ພັນທຸ ກຳ ເຊື້ອເຫັດ
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
● ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນທີ່ມີໃຫ້ສໍາລັບເປົ້າໝາຍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
● ມີປະສົບການສູງໃນການປະກອບ genome ເຊື້ອເຫັດທີ່ມີຫຼາຍກວ່າ 10,000 genome ສໍາເລັດ pene ປະກອບ.
● ທີມງານສະຫນັບສະຫນູນດ້ານວິຊາການຫລັງການຂາຍເປັນມືອາຊີບທີ່ຕອບສະຫນອງຄວາມຕ້ອງການຄົ້ນຄ້ວາສະເພາະຫຼາຍຂຶ້ນ.
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ການບໍລິການ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຮັບປະກັນຄຸນນະພາບ | ເວລາຮອບວຽນໂດຍປະມານ |
| ແຜນທີ່ດີຂອງເຊື້ອເຫັດ | Illumina 50X+Nanopore 100X | Contig N50≥2 Mb | 35 ມື້ເຮັດວຽກ |
| PacBio HiFi 30X | |||
| ແຜນທີ່ທີ່ສົມບູນຂອງເຊື້ອເຫັດ | Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | ອັດຕາສ່ວນການຍຶດໂຄໂມໂຊມ > 90% | 45 ມື້ເຮັດວຽກ |
ການວິເຄາະ bioinformatics
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● ການປະກອບ Genome
● ການວິເຄາະອົງປະກອບຂອງ Genome
● ການອະທິບາຍຟັງຊັນຂອງພັນທຸກໍາ
● ການວິເຄາະ genomic ປຽບທຽບ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
ສໍາລັບສານສະກັດຈາກ DNA:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຈໍານວນ | ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ | ຄວາມບໍລິສຸດ |
| ສານສະກັດຈາກ DNA | 1.2 ມກ | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ສໍາລັບຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ການປິ່ນປົວຕົວຢ່າງແນະນໍາ | ການເກັບຮັກສາຕົວຢ່າງແລະການຂົນສົ່ງ |
| ເຊື້ອເຫັດ Unicellular | ສັງເກດເຊື້ອລາພາຍໃຕ້ກ້ອງຈຸລະທັດ ແລະເກັບພວກມັນຢູ່ໃນໄລຍະເລກກຳລັງ ຖ່າຍທອດວັດທະນະທໍາ (ປະກອບດ້ວຍຈຸລັງປະມານ 3-4.5e9) ເຂົ້າໄປໃນ eppendorf 1.5 ຫຼື 2 ມລ.(ໃສ່ນ້ຳກ້ອນ) Centrifuge ທໍ່ສໍາລັບ 1 ນາທີ 14000 g ເພື່ອເກັບກໍາເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແລະເອົາ supernatant ອອກໄປຢ່າງລະມັດລະວັງ. ປະທັບຕາທໍ່ແລະແຊ່ແບັກທີເຣັຍໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຢ່າງຫນ້ອຍ 1-3 ຊົ່ວໂມງ.ເກັບຮັກສາທໍ່ໃນຕູ້ເຢັນ -80 ℃. | ແຊ່ແຂງຕົວຢ່າງໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວສໍາລັບ 3-4 ຊົ່ວໂມງແລະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຫຼື -80 ອົງສາເພື່ອຈອງໃນໄລຍະຍາວ.ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງດ້ວຍນໍ້າກ້ອນແຫ້ງແມ່ນຕ້ອງການ. |
| ເຊື້ອເຫັດມະຫາພາກ | ເນື້ອເຍື່ອໃນໄລຍະການຂະຫຍາຍຕົວຢ່າງຫ້າວຫັນແມ່ນແນະນໍາໃຫ້. ລ້າງເນື້ອເຍື່ອດ້ວຍນ້ໍາທີ່ບໍ່ມີ endotoxin, ຫຼັງຈາກນັ້ນ 70% ethonal. ບັນທຶກຕົວຢ່າງໃນທໍ່ cryo. |
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
1.Circos ແຜນວາດກ່ຽວກັບອົງປະກອບຂອງເຊື້ອເຫັດ
2.ການວິເຄາະ genomics ປຽບທຽບ: ຕົ້ນໄມ້ Phylogenetic
