ລໍາດັບ Metagenomic -NGS
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
● ການໂດດດ່ຽວ ແລະບໍ່ມີການປູກຝັງສຳລັບການສ້າງໂປຣໄຟລ໌ຊຸມຊົນຈຸລິນຊີ
● ຄວາມລະອຽດສູງໃນການກວດຫາຊະນິດທີ່ມີຄວາມອຸດົມສົມບູນຕໍ່າໃນຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ
● ແນວຄວາມຄິດຂອງ "meta-" ປະສົມປະສານລັກສະນະທາງຊີວະພາບທັງຫມົດໃນລະດັບທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ລະດັບຊະນິດພັນແລະລະດັບພັນທຸກໍາ, ເຊິ່ງສະທ້ອນເຖິງທັດສະນະທີ່ມີການເຄື່ອນໄຫວທີ່ໃກ້ຊິດກັບຄວາມເປັນຈິງ.
● BMK ສະສົມປະສົບການອັນໃຫຍ່ຫຼວງໃນປະເພດຕົວຢ່າງທີ່ຫຼາກຫຼາຍດ້ວຍຫຼາຍກວ່າ 10,000 ຕົວຢ່າງທີ່ປຸງແຕ່ງແລ້ວ.
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ເວທີ | ການຈັດລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ເວລາປ່ຽນ |
| ເວທີ Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 ມື້ເຮັດວຽກ |
ການວິເຄາະ bioinformatics
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● ການປະກອບ Metagenome
● gene non-dundant ຊຸດແລະຄໍາບັນຍາຍ
● ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຊະນິດພັນ
● ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຫນ້າທີ່ພັນທຸກໍາ
● ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
● ການວິເຄາະສະມາຄົມຕໍ່ກັບປັດໃຈທົດລອງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
ສໍາລັບສານສະກັດຈາກ DNA:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຈໍານວນ | ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ | ຄວາມບໍລິສຸດ |
| ສານສະກັດຈາກ DNA | ＞ 30 ນ | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ສໍາລັບຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ |
| ດິນ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ສານທີ່ເຫລືອຢູ່ຕ້ອງເອົາອອກຈາກພື້ນຜິວ;Grind ຕ່ອນຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 2 ມມ;ຕົວຢ່າງ Aliquot ໃນທໍ່ EP-tube ຫຼື cyrotube ທີ່ບໍ່ສະອາດສໍາລັບການຈອງ. |
| ອາຈົມ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບການຈອງ. |
| ເນື້ອເຍື່ອກະເພາະອາຫານ | ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການປຸງແຕ່ງພາຍໃຕ້ສະພາບ aseptic.ລ້າງເນື້ອເຍື່ອທີ່ເກັບກໍາດ້ວຍ PBS;Centrifuge PBS ແລະເກັບກໍາ precipitant ໃນ EP-tubes. |
| ຂີ້ຕົມ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງ sludge ໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບຈອງ |
| ນ້ຳ | ສໍາລັບຕົວຢ່າງທີ່ມີຈໍານວນຈໍາກັດຂອງຈຸລິນຊີ, ເຊັ່ນ: ນ້ໍາປະປາ, ນ້ໍາດີ, ແລະອື່ນໆ, ເກັບກໍານ້ໍາຢ່າງຫນ້ອຍ 1 L ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 0.22 μmເພື່ອເສີມຂະຫຍາຍຈຸລິນຊີໃນເຍື່ອ.ເກັບຮັກສາເຍື່ອໃນທໍ່ເປັນຫມັນ. |
| ຜິວໜັງ | ຂູດພື້ນຜິວໜັງຢ່າງລະມັດລະວັງດ້ວຍຜ້າຝ້າຍ ຫຼືໃບຜ່າຕັດທີ່ບໍ່ສະອາດແລ້ວເອົາໃສ່ໃນທໍ່ທີ່ບໍ່ສະອາດ. |
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ແຊ່ແຂງຕົວຢ່າງໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວສໍາລັບ 3-4 ຊົ່ວໂມງແລະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຫຼື -80 ອົງສາເພື່ອຈອງໃນໄລຍະຍາວ.ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງດ້ວຍນໍ້າກ້ອນແຫ້ງແມ່ນຕ້ອງການ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
1.Histogram: ການແຈກຢາຍຊະນິດພັນ
2.ພັນທຸກໍາທີ່ເຮັດໜ້າທີ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ໃນເສັ້ນທາງການເຜົາຜານຂອງ KEGG
3.ແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນ: ຫນ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນໂດຍອີງໃສ່ຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງເຊື້ອສາຍພີ່ນ້ອງ
4.Circos ຂອງ CARD genes ຕ້ານຢາຕ້ານເຊື້ອ
ກໍລະນີ BMK
ອັດຕາສ່ວນຂອງພັນທຸກໍາຕ້ານເຊື້ອຢາຕ້ານເຊື້ອ ແລະເຊື້ອແບັກທີເຣັຍເຊື້ອພະຍາດຢູ່ຕາມຮາກຂອງດິນ-ຊາຍ
ຈັດພີມມາ:ວາລະສານຂອງວັດຖຸອັນຕະລາຍ, 2021
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:
ວັດສະດຸ: ສານສະກັດ DNA ຂອງສີ່ຊິ້ນສ່ວນຂອງຕົວຢ່າງຂອງຮາກປ່າຊາຍເລນ: ດິນທີ່ບໍ່ໄດ້ປູກ, rhizosphere, episphere ແລະ endosphere compartments
ເວທີ: Illumina HiSeq 2500
ເປົ້າໝາຍ: metagenome
16S rRNA gene V3-V4 ພາກພື້ນ
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ
ການຈັດລຽງຕາມລຳດັບຂອງເມຕານາມິກ ແລະ ການສ້າງໂປຣໄຟລ metabarcoding ຢູ່ໃນດິນຕໍ່ຮາກຂອງຕົ້ນກ້າມ່ານໄດ້ຖືກປຸງແຕ່ງເພື່ອສຶກສາການແຜ່ກະຈາຍຂອງເຊື້ອພະຍາດຕ້ານເຊື້ອ (ARGs) ຈາກດິນໄປສູ່ພືດ.ຂໍ້ມູນ metagenomic ເປີດເຜີຍວ່າ 91.4% ຂອງ genes ຕ້ານເຊື້ອຢາຕ້ານເຊື້ອໄດ້ຖືກກໍານົດໂດຍທົ່ວໄປໃນສີ່ compartments ດິນທີ່ໄດ້ກ່າວມາຂ້າງເທິງ, ເຊິ່ງສະແດງໃຫ້ເຫັນຄົນອັບເດດ: ຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.16S rRNA amplicon sequencing ສ້າງ 29,285 ລໍາດັບ, ເຊິ່ງເປັນຕົວແທນ 346 ຊະນິດ.ສົມທົບກັບການປັບປຸງພັນທຸກໍາໂດຍການຈັດລໍາດັບ amplicon, ການແຜ່ກະຈາຍນີ້ໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າເປັນເອກະລາດຂອງ microbiota ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຮາກ, ແນວໃດກໍ່ຕາມ, ມັນສາມາດໄດ້ຮັບການອໍານວຍຄວາມສະດວກໂດຍມືຖືຂອງອົງປະກອບທາງພັນທຸກໍາ.ການສຶກສານີ້ໄດ້ກໍານົດການໄຫຼຂອງ ARGs ແລະເຊື້ອພະຍາດຈາກດິນເຂົ້າໄປໃນພືດໂດຍຜ່ານການເຊື່ອມຕໍ່ກັນລະຫວ່າງຮາກຂອງດິນ.
ອ້າງອິງ
Wang, C. , Hu, R. , ເຂັ້ມແຂງ, PJ, Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).ຄວາມແຜ່ຫຼາຍຂອງພັນທຸກໍາທີ່ຕ້ານທານຢາຕ້ານເຊື້ອ ແລະເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຢູ່ຕາມເສັ້ນທາງດິນ-ຮາກຮ່ອງ.ວາລະສານຂອງວັດສະດຸອັນຕະລາຍ, 408, 124985.
