງລະບຽບການອອກດອກ-ເວລາອອກດອກພາຍໃຕ້ການຄັດເລືອກການປັບປຸງນິເວດຂອງ B. napus

ສົນທະນາ

ການສຶກສານີ້ໄດ້ສະຫນອງຊັບພະຍາກອນທີ່ມີຄຸນຄ່າສໍາລັບການເຂົ້າໃຈຕົ້ນກໍາເນີດແລະປະຫວັດສາດການປັບປຸງຂອງB. napusແລະ​ຈະ​ສ້າງ​ຄວາມ​ສະ​ດວກ​ໃນ​ການ dissection ຂອງ​ຖານ​ພັນ​ທຸ​ກໍາ​ຂອງ​ລັກ​ສະ​ນະ​ສະ​ລັບ​ສັບ​ຊ້ອນ agronomic ທີ່​ສໍາ​ຄັນ​.SNPs ທີ່ສໍາຄັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຕົວແປທີ່ເອື້ອອໍານວຍ, ສັນຍານການຄັດເລືອກແລະພັນທຸກໍາຜູ້ສະຫມັກຈະປະກອບສ່ວນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນອະນາຄົດ, ໂດຍສະເພາະໃນການປັບປຸງຜົນຜະລິດ, ຄຸນນະພາບຂອງແກ່ນ, ເນື້ອໃນນ້ໍາມັນ, ແລະການປັບຕົວຂອງພືດ allopolyploid ທີ່ຜ່ານມານີ້ແລະພີ່ນ້ອງຂອງມັນ.

ອ້າງອິງ

ການຈັດລຽງລຳດັບພັນທຸກຳທັງໝົດເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນຕົ້ນກຳເນີດຂອງ Brassica napus ແລະພັນທຸກຳທີ່ຕັ້ງຢູ່ໃນການປັບປຸງຂອງມັນ[J].ການສື່ສານທໍາມະຊາດ, 2019, 10(1).

ຂ່າວແລະຈຸດເດັ່ນ ມີຈຸດປະສົງເພື່ອແບ່ງປັນກໍລະນີທີ່ປະສົບຜົນສໍາເລັດຫລ້າສຸດກັບ Biomarker Technologies, ເກັບກໍາຜົນສໍາເລັດທາງວິທະຍາສາດໃຫມ່ເຊັ່ນດຽວກັນກັບເຕັກນິກທີ່ໂດດເດັ່ນທີ່ໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການສຶກສາ.


ເວລາປະກາດ: 05-05-2022

ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງເຈົ້າຫາພວກເຮົາ: