ພັນທຸ ກຳ ປຽບທຽບ
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
● ຊຸດການວິເຄາະທີ່ສົມບູນແບບ, ປະກອບດ້ວຍແປດການວິເຄາະທີ່ຕ້ອງການທົ່ວໄປທີ່ສຸດ
● ຄວາມໜ້າເຊື່ອຖືສູງໃນການວິເຄາະດ້ວຍການຕີຄວາມລະອຽດ ແລະເຂົ້າໃຈງ່າຍຕໍ່ຜົນໄດ້ຮັບ
● ອອກແບບດີພ້ອມທີ່ຈະເຜີຍແຜ່ຕົວເລກ
● ທີມງານ bioinformatics ທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງປະຕິບັດຄວາມຕ້ອງການການວິເຄາະສ່ວນບຸກຄົນທີ່ຫຼາກຫຼາຍ
● ເວລາໝູນວຽນສັ້ນກວ່າດ້ວຍຄວາມຖືກຕ້ອງສູງໃນການວິເຄາະ
● ປະສົບການທີ່ອຸດົມສົມບູນທີ່ມີຫຼາຍກວ່າ 90 ກໍລະນີທີ່ປະສົບຜົນສໍາເລັດກັບປັດໄຈຜົນກະທົບທີ່ສະສົມຫຼາຍກວ່າ 900
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ເວລາຮອບວຽນໂດຍປະມານ | ຈໍານວນຊະນິດ | ວິເຄາະ |
| 30 ມື້ເຮັດວຽກ | 6 - 12 | ການສ້າງກຸ່ມຄອບຄົວຂອງເຊື້ອສາຍ ການຂະຫຍາຍພັນທຸກໍາຂອງເຊື້ອສາຍແລະການຫົດຕົວ ການກໍ່ສ້າງຕົ້ນໄມ້ Phylogenetic ການຄາດຄະເນທີ່ໃຊ້ເວລາ Divergence (ຕ້ອງການປັບທຽບຟອດຊິລ) ເວລາໃສ່ LTR (ສຳລັບພືດ) ການຊໍ້າຊ້ອນຂອງເຊື້ອທັງໝົດ (ສຳລັບພືດ) ຄວາມກົດດັນທີ່ເລືອກ ການວິເຄາະ Synteny |
ການວິເຄາະ bioinformatics
● ຄອບຄົວ Gene
● Phylogenetics
● Divergence ເວລາ
● ຄວາມກົດດັນທີ່ເລືອກ
● ການວິເຄາະ Synteny
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
ເນື້ອເຍື່ອ ຫຼື DNA ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ genome ແລະການປະກອບ
ສໍາລັບ Tissue
| ຊະນິດພັນ | ເນື້ອເຍື່ອ | ການສໍາຫຼວດ | PacBio CCS |
| ສັດ | ເນື້ອເຍື່ອ visceral | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| ເນື້ອເຍື່ອກ້າມເນື້ອ | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0 ມລ | |||
| ເລືອດສັດ | |||
| ≥ 0.5 ມລ | |||
| ເລືອດສັດປີກ/ປາ | |||
| ພືດ | ໃບສົດ | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| ກີບດອກ/ລຳ | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| ຮາກ/ແກ່ນ | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| ຈຸລັງ | ຈຸລັງທີ່ລ້ຽງ | - | ≥ 1 x 108 |
ຂໍ້ມູນ
ໄຟລ໌ລໍາດັບ genome (.fasta) ແລະໄຟລ໌ຄໍາບັນຍາຍ (.gff3) ຂອງຊະນິດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດ
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
*ຜົນການສາທິດທີ່ສະແດງຢູ່ນີ້ແມ່ນມາຈາກ genomes ທີ່ເຜີຍແຜ່ດ້ວຍ Biomarker Technologies
1.LTR insert time estimation : ຕົວເລກສະແດງໃຫ້ເຫັນການແຈກຢາຍ bimodal ເປັນເອກະລັກໃນ LTR-RTs insertion times in Weining rye genome , ເມື່ອທຽບກັບຊະນິດອື່ນໆ.ສູງສຸດທີ່ຜ່ານມາປາກົດປະມານ 0.5 ລ້ານປີກ່ອນ.
Li Guang et al.,ພັນທຸ ກຳ ທໍາມະຊາດ, 2021
2.Phylogeny ແລະ gene family analysis on chayote (Sechium edule): ໂດຍການວິເຄາະ chayote ແລະ 13 ຊະນິດອື່ນໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງໃນຄອບຄົວ gene, Chayote ພົບເຫັນວ່າມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຫຼາຍທີ່ສຸດກັບ gourd ງູ (Trichosanthes anguina).Chayote ໄດ້ມາຈາກງູ gourd ໃນປະມານ 27-45 Mya ແລະທັງຫມົດ genome duplication (WGD) ສັງເກດເຫັນຢູ່ໃນ chayote ໃນ 25±4 Mya, ເຊິ່ງເປັນເຫດການ WGD ທີສາມໃນ ccucuibitaceae.
Fu A et al.,ການຄົ້ນຄວ້າພືດສວນ, 2021
3.Synteny ການວິເຄາະ: ບາງພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ phytohormones ໃນການພັດທະນາຫມາກໄມ້ແມ່ນພົບເຫັນຢູ່ໃນ chayote, ງູ gourd ແລະ squash.ຄວາມສຳພັນລະຫວ່າງ chayote ແລະ squash ແມ່ນສູງກວ່າເລັກນ້ອຍລະຫວ່າງ chayote ແລະ gourd ງູ.
Fu A et al.,ການຄົ້ນຄວ້າພືດສວນ, 2021
ການວິເຄາະຄອບຄົວ 4.Gene: ການເສີມສ້າງ KEGG ກ່ຽວກັບການຂະຫຍາຍພັນທຸກໍາຂອງ gene ແລະການຫົດຕົວໃນ G.thurberi ແລະ G.davidsonii genomes ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າ steroid biosynthesis ແລະ brassinosteroid biosynthesis ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ genes ໄດ້ຖືກຂະຫຍາຍອອກ.
Yang Z et al.,ຊີວະວິທະຍາ BMC, 2021
5.Whole genome duplication analysis: ການວິເຄາະການແຈກຢາຍ 4DTV ແລະ Ks ສະແດງໃຫ້ເຫັນການຊໍ້າກັນຂອງ genome ທັງໝົດ.ຈຸດສູງສຸດຂອງ intraspecies ສະແດງໃຫ້ເຫັນເຫດການຊໍ້າຊ້ອນ.ຈຸດສູງສຸດຂອງແຕ່ລະຊະນິດສະແດງໃຫ້ເຫັນເຫດການສະເພາະ.ການວິເຄາະໄດ້ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າການປຽບທຽບກັບສາມຊະນິດອື່ນໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດ, O. europaea ໄດ້ຜ່ານການຊ້ໍາກັນຂອງ gene ຂະຫນາດໃຫຍ່ບໍ່ດົນມານີ້.
Rao G et al.,ການຄົ້ນຄວ້າພືດສວນ, 2021
ກໍລະນີ BMK
ດອກກຸຫລາບທີ່ບໍ່ມີຮອຍດ່າງ: ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ກັບການປັບຄວາມຊຸ່ມຊື່ນ
ຈັດພີມມາ: ການທົບທວນຄືນວິທະຍາສາດແຫ່ງຊາດ, 2021
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:
'Basye'sບໍ່ມີໜາມ' (ຣ.ວິຊຸຣິນັນ) genome:
ປະມານ.93 X PacBio + ປະມານ.90 X Nanopore + 267 X Illumina
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ
1.High quality R.wichuraiana genome was builded using long-read sequencing techniques, which yield an assembly of 530.07 Mb (ຂະຫນາດຂອງ genome ຄາດຄະເນແມ່ນປະມານ 525.9 Mb ໂດຍ flow cytometry ແລະ 525.5 ໂດຍ genome survey； Heterozygosity.103%) ແມ່ນປະມານ.ຄະແນນ BUSCO ຄາດຄະເນແມ່ນ 93.9%.ເມື່ອປຽບທຽບກັບ "ຕາບອດເກົ່າ" (haploOB), ຄຸນນະພາບແລະຄວາມສົມບູນຂອງ genome ນີ້ໄດ້ຖືກຢືນຢັນໂດຍຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງຖານດຽວແລະດັດຊະນີການປະກອບ LTR (LAI = 20.03).genome R.wichuraiana ມີ 32,674 genes code code ທາດໂປຼຕີນ.
2.Multi-omics ການວິເຄາະຮ່ວມກັນ, ປະກອບດ້ວຍ genomics ປຽບທຽບ, transcriptomics, ການວິເຄາະ QTL ຂອງປະຊາກອນພັນທຸກໍາ, ໄດ້ເປີດເຜີຍ speciation ທີ່ສໍາຄັນລະຫວ່າງ R. wichuraiana ແລະ Rosa chinensis.ນອກຈາກນີ້, ການປ່ຽນແປງການສະແດງອອກຂອງ genes ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງໃນ QTL ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະກ່ຽວຂ້ອງກັບຮູບແບບ prickle ລໍາຕົ້ນ.
ການວິເຄາະທາງພັນທຸ ກຳ ປຽບທຽບລະຫວ່າງ Basye;s Thornless ແລະ Rosa chinensis ລວມທັງການວິເຄາະ synteny, ກຸ່ມຄອບຄົວຂອງ gene, ການວິເຄາະການຂະຫຍາຍແລະການຫົດຕົວ, ໄດ້ເປີດເຜີຍການປ່ຽນແປງຈໍານວນຫລາຍ, ເຊິ່ງກ່ຽວຂ້ອງກັບລັກສະນະທີ່ສໍາຄັນຂອງດອກກຸຫລາບ.ການຂະຫຍາຍຕົວທີ່ເປັນເອກະລັກໃນຄອບຄົວ gene NAC ແລະ FAR1 / FRS ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະກ່ຽວຂ້ອງກັບການຕໍ່ຕ້ານກັບຈຸດສີດໍາ.
ການວິເຄາະ genomics ປຽບທຽບລະຫວ່າງ BT ແລະ haploOB genomes.
Zhong, M. , et al."ດອກກຸຫລາບທີ່ບໍ່ມີຮອຍດ່າງ: ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ກັບການປັບຕົວຂອງຄວາມຊຸ່ມຊື່ນ"ການທົບທວນຄືນວິທະຍາສາດແຫ່ງຊາດ, 2021;, nwab092.
