ຜະລິດຕະພັນ

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Metagenomics ເປັນເຄື່ອງມືໂມເລກຸນທີ່ໃຊ້ໃນການວິເຄາະວັດສະດຸພັນທຸກໍາປະສົມທີ່ສະກັດມາຈາກຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ, ເຊິ່ງໃຫ້ຂໍ້ມູນລະອຽດກ່ຽວກັບຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຊະນິດພັນແລະຄວາມອຸດົມສົມບູນ, ໂຄງສ້າງປະຊາກອນ, ຄວາມສໍາພັນທາງ phylogenetic, genes ທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະເຄືອຂ່າຍຄວາມສໍາພັນກັບປັດໃຈສິ່ງແວດລ້ອມ, ແລະອື່ນໆ. ການສຶກສາ metagenomic.ການປະຕິບັດທີ່ໂດດເດັ່ນຂອງມັນຢູ່ໃນຄວາມຍາວທີ່ອ່ານສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນການປັບປຸງການວິເຄາະ metagenomic ລົງ, ໂດຍສະເພາະແມ່ນການປະກອບ metagenome.ການໄດ້ຮັບຜົນປະໂຫຍດຂອງການອ່ານຄວາມຍາວ, ການສຶກສາ Metanomic ທີ່ອີງໃສ່ Nanopore ແມ່ນສາມາດບັນລຸການປະກອບຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງຫຼາຍເມື່ອປຽບທຽບກັບ metagenomics ປືນ.ມັນໄດ້ຖືກຈັດພີມມາວ່າ metagenomics ທີ່ອີງໃສ່ Nanopore ສົບຜົນສໍາເລັດສ້າງ genomes ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ສົມບູນແລະປິດຈາກ microbiomes (Moss, EL, et. al.ຊີວະພາບທໍາມະຊາດ, 2020)

ເວທີ:Nanopore PromethION P48

ຕິດຕໍ່ພວກເຮົາ

ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຜົນການສາທິດ

ກໍລະນີ BMK

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

● ການປະກອບຄຸນນະພາບສູງ-ເພີ່ມຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງການຈໍາແນກຊະນິດພັນ ແລະການຄາດຄະເນພັນທຸກໍາທີ່ເປັນປະໂຫຍດ

● ປິດການແຍກເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແບບປິດ

● ແອັບພລິເຄຊັ່ນທີ່ມີປະສິດທິພາບ ແລະ ເຊື່ອຖືໄດ້ຫຼາຍຂຶ້ນໃນພື້ນທີ່ຫຼາກຫຼາຍຊະນິດ, ເຊັ່ນ: ການກວດຫາຈຸລິນຊີທີ່ເປັນເຊື້ອພະຍາດ ຫຼື gene ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຕໍ່ຕ້ານຢາຕ້ານເຊື້ອ.

● ການວິເຄາະ metagenome ປຽບທຽບ

ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

ເວທີ	ການຈັດລໍາດັບ	ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ	ເວລາປ່ຽນ
ນາໂນປໍ	ONT	6 G/10 G	65 ມື້ເຮັດວຽກ

ການວິເຄາະ bioinformatics

● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ

● ການປະກອບ Metagenome

● ຊຸດ gene ທີ່ບໍ່ຊໍ້າຊ້ອນ ແລະຄໍາບັນຍາຍ

● ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຊະນິດພັນ

● ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຫນ້າທີ່ພັນທຸກໍາ

● ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ

● ການວິເຄາະສະມາຄົມຕໍ່ກັບປັດໃຈທົດລອງ

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:

ສໍາລັບສານສະກັດຈາກ DNA:

ປະເພດຕົວຢ່າງ	ຈໍານວນ	ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ	ຄວາມບໍລິສຸດ
ສານສະກັດຈາກ DNA	1-1.5 μg	＞ 20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

ສໍາລັບຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ:

ປະເພດຕົວຢ່າງ	ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ດິນ	ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ສານທີ່ເຫລືອຢູ່ຕ້ອງເອົາອອກຈາກພື້ນຜິວ;Grind ຕ່ອນຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 2 ມມ;ຕົວຢ່າງ Aliquot ໃນທໍ່ EP-tube ຫຼື cyrotube ທີ່ບໍ່ສະອາດສໍາລັບການຈອງ.
ອາຈົມ	ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບການຈອງ.
ເນື້ອເຍື່ອກະເພາະອາຫານ	ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການປຸງແຕ່ງພາຍໃຕ້ສະພາບ aseptic.ລ້າງເນື້ອເຍື່ອທີ່ເກັບກໍາດ້ວຍ PBS;Centrifuge PBS ແລະເກັບກໍາ precipitant ໃນ EP-tubes.
ຂີ້ຕົມ	ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງ sludge ໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບຈອງ
ນ້ຳ	ສໍາລັບຕົວຢ່າງທີ່ມີຈໍານວນຈໍາກັດຂອງຈຸລິນຊີ, ເຊັ່ນ: ນ້ໍາປະປາ, ນ້ໍາດີ, ແລະອື່ນໆ, ເກັບກໍານ້ໍາຢ່າງຫນ້ອຍ 1 L ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 0.22 μmເພື່ອເສີມຂະຫຍາຍຈຸລິນຊີໃນເຍື່ອ.ເກັບຮັກສາເຍື່ອໃນທໍ່ເປັນຫມັນ.
ຜິວໜັງ	ຂູດພື້ນຜິວໜັງຢ່າງລະມັດລະວັງດ້ວຍຜ້າຝ້າຍ ຫຼືໃບຜ່າຕັດທີ່ບໍ່ສະອາດແລ້ວເອົາໃສ່ໃນທໍ່ທີ່ບໍ່ສະອາດ.

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ

ແຊ່ແຂງຕົວຢ່າງໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວສໍາລັບ 3-4 ຊົ່ວໂມງແລະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຫຼື -80 ອົງສາເພື່ອຈອງໃນໄລຍະຍາວ.ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງດ້ວຍນໍ້າກ້ອນແຫ້ງແມ່ນຕ້ອງການ.

ກະແສວຽກບໍລິການ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ

ທີ່ຜ່ານມາ: ການຈັດລໍາດັບ genome bisulfite ທັງໝົດ

ຕໍ່ໄປ: ລໍາດັບ Metagenomic -NGS

1.Heatmap: ການຈັດກຸ່ມຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຊະນິດພັນ2.ພັນທຸກໍາທີ່ເຮັດໜ້າທີ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ໃນເສັ້ນທາງການເຜົາຜານຂອງ KEGG3.Species correlation network4.Circos ຂອງ CARD genes ຕ້ານຢາຕ້ານເຊື້ອ

ກໍລະນີ BMK

Nanopore metaagenomics ເຮັດໃຫ້ການວິນິດໄສທາງດ້ານຄລີນິກຢ່າງໄວວາຂອງການຕິດເຊື້ອທາງເດີນຫາຍໃຈຕ່ໍາຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ

ຈັດພີມມາ:ເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບທຳມະຊາດ, 2019

ຈຸດເດັ່ນທາງດ້ານວິຊາການ
ການຈັດລໍາດັບ: Nanopore MinION
ຊີວະວິທະຍາທາງດ້ານການວັດແທກທາງຄລີນິກ: ການທຳລາຍ DNA ຂອງເຈົ້າພາບ, ການວິເຄາະ WIMP ແລະ ARMA
ການກວດພົບໄວ: 6 ຊົ່ວໂມງ
ຄວາມອ່ອນໄຫວສູງ: 96.6%

ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ

ໃນປີ 2006, ການຕິດເຊື້ອທາງເດີນຫາຍໃຈຕ່ໍາ (LR) ເຮັດໃຫ້ 3 ລ້ານຄົນເສຍຊີວິດໃນທົ່ວໂລກ.ວິທີການປົກກະຕິສໍາລັບການກວດຫາເຊື້ອພະຍາດ LR1 ແມ່ນການປູກຝັງ, ເຊິ່ງມີຄວາມອ່ອນໄຫວທີ່ບໍ່ດີ, ການຫັນປ່ຽນເປັນເວລາດົນນານແລະຂາດຄໍາແນະນໍາໃນການປິ່ນປົວດ້ວຍຢາຕ້ານເຊື້ອໃນຕອນຕົ້ນ.ການວິນິດໄສຈຸລິນຊີທີ່ໄວແລະຖືກຕ້ອງແມ່ນເປັນຄວາມຕ້ອງການອັນຮີບດ່ວນມາດົນແລ້ວ.ທ່ານດຣ Justin ຈາກມະຫາວິທະຍາໄລ East Anglia ແລະຄູ່ຮ່ວມງານຂອງລາວໄດ້ປະສົບຜົນສໍາເລັດໃນການພັດທະນາວິທີການ metagenomic ທີ່ອີງໃສ່ Nanopore ສໍາລັບການກວດຫາເຊື້ອພະຍາດ.ອີງຕາມຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງພວກເຂົາ, 99.99% ຂອງ DNA ເຈົ້າພາບສາມາດຖືກທໍາລາຍ.ການກວດຫາເຊື້ອພະຍາດ ແລະເຊື້ອພະຍາດຕ້ານເຊື້ອສາມາດສຳເລັດໄດ້ພາຍໃນ 6 ຊົ່ວໂມງ.

ອ້າງອິງ
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metaagenomics ເຮັດໃຫ້ການວິນິດໄສທາງດ້ານຄລີນິກຢ່າງໄວວາຂອງການຕິດເຊື້ອທາງເດີນຫາຍໃຈຕ່ໍາຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ.ເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບທຳມະຊາດ, 37(7), 1.