BMKCloud Log in
条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

ການຈັດລໍາດັບ DNA/RNA -PacBio Sequencer

ການຈັດລໍາດັບ DNA/RNA -PacBio Sequencer ຮູບພາບທີ່ໂດດເດັ່ນ
  • ການຈັດລໍາດັບ DNA/RNA -PacBio Sequencer
  • ການຈັດລໍາດັບ DNA/RNA -PacBio Sequencer
  • ການຈັດລໍາດັບ DNA/RNA -PacBio Sequencer

ແພລະຕະຟອມການຈັດລໍາດັບ PacBio ເປັນແພລະຕະຟອມລໍາດັບທີ່ອ່ານໄດ້ດົນນານ, ເຊິ່ງເອີ້ນກັນວ່າເປັນຫນຶ່ງໃນເທກໂນໂລຍີ Sequencing ຮຸ່ນທີສາມ (TGS).ເທັກໂນໂລຍີຫຼັກ, ໂມເລກຸນດຽວໃນເວລາຈິງ (SMRT), ເສີມສ້າງຄວາມສາມາດໃນການອ່ານທີ່ມີຄວາມຍາວຫຼາຍສິບກິໂລກຣາມ.ບົນພື້ນຖານຂອງ "Sequencing-by-Synthesis", ການແກ້ໄຂ nucleotide ດຽວແມ່ນບັນລຸໄດ້ໂດຍ Zero-mode waveguide (ZMW), ບ່ອນທີ່ມີພຽງແຕ່ປະລິມານຈໍາກັດຢູ່ທາງລຸ່ມ (ສະຖານທີ່ຂອງການສັງເຄາະໂມເລກຸນ), illuminated.ນອກຈາກນັ້ນ, ການຈັດລໍາດັບ SMRT ສ່ວນໃຫຍ່ຫລີກລ້ຽງຄວາມລໍາອຽງສະເພາະໃນລະບົບ NGS, ໃນຂັ້ນຕອນການຂະຫຍາຍ PCR ສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນບໍ່ຈໍາເປັນໃນຂະບວນການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດ.

 

ເວທີ: Sequel II, Revio


ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຜົນການສາທິດ

ຄຸນ​ລັກ​ສະ​ນະ

ສອງຮູບແບບການຈັດລໍາດັບໃນລໍາດັບ PacBio: ການອ່ານຍາວຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ (CLR) ແລະ Circular Consensus Read (CCS)

ຮູບແບບການຈັດລໍາດັບ ຂະໜາດຫໍສະໝຸດ ຂໍ້ມູນທາງທິດສະດີຜົນຜະລິດ (ຕໍ່ເຊລ) ພື້ນຖານດຽວຄວາມຖືກຕ້ອງ ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ
CLR 20Kb, 30Kb, ແລະອື່ນໆ. 80 Gb ຫາ 130 Gb ປະມານ.85% ເດໂນໂວ, SV ໂທ, ແລະອື່ນໆ.
CCS 15-20 Kb

14 ຫາ 40 Gb/Cell (Sequel II)

70 ຫາ 110 Gb/Cell (Revio)

ຂຶ້ນກັບຕົວຢ່າງ

 ປະມານ.99% ເດໂນໂວ, ການໂທ SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

ການປຽບທຽບການປະຕິບັດແລະລັກສະນະຂອງ Revio ແລະ Sequel II

ເງື່ອນໄຂ

ລະບົບລໍາດັບ II

ລະບົບ Revio

ເພີ່ມ​ຂຶ້ນ

ຄວາມຫນາແຫນ້ນທີ່ສູງຂຶ້ນ

8 ລ້ານ ZMW

25 ລ້ານ ZMW

3x

ຂັ້ນຕອນເອກະລາດ

1

4

4x

ເວລາແລ່ນສັ້ນກວ່າ

30 ຊົ່ວໂມງ

24 ຊົ່ວໂມງ

1.25x

30X HiFi genomes ຂອງມະນຸດ / ປີ

88

1,300

15x ໂດຍລວມ

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

● ປະສົບການຫຼາຍກວ່າ 8 ປີໃນເວທີການຈັດລໍາດັບ PacBio ທີ່ມີໂຄງການປິດຫຼາຍພັນໂຄງການທີ່ມີຊະນິດຕ່າງໆ.

● ອຸປະກອນຄົບຊຸດກັບແພລດຟອມ PacBio Sequencing ລ່າສຸດ, Revio ເພື່ອຮັບປະກັນການສົ່ງຂໍ້ມູນຕາມລຳດັບທີ່ພຽງພໍ.

● ເວລາຫັນໜ້າໄວຂຶ້ນ, ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນສູງຂຶ້ນ ແລະຂໍ້ມູນທີ່ຖືກຕ້ອງກວ່າ.

● ປະກອບສ່ວນຢູ່ໃນຫຼາຍຮ້ອຍສິ່ງພິມທີ່ມີຜົນກະທົບສູງ PacBio.

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ


ປະເພດຕົວຢ່າງ ຈໍາ​ນວນ ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (Qubit®) ປະລິມານ ຄວາມບໍລິສຸດ ອື່ນໆ
DNA ພັນທຸ ກຳ ຂຶ້ນກັບຄວາມຕ້ອງການຂໍ້ມູນ ≥50 ng/μl ≥15μl OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5
ສູງສຸດທີ່ຊັດເຈນຢູ່ທີ່ 260 nm,ບໍ່ມີການປົນເປື້ອນ		 ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຕ້ອງຖືກວັດແທກດ້ວຍ Qubit ແລະ Qubit/Nanopore = 0.8-2.5
RNA ທັງໝົດ ≥1.2μg ≥120 ng/μl ≥15μl OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5ບໍ່ມີການປົນເປື້ອນ

ຄ່າ RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

 

ຂະບວນການບໍລິການ

ການກະກຽມຕົວຢ່າງ

ການກະກຽມຕົວຢ່າງ

ການ​ກະ​ກຽມ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການຈັດລໍາດັບ

ການ​ວິ​ເຄາະ​ຂໍ້​ມູນ

ການ​ວິ​ເຄາະ​ຂໍ້​ມູນ

ຕົວຢ່າງ QC

ການຈັດສົ່ງໂຄງການ

  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

    • 1.In-house Data Yield

    ຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນຈາກ 63 ເຊລ CCS (ຈາກ 26 ຊະນິດ)

    ຂໍ້ມູນ-PacBio-CCS-15 Kb ສະເລ່ຍ ສູງສຸດ ຕ່ຳສຸດ ປານກາງ
    ຜົນຜະລິດ - ການອ່ານຍ່ອຍ (Gb) 421.12 544.27 221.38 426.58
    Yiled - CCS(Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    ໂພລີເມີເຣສ N50 145,651 175,430 118,118 144,689
    ການອ່ານຍ່ອຍ N50 17,509 23,924 12,485 17,584
    CCS N50 14,490 19,034 9,876 14,747
    ຄວາມຍາວສະເລ່ຍ -Polymerase 67,995 89,379 49,664 66,433
    ຄວາມຍາວສະເລ່ຍ-Subreads 15,866 21,036 11,657 16,012
    ຄວາມຍາວສະເລ່ຍ -CCS 14,489 19,074 8,575 14,655

    ຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນຈາກ 16 ຈຸລັງ CLR (ຈາກ 76 ຊະນິດ)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb ສະເລ່ຍ ສູງສຸດ ຕ່ຳສຸດ ປານກາງ
    ຜົນຜະລິດ - ການອ່ານຍ່ອຍ (Gb) 142.20 291.40 50.55 142.49
    ໂພລີເມີເຣສ N50 39,456 121,191 15,389 35,231
    ການອ່ານຍ່ອຍ N50 28,490 41,012 14,430 29,063
    ຄວາມຍາວສະເລ່ຍ -Polymerase 22,063 48,886 8,747 21,555
    ຄວາມຍາວສະເລ່ຍ-Subreads 17,720 27,225 8,293 17,779

    2.Data QC – Demoສະຖິຕິຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນ

    ຕົວຢ່າງ

    ccs ອ່ານເລກ

    ພື້ນຖານ ccs ທັງໝົດ (bp)

    ccs ອ່ານ N50 (bp)

    ccs ຄວາມຍາວສະເລ່ຍ (bp)

    ccs ອ່ານດົນທີ່ສຸດ (bp)

    ພື້ນຖານການອ່ານຍ່ອຍ (bp)

    ອັດຕາ ccs(%)

    PB_BMKxxx

    3,444,159

    54,164,122,586

    15,728

    15,726

    36,110

    863,326,330,465

    6.27

     

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ຜະລິດຕະພັນປະເພດ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງເຈົ້າຫາພວກເຮົາ:

    ກົດ enter ເພື່ອຊອກຫາຫຼື ESC ເພື່ອປິດ