ລຳດັບການບໍ່ເຂົ້າລະຫັດຍາວ-Illumina
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
● ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
● Cellular ແລະເນື້ອເຍື່ອສະເພາະ
● ຂັ້ນຕອນສະເພາະສະແດງອອກ ແລະນຳສະເໜີການປ່ຽນແປງການສະແດງອອກ
● ຮູບແບບທີ່ຊັດເຈນຂອງເວລາ ແລະພື້ນທີ່ສະແດງອອກ
● ການວິເຄາະຮ່ວມກັນກັບຂໍ້ມູນ mRNA.
● ການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບໂດຍອີງໃສ່ BMKCloud: ການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນແບບກຳນົດເອງທີ່ມີຢູ່ໃນເວທີ.
● ການບໍລິການຫຼັງການຂາຍມີເວລາ 3 ເດືອນຫຼັງຈາກໂຄງການສໍາເລັດ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ເວທີ | ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ຂໍ້ມູນ QC |
| rRNA ຫລຸດລົງ | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | ສໍາລັບພືດ: RIN≥6.5; ສໍາລັບສັດ: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ |
Nucleotides:
ເນື້ອເຍື່ອ: ນ້ຳໜັກ (ແຫ້ງ): ≥1 g
* ສໍາລັບເນື້ອເຍື່ອຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ 5 ມລກ, ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ frozen (ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວ) flash.
ການລະງັບເຊວ: ຈຳນວນເຊວ = 3×107
*ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງ lysate ຫ້ອງ frozen.ໃນກໍລະນີທີ່ຕາລາງນັ້ນນັບໜ້ອຍກວ່າ 5×105, flash frozen ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວແມ່ນແນະນໍາໃຫ້.
ຕົວຢ່າງເລືອດ:
PA×geneBloodRNATube;
6 mLTRIzol ແລະ 2mL ເລືອດ (TRIzol: ເລືອດ = 3: 1)
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ບັນຈຸ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3;B1, B2, B3......
ການຂົນສົ່ງ:
1.Dry-ice: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃນຖົງແລະຝັງຢູ່ໃນແຫ້ງ-ice.
2.RNAstable tubes: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ຊີວະວິທະຍາ
1.LncRNA ການຈັດປະເພດ
LncRNA ຄາດຄະເນໂດຍສີ່ຊອຟແວຂ້າງເທິງນີ້ໄດ້ຖືກຈັດເປັນ 4 ປະເພດ: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;ຄວາມຮູ້ສຶກ-LncRNA.ການຈັດປະເພດ LncRNA ໄດ້ຖືກສະແດງຢູ່ໃນ histogram ຂ້າງລຸ່ມນີ້.
ການຈັດປະເພດ LncRNA
2.Cis-targeted genes ຂອງການວິເຄາະການເສີມສ້າງ DE-lncRNA
ClusterProfiler ໄດ້ຖືກຈ້າງງານໃນການວິເຄາະການເສີມສ້າງ GO ກ່ຽວກັບ genes ເປົ້າຫມາຍ cis ຂອງ lncRNA ທີ່ສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ (DE-lncRNA), ໃນແງ່ຂອງຂະບວນການທາງຊີວະພາບ, ຫນ້າທີ່ໂມເລກຸນແລະອົງປະກອບຂອງເຊນ.ການວິເຄາະການເສີມສ້າງ GO ແມ່ນຂະບວນການເພື່ອກໍານົດຂໍ້ກໍານົດ GO ທີ່ຖືກນໍາພາໂດຍ DEG ຢ່າງຫຼວງຫຼາຍເມື່ອທຽບກັບ genome ທັງຫມົດ.ເງື່ອນໄຂທີ່ອຸດົມສົມບູນໄດ້ຖືກນໍາສະເຫນີໃນ histogram, ຕາຕະລາງຟອງ, ແລະອື່ນໆຕາມທີ່ສະແດງຂ້າງລຸ່ມນີ້.
genes ເປົ້າຫມາຍ Cis ຂອງການວິເຄາະການເສີມສ້າງ DE-lncRNA -Bubble chart
3. ໂດຍການປຽບທຽບຄວາມຍາວ, ຈໍານວນ exon, ORF ແລະປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ mRNA ແລະ lncRNA, ພວກເຮົາສາມາດເຂົ້າໃຈຄວາມແຕກຕ່າງຂອງໂຄງສ້າງ, ລໍາດັບແລະອື່ນໆລະຫວ່າງພວກມັນ, ແລະຍັງກວດສອບວ່ານະວະນິຍາຍ lncRNA ຄາດຄະເນໂດຍພວກເຮົາສອດຄ່ອງກັບລັກສະນະທົ່ວໄປ.
ກໍລະນີ BMK
ໂປຣໄຟລ໌ການສະແດງອອກຂອງ lncRNA ທີ່ຖືກຄວບຄຸມຢູ່ໃນ adenocarcinomas ປອດຂອງຫນູດ້ວຍການກາຍພັນຂອງ KRAS-G12D ແລະ P53 knockout
ຈັດພີມມາ:ວາລະສານຂອງ Cellular ແລະ Molecular Medicine,2019
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ
Illumina
ການເກັບຕົວຢ່າງ
ຈຸລັງ NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ແລະຈຸລັງຄວບຄຸມທາງລົບ (sh-Scr) ໄດ້ຮັບໃນວັນທີ 6 ຂອງການຕິດເຊື້ອໄວຣັດສະເພາະ.
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ
ການສຶກສານີ້ສືບສວນ LncRNAs ທີ່ສະແດງອອກຢ່າງຜິດປົກກະຕິໃນ adenocarcinoma ປອດຂອງຫນູທີ່ມີ P53 knockout ແລະການກາຍພັນຂອງ KrasG12D.
1.6424 lncRNAs ຖືກສະແດງອອກໂດຍຄວາມແຕກຕ່າງ (≥ ການປ່ຽນແປງ 2 ເທົ່າ, P < 0.05).
2. ໃນບັນດາ 210 lncRNAs (FC≥8), 11 lncRNAs' expression ໄດ້ຖືກຄວບຄຸມໂດຍ P53, 33 lncRNAs ໂດຍ KRAS ແລະ 13 lncRNAs ໂດຍ hypoxia ໃນຈຸລັງ KP ຕົ້ນຕໍ, ຕາມລໍາດັບ.
3.NONMMUT015812, ເຊິ່ງໄດ້ຖືກກວດພົບຢ່າງໂດດເດັ່ນໃນ adenocarcinoma ປອດຂອງຫນູແລະຖືກຄວບຄຸມທາງລົບໂດຍການສະແດງອອກຄືນໃຫມ່ຂອງ P53, ໄດ້ຖືກກວດພົບເພື່ອວິເຄາະການເຮັດວຽກຂອງເຊນຂອງມັນ.
4.Knockdown ຂອງ NONMMUT015812 ໂດຍ shRNAs ຫຼຸດລົງຄວາມສາມາດໃນການຂະຫຍາຍໂຕ ແລະການເຄື່ອນຍ້າຍຂອງຈຸລັງ KP.NONMMUT015812 ເປັນ oncogene ທີ່ເປັນໄປໄດ້.
 ການວິເຄາະເສັ້ນທາງ KEGG ຂອງ genes ທີ່ສະແດງຄວາມແຕກຕ່າງໃນຈຸລັງ KP NONMMUT015812-knockdown |  ການວິເຄາະ Gene Ontology ຂອງ genes ທີ່ສະແດງຄວາມແຕກຕ່າງໃນຈຸລັງ KP NONMMUT015812-knockdown |
ອ້າງອິງ
ໂປຣໄຟລ໌ການສະແດງອອກຂອງ lncRNA ທີ່ຖືກຄວບຄຸມຢູ່ໃນ adenocarcinomas ປອດຂອງຫນູດ້ວຍການກາຍພັນຂອງ KRAS-G12D ແລະ P53 knockout[J].ວາລະສານຂອງ Cellular ແລະ Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
