genotyping ທີ່ມີຄວາມໄວສູງ, ໂດຍສະເພາະໃນປະຊາກອນຂະຫນາດໃຫຍ່, ແມ່ນຂັ້ນຕອນພື້ນຖານໃນການສຶກສາສະມາຄົມພັນທຸກໍາ, ເຊິ່ງສະຫນອງພື້ນຖານທາງພັນທຸກໍາສໍາລັບການຄົ້ນພົບ gene ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ການວິເຄາະວິວັດທະນາ, ແລະອື່ນໆ. ) ຖືກແນະນໍາເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຕໍ່ລໍາດັບຕໍ່ຕົວຢ່າງ, ໃນຂະນະທີ່ຮັກສາປະສິດທິພາບທີ່ສົມເຫດສົມຜົນກ່ຽວກັບການຄົ້ນພົບເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາ.ນີ້ແມ່ນບັນລຸໄດ້ໂດຍທົ່ວໄປໂດຍການສະກັດເອົາຊິ້ນສ່ວນການຈໍາກັດພາຍໃນຂອບເຂດຂະຫນາດ, ເຊິ່ງມີຊື່ວ່າຫ້ອງສະຫມຸດທີ່ຫຼຸດລົງ (RRL).ການຈັດລຳດັບຊິ້ນສ່ວນຂະຫຍາຍສະເພາະສະເພາະ (SLAF-Seq) ແມ່ນຍຸດທະສາດທີ່ພັດທະນາຕົນເອງສຳລັບການຄົ້ນພົບ de novo SNP ແລະ SNP genotyping ຂອງປະຊາກອນຂະໜາດໃຫຍ່.
ຂະບວນການເຮັດວຽກດ້ານວິຊາການ
SLAF ທຽບກັບວິທີການ RRL ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ
ຂໍ້ດີຂອງ SLAF
ປະສິດທິພາບການຄົ້ນພົບທາງພັນທຸກໍາທີ່ສູງຂຶ້ນ- ສົມທົບກັບເຕັກໂນໂລຢີການຈັດລໍາດັບທີ່ມີຄວາມໄວສູງ, SLAF-Seq ສາມາດບັນລຸຫຼາຍຮ້ອຍພັນແທັກທີ່ຄົ້ນພົບພາຍໃນ genome ທັງຫມົດເພື່ອຕອບສະຫນອງຄໍາຮ້ອງຂໍຂອງໂຄງການຄົ້ນຄ້ວາທີ່ຫຼາກຫຼາຍ, ບໍ່ວ່າຈະມີຫຼືກັບ genome ອ້າງອີງ.
ການອອກແບບທົດລອງທີ່ປັບແຕ່ງໄດ້ ແລະມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ- ສໍາລັບເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນຫຼືຊະນິດ, ຍຸດທະສາດການຍ່ອຍອາຫານຂອງ enzymatic ທີ່ແຕກຕ່າງກັນແມ່ນມີຢູ່ລວມທັງການຍ່ອຍອາຫານຂອງເອນໄຊດຽວ, ສອງເອນໄຊແລະການຍ່ອຍອາຫານຫຼາຍເອນໄຊ.ຍຸດທະສາດການຍ່ອຍອາຫານຈະຖືກປະເມີນລ່ວງໜ້າໃນຊິລິໂກເພື່ອຮັບປະກັນການອອກແບບ enzyme ທີ່ດີທີ່ສຸດ.
ປະສິດທິພາບສູງໃນການຍ່ອຍອາຫານ enzymatic– ການຍ່ອຍອາຫານຂອງ enzymatic ທີ່ຖືກອອກແບບໄວ້ກ່ອນໃຫ້ SLAFs ທີ່ແຈກຢາຍຢ່າງເທົ່າທຽມກັນໃນໂຄໂມໂຊມ.ການເກັບກໍາ Fragment ທີ່ມີປະສິດທິພາບສາມາດບັນລຸໄດ້ຫຼາຍກວ່າ 95%.
ຫຼີກເວັ້ນການລໍາດັບທີ່ຊ້ໍາກັນ– ເປີເຊັນຂອງລໍາດັບຊໍ້າຊ້ອນໃນຂໍ້ມູນ SLAF-Seq ແມ່ນຫຼຸດລົງຕໍ່າກວ່າ 5%, ໂດຍສະເພາະໃນຊະນິດທີ່ມີອົງປະກອບຊໍ້າຊ້ອນຫຼາຍເຊັ່ນ: ເຂົ້າສາລີ, ສາລີ, ແລະອື່ນໆ.
ຂະບວນການເຮັດວຽກ bioinformatic ພັດທະນາຕົນເອງ– BMK ພັດທະນາຂະບວນການເຮັດວຽກທາງດ້ານຊີວະວິທະຍາແບບປະສົມປະສານທີ່ໃຊ້ໄດ້ກັບເຕັກໂນໂລຊີ SLAF-Seq ເພື່ອຮັບປະກັນຄວາມໜ້າເຊື່ອຖື ແລະ ຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງຜົນຜະລິດສຸດທ້າຍ.
ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກຂອງ SLAF
ແຜນທີ່ການເຊື່ອມໂຍງທາງພັນທຸກໍາ
ການສ້າງແຜນທີ່ພັນທຸກໍາທີ່ມີຄວາມຫນາແຫນ້ນສູງແລະການກໍານົດສະຖານທີ່ຄວບຄຸມລັກສະນະປະເພດດອກໄມ້ໃນ Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
ວາລະສານ: ການຄົ້ນຄວ້າພືດສວນ ຈັດພີມມາ: 2020/7
GWAS
ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງຜູ້ສະຫມັກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບເນື້ອໃນ isofavone ໃນແກ່ນຖົ່ວເຫຼືອງໂດຍໃຊ້ການເຊື່ອມໂຍງທົ່ວ genome ແລະການສ້າງແຜນທີ່ການເຊື່ອມໂຍງ
ວາລະສານ: The Plant Journal ຈັດພີມມາ: 2020/08
ພັນທຸ ກຳ ວິວັດທະນາການ
ການວິເຄາະ genomic ປະຊາກອນແລະການຊຸມນຸມ de novo ເປີດເຜີຍຕົ້ນກໍາເນີດຂອງເຂົ້າ weedy ເປັນເກມ evolutionary
ວາລະສານ: Molecular Plant ຈັດພີມມາ: 2019.5
ການວິເຄາະ Segregant (BSA)
GmST1, ເຊິ່ງເຂົ້າລະຫັດ sulfotransferase, ສ້າງຄວາມຕ້ານທານຕໍ່ເຊື້ອໄວຣັດ mosaic ຂອງຖົ່ວເຫຼືອງ G2 ແລະ G3.
ວາລະສານ: ພືດ, ຈຸລັງ ແລະສິ່ງແວດລ້ອມ ຈັດພີມມາ: 2021/04
ອ້າງອິງ
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: ເປັນວິທີການທີ່ມີປະສິດທິພາບຂອງການຄົ້ນພົບ ແລະ genotyping de novo SNP ທີ່ມີປະສິດຕິພາບຂະໜາດໃຫຍ່ໂດຍໃຊ້ການຈັດລຽງລຳດັບສູງ [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
ເພງ X, Xu Y, Gao K, et al.ການສ້າງແຜນທີ່ພັນທຸກໍາທີ່ມີຄວາມຫນາແຫນ້ນສູງແລະການກໍານົດສະຖານທີ່ຄວບຄຸມລັກສະນະປະເພດດອກໄມ້ໃນ Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງຜູ້ສະຫມັກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບເນື້ອໃນ isoflavone ໃນແກ່ນຖົ່ວເຫຼືອງໂດຍນໍາໃຊ້ການເຊື່ອມໂຍງທົ່ວ genome ແລະການສ້າງແຜນທີ່ການເຊື່ອມໂຍງ.ພືດ J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.ການວິເຄາະ Genomic ປະຊາກອນ ແລະສະພາແຫ່ງ De Novo ເປີດເຜີຍຕົ້ນກຳເນີດຂອງເຂົ້າ Weedy ເປັນເກມວິວັດທະນາການ.ພືດໂມ.2019;12(5):632-647.ພືດໂມ.ປີ 2018;11(11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, ເຊິ່ງເຂົ້າລະຫັດ sulfotransferase, ໃຫ້ຄວາມຕ້ານທານຕໍ່ເຊື້ອໄວຣັດໂມເຊກຖົ່ວເຫຼືອງ G2 ແລະ G3.ສະພາບແວດລ້ອມຂອງຈຸລັງພືດ.2021;10.1111/pce.14066
ເວລາປະກາດ: ມັງກອນ-04-2022