BMKCloud Log in
条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຂ່າວ

T2T genome ປະກອບ, GAP ຟຣີ genome

1stສອງພັນທຸ ກຳ1

ຫົວຂໍ້: ສະພາແຫ່ງ ແລະການກວດສອບສອງປະເພດອ້າງອີງທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບເຂົ້າ Xian/indica ເປີດເຜີຍຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບສະຖາປັດຕະຍະກໍາຂອງພືດ Centromere

ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

ເວລາປະກາດ: 01 ມັງກອນ 2021.

ສະຖາບັນ: Huazhong Agricultural University, ຈີນ

ວັດສະດຸ

O. sativa xian/indicaແນວພັນເຂົ້າ 'Zhenshan 97 (ZS97)' ແລະ 'Minghui 63 (MH63)

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ

NGS ອ່ານ + HiFi ອ່ານ + CLR ອ່ານ + BioNano + Hi-C

ຂໍ້ມູນ:

ZS97: 8.34 Gb (~23x) HiFi ອ່ານ + 48.39 Gb (~131x) CLR ອ່ານ + 25 Gb(~69x) NGS + 2 ເຊລ BioNano Irys

MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi ອ່ານ + 48.97 Gb (~132x) CLR ອ່ານ + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys cells

ຮູບ-1

ຮູບທີ 1 ສອງພັນພືດທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງຂອງເຂົ້າ (MH63 ແລະ ZS97)

2ndພັນກ້ວຍ2

ຫົວຂໍ້: ໂຄໂມໂຊມທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ Telomere-to-telomere ຂອງກ້ວຍໂດຍໃຊ້ການຈັດລໍາດັບ nanopore

ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

ເວລາປະກາດ: 17 ເມສາ 2021.

ສະຖາບັນ: ມະຫາວິທະຍາໄລ Paris-Saclay, ປະເທດຝຣັ່ງ

ວັດສະດຸ

haploid ສອງເທົ່າMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ ແລະຂໍ້ມູນ:

ໂໝດ HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ ແຜນທີ່ Optical (DLE-1+BspQ1)

ຕາຕະລາງ 1 ການປຽບທຽບການປະກອບພັນທຸກໍາຂອງ Musa acuminata (DH-Pahang).

ຕາຕະລາງ 1-ການປຽບທຽບ-GRCh38-and-T2T-CHM13-ມະນຸດ-genome-assemblies
Figure-Musa-genomes-architecture-comparison

ຮູບທີ 2 ການປຽບທຽບສະຖາປັດຕະຍະກຳຂອງ Musa

3rdgenome Phaeodactylum tricornutum3

ຫົວຂໍ້: ການປະກອບພັນທຸກໍາຂອງ Telomere-to-telomere ຂອງP
haeodactylum tricornutum

ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

ເວລາປະກາດ: 04 ພຶດສະພາ 2021

ສະຖາບັນ: ມະຫາວິທະຍາໄລຕາເວັນຕົກ, ການາດາ

ວັດສະດຸ

Phaeodactylum tricornutum(ການເກັບກໍາວັດທະນະທໍາຂອງ Algae ແລະ Protozoa CCAP 1055/1)

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ ແລະຂໍ້ມູນ:

1 Oxford Nanopore minION flow cell + a 2×75 paired-end mid-output NextSeq 550 run

Figure-Workflow-for-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

ຮູບທີ 3 Workflow ສໍາລັບການປະກອບ genome telomere-to-telomere

4thgenome CHM13 ຂອງມະນຸດ4

ຫົວຂໍ້: ລໍາດັບຄົບຖ້ວນຂອງ genome ຂອງມະນຸດ

ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

ເວລາປະກາດ: 27 ພຶດສະພາ 2021

ສະຖາບັນ: ສະຖາບັນສຸຂະພາບແຫ່ງຊາດ (NIH), ສະຫະລັດ

ວັດສະດຸ: ເສັ້ນເຊລ CHM13

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ ແລະຂໍ້ມູນ:

30× PacBio circular consensus sequencing (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read sequencing , 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano ແລະ Strand-seq

ຕາຕະລາງ 2 ການປຽບທຽບຂອງ GRCh38 ແລະ T2T-CHM13 ປະກອບພັນທຸກໍາຂອງມະນຸດ

ຕາຕະລາງການປຽບທຽບຂອງ-Musa-acuminata-DH-Pahang-genome-assemblies

ອ້າງອິງ

1.Sergey Nurk et al.ລໍາດັບທີ່ສົມບູນຂອງ genome ຂອງມະນຸດ.bioRxiv 2021.05.26.445798;ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.ໂຄໂມໂຊມ Telomere-to-telomere gapless ຂອງກ້ວຍໂດຍໃຊ້ nanopore sequencing.bioRxiv 2021.04.16.440017;ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.ການປະກອບພັນທຸ ກຳ ຂອງ Telomere-to-telomere ຂອງ Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song et al.ສະພາແຫ່ງແລະການກວດສອບສອງ Genomes ອ້າງອິງທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບ Xian / indica Rice ເປີດເຜີຍຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບສະຖາປັດຕະຍະກໍາ Centromere ຂອງພືດ.bioRxiv 2020.12.24.424073;ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


ເວລາປະກາດ: 06-06-2022

ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງເຈົ້າຫາພວກເຮົາ: